文丨BioArt编辑部
2022年的第一天已然来临，此刻回望过去的一年，我们每个人心里都有不同的感受。不知不觉，BioArt伴随读者朋友们已经是第七个年头了，共同见证了中国生命科学发展进入快车道蓬勃发展的岁月。
或许微信群的祝贺和朋友圈的传播似乎造成了一种假象，有人会说中国生命科学领域发表的高质量论文已经太多了，CNS好像随处可见，然而事情情况正是如此吗？高质量论文到底是变得更容易发表还是更难了？靠感觉得出的结论经常是不靠谱的，用真实客观的数据说话才是最有说服力的。
过去4年，我们为了图方便只顾着统计CNS作为指针了，为表诚意，这次就增加一些干货，让读者朋友更清楚的一览中国生命科学高水平论文的呈现趋势。
还是要从CNS开始说起。2021年度， 以国内科学家为主 （国内学者为通讯作者或共同通讯作者或第一单位是国内研究单位） 在CNS上发表的生命科学相关领域的研究论文116篇 （个别论文统计口径可能存在一点误差，幅度±2） ，其中Science发表28篇 （含新冠论文1篇） ，Nature发表53篇 （含新冠论文2篇） ，Cell发表35篇 （含新冠论文8篇） ，综述论文4篇 （3篇Cell和1篇Nature） 。
我们再来回顾一下2016-2020的统计数据（见下图，数字全部重新校正，幅度±3），分别是： 2016年55篇（ ），2017年68篇（ ），2018年100篇（ ），2019年110篇（ ），2020年150篇（）。
如果扣除2020年和2021年新冠论文的数量，那么实际上2018到2021年的4年间的CNS总数在100和110之间浮动，这意味着什么？意味着，如果不考虑新冠相关论文的因素，国内生命科学CNS论文发表在经历了一波快速增长后进入了一个相对缓慢的平台期。如果考虑到国内每年PI数量的增长速度 （特别是在高校和部分知名大医院中，生物医学相关研究院的成立，犹如雨后春笋。还要考虑国家实验室体系，地方省级实验室体系，新成立的研究型大学的生命科学相关机构，譬如西湖大学生科院，短短三四年里已经入职至少64人。刚刚放榜的HWYQ虽说不如预期的名额多，但数量也是可观的，生命科学相关的占比大约在三分之一左右） ，仔细想想顶尖论文都是更不容易发表了。
再谈谈，结构生物学论文的占比情况。过去总有很多朋友非常关心结构生物学论文的占比情况，实际情况是近5年，结构生物学论文的占比总趋势是下降的 （2016年结构论文占比38%，2020年是24.6%，2021年是25.8%） ，另一个非常值得重视的是，中国植物学领域的表现可以称得上是耀眼了 （下图） ，科研实力世界第一应该不会有什么问题，其实2021年国内古生物的表现也是非常抢眼的，那么综合计算下来，真正留给生物医学的文章数量就可想而知了。
再来说说同行公认的CNS大子刊层次的论文。CNS看上有点进入平台期，子刊看上去还是在快速增长的，从17本公认的CNS大子刊的数据来看，2017-2021的五年间，总发表数从130左右上升到270左右，基本上是翻了一番，可喜可贺 。但是，像 Nat Med、Nat Genetics、Nat Immuno、NSMB、Cancer Cell、CSC、Mol Cell、Dev Cell、Neuron、Nat Neuro 这些杂志基本上没什么增长，有的还在下降，例如Nat Med 2017年还发了10篇，到2021年反而下降到6篇了。高速增长的是技术方法类、代谢、转化医学杂志，NBT和Nat Methods合起来2017年一共发表6篇，到2021年度增长到34篇，Cell Metab从2017年的7篇上升到2021年的36篇，Sci Trans Med从2017年的8篇上升到2021年的31篇，也就是说过去5年130到270的增幅中，大量增长的论文是技术方法、代谢和转化医学，而基础生物医学研究肿瘤、免疫、神经、干细胞、分子细胞等维持在增幅不大的一个区间。很难想象，国内学者2014年在Cancer Cell就发表过14篇研究论文，2021年论文发表数反而降到8篇。
传统研究领域的论文不好发，大家从上面的数字也能感受到了。特别是，最近笔者注意到，无论是CNS还是其子刊，论文发表的临床化倾向非常显著，CNS发表纯临床论文已经比较常见了，子刊中特别是Nat Med基本上目前浏览下来就是临床杂志，几乎大部分都是很直接的临床试验数据（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ期临床），Cancer Cell、Cell Stem Cell、Cell Metabolism也专门有临床的版块，比重还有可能在增加，比较好玩的是看上去偏重于临床和医学的杂志反而在一直坚持主要发基础研究，比如JCI。临床研究的重要性毋庸置疑，但是基础杂志临床化的倾向确实是值得关注和思考的问题。
