如果说内地排名第一的大学都会提起清华大学和北京大学这两所。虽然清华和北大谁第一一直存在很大的争论，也都有各自的支持者，但是一般还是认为清华北大都是中国最好的大学。排名第一的大学也就是公认的两所学校，而排名第二的学校却有N所！本来大学排名就没有一个统一的标准，实力前十的大学说自己是第二其实也并不为过。
根据以往的学校综合实力、录取分数、知名度等一般认为可以排在第二的学校有：复旦大学、上海交通大学和浙江大学。复旦、上交大和清华、北大一直也被称为清北复交，而复旦和交大也没有比出胜负。浙江大学作为国内最知名的顶尖学府之一自然也不惧复旦和交大任何一所。首先是复旦大学，这一类的学校已经不需要用博士点、院士人数、重点学科数等数据进行衡量了，都知道复旦大学相比交大在文理学科更为强势。
复旦大学拥有5个A＋学科，分别是哲学、理论经济学、政治学、中国史、数学，均为文理学科，当然复旦大学远不止如此，复旦大学的A类学科拥有惊人的23个。除了传统的文理学科还有医药学科和电子科学与技术。工科方面，学校的材料科学、计算机、软件、环境科学也有不错的实力。而上海交大就具备更加浓厚的工科色彩，交大也拥有五个A＋学科，分别是：生物学、机械工程、船舶与海洋工程、临床医学、工商管理。上交大的A类学科也拥有25个，不仅有材料、动力工程、信息通信、控制科学、计算机、仪器等工科学科，也有理学、语言文学、法学、新闻传播等文理学科。
不过，同样作为合并了知名医科大学的两所学校，但是临床医学却已经出现了差距，上交大（上海第二医科大学）A＋、复旦大学（上海医科大学）为A。不过复旦大学的医学整体实力还是更强，除了临床医学，上交大进入学科评估的医学学科仅有A-的基础医学，而复旦大学还有A的基础医学和A-的公共卫生与预防科学、中西医结合。
而浙江大学作为一所公认的巨无霸大学，现在的浙江大学是由老浙江大学、杭州大学、浙江农业大学、浙江医科大学合并而来，虽然参与合并的这些学校也是此前浙江大学分出去的，但是各自经过多年的发展，再次合并学校的各方面都形成了相当的规模。浙江大学在学科评估中不仅有59个学科上榜，更为惊人的是A＋学科拥有11个，主要包括农林类、医学、工科等学科。学校的A类学科达到了39个，超过了复旦大学所有上榜学科数。学校在十三大学科门类中除了军事学类，其他十二大学科门类均有很不错的表现。