中小企业自主创新动力强，专利数量远超平均水平。相比大型企业，中小企业市场敏感度高、机制灵活、更具效率，往往实现“从0到1”的创新，自主创新的动力更强。天眼查数据显示，过去10年小微企业申请的专利数量大幅增加，2020年达到228万件，占比68.4%。据国家知识产权局统计，在5729家国家知识产权优势示范企业中，中小企业占比超过76%，并且平均有效发明专利拥有量和知识产权质押融资平均件数分别达到29.4件和1.08件，远高于全国企业平均水平2.9件和0.01件。
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“专精特新”中小企业不断扩容，但研发投入力度依然不及大型公司。“专精特新”企业在创新中发挥引领示范作用，目前，我国“小巨人”企业数量共有4762家，其中包括1832家国家级专精特新“小巨人”企业和596家单项冠军企业。据智慧芽发布的《2021“专精特新”小巨人企业专利能力和科创力报告》统计，“专精特新”小巨人企业共有专利申请48.18万件，平均每家企业专利申请98件，有效发明专利6.57万件，平均每家企业有效发明专利量约13件，均高于中小企业平均水平，同时也远高于全国企业平均水平。2020年科创板、创业板、中小板和主板的专精特新公司平均研发/收入比例分别为6.44%、6.91%、4.77%、2.58%，与大型公司一般10%以上的研发强度仍有差距。