有人说我们又在制造论文发表焦虑了。其实不然， 三本比较受认可的OA期刊Nature Commnications、Science Advances、Cell Reports发表的国内生命科学相关的研究论文，从2017的210余篇猛增到2021年的近800篇，这些增量未来是否转移到本土期刊上呢，毕竟一篇将近5000美金的版面费还是太贵了一些，这也是一个非常值得深思的问题。如果本土杂志逐步得到同行更多的认可 （例如在人才项目和基金项目的评审中客观对待） ，相信以后论文发表的焦虑是可以缓解一二的。另外，大子刊以上论文不容易发和科研人员快速增长的趋势下，国产期刊正迎来属于自己最好的时代（Cell Research和Protein & Cell这样的本土杂志还是太少了，尽管私底下同行还是各种诟病国产期刊），有人说国内期刊现在太多了，眼花缭乱，其实根本原因是过去太少了。广大的朝气蓬勃的中国生命科学届，有足够的空间未来能够支持更多本土高水平期刊的发展。
其实这两年生命科学领域最热闹的恐怕不是发文章，而且遍地开花的Biotech创投，微信圈的论文分享逐渐变少，XX教授融资千万级别上亿的新闻渐渐多了起来。越来越多的研究人员意识到发文章写基金不是工作的全部了，开始充分运用课题组发现的疾病诊疗新技术、新靶点投身创新创业的大军中，，即便过去坚决不开公司的PI在新形势下也已经在创投圈颇有影响力了。教授创业赶上国内的大气候，恰逢其时，值得鼓励，在“实现高水平科技自立自强”的道路上充分施展了拳脚，这将有力的推动国内国内生物医药行业的转型升级。 生物专业 研究生也有了更多的选择， 华山不止一条路， 很多研究生或许也不像以前一心只为发表好文章，然后做博后，然后当PI了，因为博士毕业到BioTech就有不低的收入 （一般30+起步） ，而且每年增长的幅度也是可观的，何必再去苦苦花费5+N年憋大文章，毕业顺利拿到学位想必是很大一部分研究生的想法。以上或许能解释为什么也来越多的导师在抱怨学生不如以前好带了。另外，资本也在内卷， “ me-too ”到“ first - in - class ”再到“ best - in - class ” ，引领还是跟随， 都是难题。 每当国外投资 圈放出一个新兴领域重磅融资消息后，国内相关研究领域的课题组马上就会门庭若市（比如2021年5月，美国一家环状RNA初创公司融资1亿美金后，圈内的反应）。可能在消息出来之前，大家聊天的时候还在说这个不靠谱，不愿意投，消息一旦出来后就面临的是想投而不得。投资圈或许也要想想怎么开一代之风气。
有些话题聊着聊着就扯远了，回到当下，让我们共同沐浴在新年的第一缕阳光中，满怀信心的走向中国生命科学的春天。
最后，BioArt编辑部衷心祝愿广大科研工作者和各位关心支持我们的朋友元旦快乐！让我们携手共创全球华人生命科学美好学术家园！
最最最最重要的是已到货，正在发往全国各地的朋友，数量有限，有需要敬请扫下方二维码或点击文末“原文链接”注册领取。
附2021年度中国生命科学CNS列表
2021年Science
研究性文章28篇（含新冠1篇）
Qiao Jingxin., Li Yue-Shan., Zeng Rui., Liu Feng-Liang., Luo Rong-Hua., Huang Chong., Wang Yi-Fei., Zhang Jie., Quan Baoxue., Shen Chenjian., Mao Xin., Liu Xinlei., Sun Weining., Yang Wei., Ni Xincheng., Wang Kai., Xu Ling., Duan Zi-Lei., Zou Qing-Cui., Zhang Hai-Lin., Qu Wang., Long Yang-Hao-Peng., Li Ming-Hua., Yang Rui-Cheng., Liu Xiaolong., You Jing., Zhou Yangli., Yao Rui., Li Wen-Pei., Liu Jing-Ming., Chen Pei., Liu Yang., Lin Gui-Feng., Yang Xin., Zou Jun., Li Linli., Hu Yiguo., Lu Guang-Wen., Li Wei-Min., Wei Yu-Quan., Zheng Yong-Tang., Lei Jian., Yang Shengyong.(2021). SARS-CoV-2 M inhibitors with antiviral activity in a transgenic mouse model. Science, 371(6536), 1374-1378.（20210218，四川大学，杨胜勇、雷剑；中科院昆明动物所，郑永唐）该研究工作报道了一系列高活性的全新结构新冠病毒Mpro小分子抑制剂，并从分子、细胞和动物三个层面详细阐述了这些抑制剂的作用机理和抗病毒效果，从药代动力学性质和安全性等方面证实该系列化合物具有开发成抗SARS-CoV-2病毒药物的潜力。这也是首次公开报道的新冠Mpro抑制剂在SARS-CoV-2感染小鼠模型的实验数据
