9月25日，国民党主席选举正式举行，而在当晚19时30分，朱立伦宣布胜选，成为新当选的中国国民党主席。值得注意的是，在国民党新主席确认的第5天，国台办发言人朱凤莲回应了一个备受关注的问题。
据海外网报道，9月29日，国台办举行例行新闻发布会。会上，有记者就朱立伦当选国民党主席一事提问，还询问称是否会邀请朱立伦来访。对此，国台办发言人朱凤莲回应表示，我们注意到，在此次中国国民党主席选举过程中，朱立伦先生和其他三位候选人江启臣先生、张亚中先生、卓伯源先生均就坚持“九二共识”、反对“台独”、发展两党关系和两岸关系作出积极表态，表示两岸同胞同属中华民族，要捍卫中华史观、反对“台独”史观，必须以两岸共识尽快重启两岸对话，恢复两岸交流合作，维护台海和平稳定。我们对此表示赞赏。朱凤莲表示，期望中国国民党与我们一道，坚持共同政治基础，坚守民族大义，勠力合作，为同胞谋福祉，为台海谋和平，为国家谋统一，为民族谋复兴。
而值得一提的是，在朱凤莲回应是否会邀请朱立伦赴陆这一问题的前一天，朱立伦强势反击了台民进党当局。
综合台媒报道，朱立伦赢得国民党主席选举后，次日获大陆贺电，而朱立伦也于当天回复了电文，但因回复电文中署名日期没有相关字样，绿营随即对他展开围攻，像民进党民代王定宇就声称，朱立伦的回电试图讨好大陆，要换大陆给的“好宝宝章”。而针对绿营的围攻，朱立伦办公室回呛称，他还未正式上任就接通两岸沟通渠道，达成蔡英文上任5年多办不到的事，“蔡英文是嫉妒还是急了”，而朱立伦本人则于28日表示，国民党除了提升战斗力，两岸关系也很重要，要恢复沟通渠道；民进党真是够不成材、够让人家失望，“看到这样的交流机会、曙光，想到的第一件事情是又要抹黑、抹红”。
另据台媒报道，9月29日，国民党中常会决定，10月5日将召开中常会，举行新任当选党主席朱立伦与现任党主席江启臣的交接仪式，让朱立伦提早上任。