近岸海域水质的质量控制，除了采样现场的质量控制之外，还包括实验室内部和实验过程的质量控制。
样品分析人员实验室质量控制是分析实验人员的自控方法，由实验室分析人员在每次分析中实施。按照要求，开展方法的验证和确认；水质监测实验室分析人员自我质量控制亦采用平行样分析、加标样分析、标准样品/标准物质或质控样分析等方法；平行样测定应为2个以上，当样品数量少于10个时，每批样品至少分析1个（组）；加标样、标准样品/标准物质或质控样测定应为2个或2个以上；当样品数量少于10个时，每批样品测定数不少于1个（组）；分析平行样、加标样、标准样品/标准物质或质控样时，一般应在标准曲线（或工作曲线）完成或核对后，分析1个标准样品/标准物质或质控样，其他根据情况分析；样品加标回收率的加标量应控制在实际样品浓度水平的0.5～3倍之间，加标后样品浓度应控制在校准曲线有效范围内，未检出样品一般情况下不应选为加标回收率实验样品；准确度检查一般按照采用的标准方法要求和标准样品/标准物质或质控样标准范围判断；精密度检查一般按采用测定平行样，按标准方法要求判断；参照HJ 168和采用的分析方法，确定数据有效位数，确认数据有效位数的最后一位与检出限有效位数的最后一位一致，有效数据位数与要求一致。
实验室他控是专职质控人员对监测质量进行控制的方法。包括：采用对容器检查控制清洗容器符合质量控制要求，通过密码平行样分析、加标样分析、标准样品/标准物质或质控样分析等方法检查；每批清洗容器检查应抽取10%或不少于2个，污染因子测定结果应为小于检出限；加标样、标准样品/标准物质或质控样的总测定率应达到10%以上；当样品数量少于10个时，每批样品测定数不少于1个（组）；样品加标回收率，不得超出方法给出的范围值，加标量应控制在实际样品浓度水平的0.5～3倍之间；水质监测的准确度和精密度检查采用密码标准样品/标准物质、质控样、加标回收样、平行样进行。