Liu Ming., Zhang Jinyi., Pinder Benjamin D., Liu Qingquan., Wang Dingyan., Yao Hao., Gao Yubo., Toker Aras., Gao Jimin., Peterson Alan., Qu Jia., Siminovitch Katherine A.(2021). WAVE2 suppresses mTOR activation to maintain T cell homeostasis and prevent autoimmunity. Science, 371(6536).（20210326，加拿大西奈山医院，Siminovitch Katherine A；温州医科大学，Qu Jia）这项发现确定了WAVE2在抑制T细胞活化和效应子分化中的关键作用。WAVE2对T细胞活化的抑制作用不是由T细胞受体介导的，而是由其对mTOR与RAPTOR和RICTOR结合的抑制作用介导的。因此，可以通过mTOR信号传导的药理抑制剂改善小鼠模型中的自身免疫表型。
Liu Yunzhe., Mattar Marcelo G., Behrens Timothy E J., Daw Nathaniel D., Dolan Raymond J.(2021). Experience replay is associated with efficient nonlocal learning. Science, 372(6544).（20210521，北京师范大学/伦敦大学学院，柳昀哲）经验回放与有效的非局部学习相关。
Cai Tao., Sun Hongbing., Qiao Jing., Zhu Leilei., Zhang Fan., Zhang Jie., Tang Zijing., Wei Xinlei., Yang Jiangang., Yuan Qianqian., Wang Wangyin., Yang Xue., Chu Huanyu., Wang Qian., You Chun., Ma Hongwu., Sun Yuanxia., Li Yin., Li Can., Jiang Huifeng., Wang Qinhong., Ma Yanhe.(2021). Cell-free chemoenzymatic starch synthesis from carbon dioxide. Science, 373(6562), 1523-1527.（20210923，中国科学院天津工业生物技术研究所，马延和）采用一种类似“搭积木”的方式，从头设计、构建了11步反应的非自然固碳与淀粉合成途径，在实验室中首次实现从二氧化碳到淀粉分子的全合成。
Jiang Suyu., Jardinaud Marie-Françoise., Gao Jinpeng., Pecrix Yann., Wen Jiangqi., Mysore Kirankumar., Xu Ping., Sanchez-Canizares Carmen., Ruan Yiting., Li Qiujiu., Zhu Meijun., Li Fuyu., Wang Ertao., Poole Phillip S., Gamas Pascal., Murray Jeremy D.(2021). NIN-like protein transcription factors regulate leghemoglobin genes in legume nodules. Science, 374(6567), 625-628.（20211028，中国科学院分子植物科学卓越创新中心，Jeremy Dale Murray）该研究首次发现转录因子NLP家族调控根瘤中豆血红蛋白基因表达的分子机制。
Huang Kun., Wu Xiaoxian., Fang Chengli., Xu Zhougeng., Zhang Hongwei., Gao Jian., Zhou Chuanmiao., You Linlin., Gu Zhanxi., Mu Wenhui., Feng Yu., Wang Jiawei., Zhang Yu.(2021). Pol IV and RDR2: A two-RNA-polymerase machine that produces double-stranded RNA. Science, 374(6575).（中国科学院分子植物科学卓越创新中心，张余研、王佳伟；浙江大学冯钰）该研究首次解析了植物Pol IV的结构，揭示了植物Pol IV-RDR2两种RNA聚合酶组装成的独特复合物构造，并提出了Pol IV-RDR2以底物内部传递的机制实现双链DNA为模板合成双链RNA。
2021年Nature
研究性文章53篇（含新冠2篇），综述1篇
Wang Junyou., Wible John R., Guo Bin., Shelley Sarah L., Hu Han., Bi Shundong.(2021). A monotreme-like auditory apparatus in a Middle Jurassic haramiyidan. Nature, 590(7845), 279-283.（20210127，云南大学/宾州印第安那大学，毕顺东；云南大学/Carnegie Museum of Natural History，John R. Wible）此项研究基于对哺乳动物中耳听小骨连接关系的新发现，提出叠覆型砧骨-锤骨关节是中耳听小骨与下颌脱离的关键一步，解决了哺乳动物中耳和听觉演化研究中存在已久的难题。
