据日本朝日新闻的调查显示，截至8月底，日本全国因感染新型冠状病毒而在家中或养老院疗养中去世的人至少超过200人，达到206人。从第5波疫情开始，8月的死亡人数最多，其中东京剧增，但大阪、兵库主要集中在第4波的4、5月，第5波没有增加。日本专家指出“东京没有吸取大阪在第4次疫情中得到的教训，医疗体制扩充不足”。
截止到8月末，因感染新冠在自家或老人设施疗养中去世的人共计206人，包括住院调整中、因年龄大等理由本人或家属拒绝住院的情况。但在宾馆等住宿疗养设施去世的人不包括在内。
死亡人数最多的是共计90人的东京都。第3波1、2月共造成40人死亡。在第4波死亡人数为2人，但在第5波死亡人数再次增加，8月份共有44人死亡。进入9月，截至23日已有5人死亡。
东京都内的自宅疗养者在第3波增加到约9400人。在第4次疫情中最多减少到约2400人，但在第5次疫情中8月下旬达到了约2万6千人。8月份的44名死者中，25人年龄在50岁以下。东京都表示:“(第5波)医疗态势的紧张是事实。由于情况骤变死亡的人较多。”
9月24日，日本全国新增新冠肺炎确诊病例2093例，其中，东京都新增确诊病例235例，大阪府新增240例。
在9月预计日本将解除到期的紧急事态宣言，随着疫情缓和，担心第六波疫情，日本计划年内面向医务人员接种第三剂新冠疫苗.
日本厚生劳动省22日面向各地方政府召开了有关开展第三剂新冠疫苗接种工作的在线说明会。日本政府计划针对已于2020年3月至4月间完成两剂疫苗接种的104万医务人员，最快于今年12月启动第三剂疫苗接种。面向老年人群的第三剂疫苗接种工作预计将在明年初启动，厚生劳动省要求各地方政府做好相关准备。
说明会上公布的资料显示，针对2020年5月接种完第二剂新冠疫苗的200万名医务人员以及61万老年人、43万普通居民，日本计划在2022年1月启动第三剂疫苗的接种工作。预计，明年2月将有1399万人接种第三剂疫苗，3月有2339万人、4月有2251万人接种第三剂疫苗。
日本厚生劳动省在17日召开的专家分科会上充分肯定了接种第三剂新冠疫苗的必要性，并提出应在接种第二剂之后间隔8个月以上再接种第三剂疫苗。
据悉，日本民众接种的第三剂新冠疫苗种类将会与其接种的前两剂相同。与此同时，日本政府将在参考他国情况的基础上，研究混合接种的可能性。
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