年羹尧与雍正的君臣关系，是非常特殊的。康熙四十八年（1709年），在31岁的雍正被封为雍亲王后，年家上下就成为雍亲王的幕僚，而年羹尧的妹妹年氏也进入雍亲王的府邸，成为他的侧室。在君臣、妹夫的关系下，年羹尧自然受到了雍正的宠信。
1723年，雍正即位后，便封年羹尧为镇远大将军，镇守西宁。半个月的时间内，年羹尧便立下赫赫战功。他平定西宁战乱的功绩不仅是自己的功劳，更是雍正能够在帝位上站稳的凭证。因此，在本就受宠的年羹尧身上，雍正更是下足了功夫。
但是，与一般功臣和君主的关系不同的是，他们的君臣之情中多了一些不成体统。因为年羹尧很早就跟随雍正，且两人有亲属的关系，所以他们之间交流相处更加随意，且雍正对年羹尧非常亲昵，这些都是造成两人君臣关系破裂的原因。
在雍正于雍正二年接到来自前方的捷报时，是这样称赞年羹尧的：“朕览二奏，几乎落泪。从古名臣，历阅史册，如卿之丹城报国者，希有也！是什么本领，是什么心肠，若非忠诚感格神盼默助，人力这所难能者。真国家苍生多福，上天赐朕这柱石梁栋股肱心腹也！实在满心嘉奖，心不知从何书汝好处也。”类似言论颇多。因此可以看出，这一时期雍正与年羹尧还处于“蜜月期”，雍正对年羹尧是真心实意信任。
但是这样的“甜言蜜语”，实在不该出自于君臣之间，甚至于不该让年羹尧这样容易忘我的人看到。年羹尧实际上很早就显露出其祸心，不仅利用职权私揽钱财，而且还在府邸私自度用帝制。最让人难以接受的是，他私自改动雍正的圣旨，这简直就是莫大的罪名。无论是哪一种罪，都够他被处死好几次。
比如他曾在公开场合擅自替雍正写圣旨：“今年三月，臣将所刻陆宣公奏议一部恭进，蒙圣恩许赐序文。伏念万机无暇，恭劝节劳颐养，何敢以此上烦圣心不揣固陋，代拟一序，倘得宸翰挥洒颁发，臣之荣耀永永无极。”事实上，在雍正发现了之后，曾多次警告过他不要超越自己的权限。对于他次次不恭敬的做法，雍正一忍再忍，毕竟他确实为了雍正的帝位做出过许多贡献。但是年羹尧得意忘形，根本未听懂雍正的暗示，致使两人仅仅只做了两年的君臣，就激得雍正心生斩除之心。
那么，他是如何对付年羹尧的呢？事实上，雍正只是借刀杀人，利用年羹尧在朝中与各个官员早就有的嫌隙和仇恨，挑起他们之间的是非。年羹尧的倒台要提到一个非常重要的人物蔡珽，他也是自雍正还在雍王府的时候拜入其门下的，且是受到年羹尧的推荐。因此可以说，年羹尧原本是蔡珽的伯乐。但是后来二人关系逐渐生出裂痕，到最后成为朝堂上的仇敌。
康熙六十一年（1722年），蔡珽任四川巡抚，并与雍亲王搭上线。在蔡珽任职时，曾弹劾过年羹尧的亲信，这使得年羹尧逐渐与他生出嫌隙；后来年羹尧的手下王景灏也弹劾了蔡珽的手下，于是他们二人之间就渐渐由友好的同僚变成政敌。
直到雍正即位，两人关系已经彻底僵硬。在雍正元年（1723年），年羹尧弹劾蔡珽的旧友程如丝，而蔡珽当然要为其说好话，这时候雍正并未一贯的听从年羹尧的话，只是持保留意见。但是在雍正三年时，当年羹尧再次弹劾程如丝的时候，雍正评价他为“按察使程如丝是汉人内第一等人”，这句话也给了蔡珽扳倒年羹尧的决心。为了审理程如丝的案件，雍正将这件事交给石文悼去办。石文悼是雍正的亲信，跟年羹尧和蔡珽都没有什么关系，他只为雍正做事。所以石文悼基本就代表着雍正的观点，他当时认为程如丝一案为冤案，上奏替程如丝开脱，这事实上也是雍正默认的结果。
在雍正二年的时候，两人的交锋到达一个极端。雍正只眼看着自己的臣子互相争斗，不过并未作出过什么偏向。直到次年的时候，雍正提拔蔡珽之时，基本上已经表明了立场。雍正三年的时候，年羹尧倒台。本以为能够平步青云的蔡珽根本想不到，等待着自己的将是落魄的结局。
蔡珽仅仅获升一年后，雍正就将他吏部尚书、左都御史的职位撤去了，后又因为其包庇杨云栋贪污而革职，其获罪速度之快，令人咋舌。事实上，对于雍正卸磨杀驴的做法，可能不仅仅出自于对蔡珽本人的厌恶，同时也已经对君臣关系感到无望。毕竟他曾经被亲信背叛过，只要蔡珽再做出类似结党营私的行为，雍正就变得比较敏感。事实上，在雍正当政期间，很少有信任的心腹，可能他在权力的漩涡中已经无法再对自己的臣子敞开心胸了。