Gu Zhongru., Pan Shengkai., Lin Zhenzhen., Hu Li., Dai Xiaoyang., Chang Jiang., Xue Yuanchao., Su Han., Long Juan., Sun Mengru., Ganusevich Sergey., Sokolov Vasiliy., Sokolov Aleksandr., Pokrovsky Ivan., Ji Fen., Bruford Michael W., Dixon Andrew., Zhan Xiangjiang.(2021). Climate-driven flyway changes and memory-based long-distance migration. Nature, 591(7849), 259-264.（20210303，中国科学院动物研究所，詹祥江）自末次冰期以来，游隼的迁徙路线一直受到环境变化的影响。研究人员还用证据表明，游隼的迁徙距离受到一个遗传因素的影响。
Yuan Shuofeng., Yin Xin., Meng Xiangzhi., Chan Jasper Fuk-Woo., Ye Zi-Wei., Riva Laura., Pache Lars., Chan Chris Chun-Yiu., Lai Pok-Man., Chan Chris Chung-Sing., Poon Vincent Kwok-Man., Lee Andrew Chak-Yiu., Matsunaga Naoko., Pu Yuan., Yuen Chun-Kit., Cao Jianli., Liang Ronghui., Tang Kaiming., Sheng Li., Du Yushen., Xu Wan., Lau Chit-Ying., Sit Ko-Yung., Au Wing-Kuk., Wang Runming., Zhang Yu-Yuan., Tang Yan-Dong., Clausen Thomas Mandel., Pihl Jessica., Oh Juntaek., Sze Kong-Hung., Zhang Anna Jinxia., Chu Hin., Kok Kin-Hang., Wang Dong., Cai Xue-Hui., Esko Jeffrey D., Hung Ivan Fan-Ngai., Li Ronald Adolphus., Chen Honglin., Sun Hongzhe., Jin Dong-Yan., Sun Ren., Chanda Sumit K., Yuen Kwok-Yung.(2021). Clofazimine broadly inhibits coronaviruses including SARS-CoV-2. Nature, 593(7859), 418-423.（20210316，香港大学，袁国勇、Sun Ren；Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute，Sumit K. Chanda）治疗麻风病的药物氨苯吩嗪（clofamizine）在人类细胞和仓鼠模型中可有效对抗新冠病毒感染，且与瑞德西韦具有协同作用。
Mao Fangyuan., Zhang Chi., Liu Cunyu., Meng Jin.(2021). Fossoriality and evolutionary development in two Cretaceous mammaliamorphs. Nature, 592(7855), 577-582.（20210407，中国科学院古脊椎动物与古人类研究所，毛方圆；美国自然历史博物馆，孟津）描述了中国东北部早白垩纪热河生物群发现的两个哺乳形类物种的化石，虽然这两个物种的亲缘关系较远，但它们都表现出掘穴的趋同演化特征，同时也是首次在热河生物群中发现的掘穴动物。
Liu Yang., Makarova Kira S., Huang Wen-Cong., Wolf Yuri I., Nikolskaya Anastasia N., Zhang Xinxu., Cai Mingwei., Zhang Cui-Jing., Xu Wei., Luo Zhuhua., Cheng Lei., Koonin Eugene V., Li Meng.(2021). Expanded diversity of Asgard archaea and their relationships with eukaryotes. Nature, 593(7860), 553-557.（20210428，深圳大学，李猛；美国国立卫生研究院，Eugene V. Koonin）揭示了阿斯加德古细菌的多样性及其与真核生物的关系。
Shi Gongle., Herrera Fabiany., Herendeen Patrick S., Clark Elizabeth G., Crane Peter R.(2021). Mesozoic cupules and the origin of the angiosperm second integument. Nature, 594(7862), 223-226（20210526，中国科学院南京地质古生物研究所，史恭乐）从距今1.25亿年的中国泥炭中最新发现的几百份植物样本为有花植物（也称被子植物）的起源提供了新的洞见。
