新冠病毒是需要“查户口”的。

自今年7月份以来,南京和扬州所有新冠确诊病例提取的核酸样本,都被第一时间送往江苏省疾控的实验室,进行细致的基因组测序,为确定病毒毒株、流调溯源做出了重要技术支撑;为快速准确划定风险地区和人群,从而实现精准防控,提供了重要依据。

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江苏省疾控中心内的负压实验室 来源:荔枝新闻

日前,荔枝新闻记者探访了该实验室,看看给新冠病毒“精准查户口”到底有多重要。

病毒基因组测序VS核酸检测,有何不同?

在二级生物安全标准的负压实验室,几位检测人员穿着厚厚的防护服,正坐在生物安全柜前忙碌——刚刚送来的新冠确诊病例样本,要进行核酸提取。

这是病毒基因组测序第一阶段的操作,与核酸检测有什么不同呢?

检测人员穿戴防护服准备进入负压实验室 来源:荔枝新闻

江苏省疾控中心病原微生物研究所主管技师赵康辰介绍:

核酸检测,是甄别样本是阴性还是阳性,筛查出病毒感染者;

基因组测序,是分析确诊病例的病毒毒株,确认种类,锁定来源。

后者在程序上也更复杂:拿到确诊病例的呼吸道拭子样本,要先在负压实验室中提取核酸,之后转入普通环境下的分子实验室,经过定量、加上分子标签、扩增、纯化分选等一系列复杂的步骤,放入专门的机器设备进行全基因组序列检测,最后通过专业软件分析检测结果。

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江苏省疾控分子实验室里,赵康辰正在处理样本 来源:荔枝新闻

通常,一个批次的样本仅前期人工操作的时间就要10~12小时,这么长的时间还必须寸步不离,直到结果确认后才能换班,防止在人手交接中旁生枝节,影响测试结果的准确性。

每个班次都要长时间全神贯注地工作,所以赵康辰会与另一位同事搭档,在程序上互相提醒,在操作上互相监督。

此德尔塔≠彼德尔塔,如何精准判断?

江苏省疾控中心病原微生物研究所所长崔仑标介绍:做病毒基因组测序,首先可以监测病毒进化变异情况。

冠状病毒的最大特点,就是全身长满了凸起。

冠状病毒示意图 来源:视觉中国

这些凸起,学名叫“刺突蛋白”(Spike Protein),也称为S蛋白 。它们像一个个竖起来的撬锁工具,进入人体后,瞅准了人体细胞上某些部位,就凑上去 “溜门撬锁”,在细胞里翻找“资源”进行自我复制。

如果S蛋白发生了突变,就意味着它跟人体结合能力发生了改变,导致新冠病毒的传播力、致病力和危害性有了新变化。

所以,查清新冠确诊患者感染的是哪种变异毒株,将直接关系到患者的治疗和疫情防控的决策部署。

新冠病毒的遗传物质是RNA,它是由4种小分子(也就是碱基)串联成的一条链。

病毒的基因测序,就是通过分辨这四种小分子在序列上的区别,从而判定新冠病毒样本是哪种变异毒株。

世界卫生组织(WHO)将新冠病毒主要变异病毒类型,用“希腊字母+数字”的形式来表示,

比如德尔塔株,就是B.1.617.2。

新冠病毒德尔塔变异株示意图 来源:Nature

而一种主要的变异病毒类型,只要还在传播就会继续变异。德尔塔株就继续变异,细分成了B.1.617.2.1、B.1.617.2.2、B.1.617.2.3……

病毒变异很复杂,但在专家们看来还是一目了然的。

所以,国内不同地区确诊患者,哪怕同样感染了新冠病毒德尔塔毒株,通过基因测序就能给病毒“查户口”,分辨“此德尔塔是不是彼德尔塔”,彼此有无关联,是否同源。

基因测序能帮助流调溯源,如何做到精准?

崔仑标所长介绍,给病毒做基因测序,另一大作用就是为流调溯源、疫情防控措施提供技术支撑。

新冠病毒容易发生变异,这些变异会遗传给病毒的下一代,牢牢嵌入其中。

这就好像一条不断编织的围巾,记录了过去所有的针法——通过基因测序,也可以从病毒样本中找到过往的所有变异。

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新冠病毒德尔塔变异株传播力变化示意图

来源:世界卫生组织官网

如此一来,只要分析病毒样本,就可以知道对应的确诊病例是不是在同一条传播链上,几位感染者到底是谁传染给了谁。

再配合流调人员对病例活动轨迹的分析,综合研判病毒流传途径,便于及时调整防控措施,迅速找到密接人群,斩断传播链,保护人民群众的健康安全。

实验室中的战疫 同样争分夺秒

据了解,今年7月疫情发生后,根据国家工作组相关要求,江苏省统筹基因检测资源,配强人员和设备,加快符合测序要求的阳性感染者样本测序工作,提高了基因测序速度和效率。

江苏疾控病原微生物研究所所长崔仑标(右)与同事们商讨样本基因测序工作

来源:荔枝新闻

在过去的30天里,江苏省疾控中心的实验室里,20名病原微生物技术骨干,操作8台测序仪,24小时轮流上阵,所有样本随到随测,极大提高了新冠病毒变异监测能力,为溯源和传播链分析提供技术支撑。

8月19日江苏省南京市上空云卷云舒,当日该市全域都调整为低风险区域。

来源:视觉中国

采访中,这些80后为主的江苏省疾控工作人员说:核酸筛查可以快速确定感染者,而病毒基因测序的结果,直接决定下一步去哪里流调,怎么划定重点人群,哪些区域要隔离消杀。

为了实现对疫情的精准防控,这项工作就是重要的技术支撑。大家唯有全力以赴,争分夺秒,哪怕能早一刻钟、早一分钟出结果,都是为疫情防控大局做出了贡献。

(本文系荔枝新闻专稿,拒绝一切删改)

来源:荔枝新闻

编辑:YING