日本虎虾基因组的新研究可以为育种计划铺平道路,使其不易感染白斑病等疾病。

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日本虎虾,也被称为久留马虾,在包括日本在内的国家都享有盛誉。琉球科技大学研究院和东京海洋科技大学的研究人员声称,他们使用了两种不同的技术来发现与免疫、生长和繁殖相关的基因。

日本虎虾是最大的虾种之一,雌虾的长度可达 27 厘米,遍布印度洋和太平洋。在日本,它们被视为美味佳肴,自 20 世纪初以来一直是主要的渔业和水产养殖产品。但是,和其他虾一样,日本虎虾也害怕白斑病。

在DNA测序部门的支持下,研究人员使用了两种不同的技术:基因组测序和转录组,用来研究日本虎虾的基因。

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首先,研究人员破译基因组。他们从当地一个商业养殖场取出了一只日本虎虾,并生成了初始序列。这产生了许多短的 DNA 序列,虽然有用,但并没有为研究人员提供足够的线索将它们串在一起。从本质上讲,他们拥有拼图的所有部分,但无法组装。然后他们使用第二种技术来产生更长但不太精确的 DNA 序列——基因组支架。将这两个序列组合在一起,他们能够组装出基因组草图。

在此之后,研究人员分析了不同虾个体的 49 个 RNA 样本。这为他们提供了6万多个高质量的基因读数——转录组草图

东京海洋科技大学基因组科学实验室的博士生川户智解释说,日本虎虾基因组为我们提供了一个全面的免疫相关基因目录。这将使我们能够更好地了解对虾如何对病原体做出反应,并将有助于制定预防疾病爆发的策略。基因组资源还将有助于解决对虾生物学的其他各个方面,例如生长和繁殖。

当将他们的工作与日本虎虾的近亲日本对虾和南美白对虾的工作进行比较时,发现三个物种有近 70% 的基因是相同的,这意味着大量基因研究可以被保留下来。这将成为未来研究了解虾基本生物学的有用资源,它也可以用于渔业管理和建立育种计划。也许在不远的未来我们将见到不再会患白斑病的对虾品种。