Zhang Zhiliang., Zhang Zhifei., Ma Junye., Taylor Paul D., Strotz Luke C., Jacquet Sarah M., Skovsted Christian B., Chen Feiyang., Han Jian., Brock Glenn A.(2021). Fossil evidence unveils an early Cambrian origin for Bryozoa. Nature, 599(7884), 251-255.（20211027，西北大学，Luke C. Strotz、张志飞、张纸亮）该研究宣告在陕南镇巴县发现了地球上已知最早的苔藓动物（苔藓虫）化石，将苔藓动物门的地质历史从奥陶纪前推到寒武纪大爆发早期，将其起源向前推进了约5千万年。
Zhang Fan., Ning Chao., Scott Ashley., Fu Qiaomei., Bjørn Rasmus., Li Wenying., Wei Dong., Wang Wenjun., Fan Linyuan., Abuduresule Idilisi., Hu Xingjun., Ruan Qiurong., Niyazi Alipujiang., Dong Guanghui., Cao Peng., Liu Feng., Dai Qingyan., Feng Xiaotian., Yang Ruowei., Tang Zihua., Ma Pengcheng., Li Chunxiang., Gao Shizhu., Xu Yang., Wu Sihao., Wen Shaoqing., Zhu Hong., Zhou Hui., Robbeets Martine., Kumar Vikas., Krause Johannes., Warinner Christina., Jeong Choongwon., Cui Yinqiu.(2021). The genomic origins of the Bronze Age Tarim Basin mummies. Nature, 599(7884), 256-261.（20211027，吉林大学，崔银秋；首尔国立大学，Jeong Choongwon；哈佛大学，Warinner Christina；德国马克斯普朗克研究所，Krause Johannes、Ning Chao）研究团队对干尸进行了全基因组分析，证实塔里木盆地发现的这些自然保存的青铜时代干尸属于一支遗传上独立的本地人群。
Coelho Luis Pedro., Alves Renato., Del Río Álvaro Rodríguez., Myers Pernille Neve., Cantalapiedra Carlos P., Giner-Lamia Joaquín., Schmidt Thomas Sebastian., Mende Daniel R., Orakov Askarbek., Letunic Ivica., Hildebrand Falk., Van Rossum Thea., Forslund Sofia K., Khedkar Supriya., Maistrenko Oleksandr M., Pan Shaojun., Jia Longhao., Ferretti Pamela., Sunagawa Shinichi., Zhao Xing-Ming., Nielsen Henrik Bjørn., Huerta-Cepas Jaime., Bork Peer.(2021). Towards the biogeography of prokaryotic genes. Nature.（20211215，欧洲分子生物学实验室，Bork Peer、Huerta-Cepas Jaime；复旦大学/欧洲分子生物学实验室，Coelho Luis Pedro）基于全球微生物组（global microbiome)的概念，将地球上不同栖息地的微生物作为统一系统，运用人工智能技术对1.3万个公开宏基因组样本进行挖掘，构建了迄今为止最全面的全球微生物基因目录 （GMGC，Global Microbial Gene Catalog），为全球微生物组研究迈出了重要一步。该研究同时发现，大多数基因具有栖息地特异性，跨越多栖息地的基因主要富集在抗生素耐药性基因和移动遗传元件。
2021年Cell
研究性文章35篇（含新冠8篇），综述3篇
Li Qianqian., Nie Jianhui., Wu Jiajing., Zhang Li., Ding Ruxia., Wang Haixin., Zhang Yue., Li Tao., Liu Shuo., Zhang Mengyi., Zhao Chenyan., Liu Huan., Nie Lingling., Qin Haiyang., Wang Meng., Lu Qiong., Li Xiaoyu., Liu Junkai., Liang Haoyu., Shi Yi., Shen Yuelei., Xie Liangzhi., Zhang Linqi., Qu Xiaowang., Xu Wenbo., Huang Weijin., Wang Youchun.(2021). SARS-CoV-2 501Y.V2 variants lack higher infectivity but do have immune escape. Cell, 184(9), 2362-2371.e9.（20210223，中国食品药品检定研究院，王佑春、黄维金；中国疾病预防控制中心，许文波；南华大学，瞿小旺）利用假病毒技术，对新冠病毒变异株进行系统功能评价与监测。
Yeung Man Lung., Teng Jade Lee Lee., Jia Lilong., Zhang Chaoyu., Huang Chengxi., Cai Jian-Piao., Zhou Runhong., Chan Kwok-Hung., Zhao Hanjun., Zhu Lin., Siu Kam-Leung., Fung Sin-Yee., Yung Susan., Chan Tak Mao., To Kelvin Kai-Wang., Chan Jasper Fuk-Woo., Cai Zongwei., Lau Susanna Kar Pui., Chen Zhiwei., Jin Dong-Yan., Woo Patrick Chiu Yat., Yuen Kwok-Yung.(2021). Soluble ACE2-mediated cell entry of SARS-CoV-2 via interaction with proteins related to the renin-angiotensin system. Cell, 184(8), 2212-2228.e12.（20210302，香港大学，Yuen Kwok-Yung、Woo Patrick Chiu Yat、Yeung Man Lung）首次发现可溶性人类受体ACE2介导的新冠病毒进入细胞现象。
Liu Kefang., Pan Xiaoqian., Li Linjie., Yu Feng., Zheng Anqi., Du Pei., Han Pengcheng., Meng Yumin., Zhang Yanfang., Wu Lili., Chen Qian., Song Chunli., Jia Yunfei., Niu Sheng., Lu Dan., Qiao Chengpeng., Chen Zhihai., Ma Dongli., Ma Xiaopeng., Tan Shuguang., Zhao Xin., Qi Jianxun., Gao George F., Wang Qihui.(2021). Binding and molecular basis of the bat coronavirus RaTG13 virus to ACE2 in humans and other species. Cell, 184(13), 3438-3451.e10.（20210524，中国科学院微生物研究所，王奇慧、高福、齐建勋）表明RaTG13存在跨越种间屏障，感染其他动物的潜在风险，提示我们要持续对RaTG13等动物源性冠状病毒进行监测，预防新的冠状病毒引发疫情。
Zhou Hong., Ji Jingkai., Chen Xing., Bi Yuhai., Li Juan., Wang Qihui., Hu Tao., Song Hao., Zhao Runchu., Chen Yanhua., Cui Mingxue., Zhang Yanyan., Hughes Alice C., Holmes Edward C., Shi Weifeng.(2021). Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses. Cell,184(17),4380-4391.（20210609，山东第一医科大学/山东省医学科学院，史卫峰；悉尼大学，Edward C. Holmes；中国科学院西双版纳热带植物园，Alice Catherine Hughes）该研究描述了 2019 年 5 月至 2020 年 11 月期间从中国云南省一个小地理区域收集的 411 个蝙蝠样本的元转录组学研究。该研究确定了 24 个全长冠状病毒基因组，包括四个新型 SARS-CoV-2 相关和三个SARS-CoV 相关病毒。
综述4篇（3篇Cell，1篇Nature）
1. Li Juan., Lai Shengjie., Gao F. George., Shi Weifeng.(2021). The emergence, genomic diversity and global spread of SARS-CoV-2. Natue. （20211208，山东第一医科大学，史卫峰）总结了新冠病毒的爆发、基因多样性和传播。