《三体》三部曲实际上讲了三个选择的故事。
第一，要不要回复外星人信息？
地球人收到了来自三体文明监听员的消息，内容是：不要回答！
三体文明距离地球只有四光年，他们有三个太阳，运行很不稳定，三体人想要继续生存就只能移民到别的地方，而地球就是一个最好的目的地。
出于人道主义考虑，三体文明监听员收到地球发来的信号后，冒着生命危险告知地球人切勿回复。如果地球人回复了，那么三体人将会得知地球坐标并对地球展开进攻。
可问题是主角叶文洁已经对人类伤透了心，她认为只有外星人才能救地球，所以她回复了这个信息，导致地球方位被锁定，地球毁灭进入倒计时。
第二，要不要向全宇宙发送三体跟地球坐标？
为了生存地球准备了面壁计划，利用三体人不会说谎的特点，找了些谋略大师，他们不和任何人交流，独自一人利用全地球资源找出解决办法，史称面壁者。
与此相对，三体人则准备了破壁者计划。
第一位面壁者希望用球状闪电武器对抗三体人，最后证明武器无效。
第二位面壁者希望用核弹把地球变成毫无价值的星球，最后被愤怒的民众打死。
第三位面壁者希望带领人民逃离太阳系以避免被屠杀的命运，最后也以失败而告终。
第四位面壁者罗辑认为，宇宙是一座黑暗森林，每个文明都是带枪的猎人，任何暴露自己的存在都会面临被消灭的威胁。
因此罗辑建立黑暗森林威胁，在各处安放了引力波发射台。如果三体人胆敢进攻地球，他就会向全宇宙发出三体人和地球的具体坐标信息，迫使三体舰队不敢进攻地球，他们不想冒着和地球同归于尽的风险。
此时罗辑成功化解地球危机，他成为两个文明的持剑人。
按照约定三体文明不再进攻地球，还会帮地球发展科技。可三体文明毕竟太过强大，如果他们违背约定，地球要不要冒着同归于尽的风险发出两个文明坐标呢？这个选择权就在新一代持剑人程心手里。
程心提出阶梯计划，把一个人类大脑派到三体舰队。她选定了自己的暗恋者云天明，而云天明则花300万购买一颗拥有行星的恒星送给程心当礼物。
由于程心的软弱，导致三体人伺机破坏引力波发射台，地球丧失了威胁三体人的资本，因此遭到三体的恐怖打击。
正当人类陷入绝望时，一艘漏网的人类战舰向全宇宙发出了太阳系和三体文明的坐标。在宣判地球死刑的同时也宣判了三体人的末日。
第三，要不要发展光速飞船？
坐标发送出去后，三体世界率先受到更高文明打击而毁灭，接下来就轮到地球想方设法保护自己了。
人类想了三个方案。
第一，在太阳系角落建立掩体，哪怕太阳被毁灭人类仍可生存下去。
第二，发展黑狱计划，告诉全宇宙文明自己是无害的，自己只会存在于太阳系，不会成为任何人威胁，希望高等级文明可以放过人类。但一旦计划成功，人类将永远被困在太阳系。
第三，发展光速飞船逃离太阳系，寻找新的家园。
到底要进行哪个计划，选择权也在程心手中。
如果发展光速飞船会在宇宙中留下痕迹，其他文明会找到地球坐标。
所以程心的愚蠢再度爆发，她放弃研究光速飞船，还害死了坚持发展光速飞船的维德。
此时高等级文明歌者发现了太阳系的存在，他们利用二向铂对太阳系进行降维打击，把整个太阳系变成一张二维化，就像是我们把苍蝇拍扁的那种感觉。
而程心则利用维德偷偷建好的光速飞船溜了。
逃离之后程心才发现，光速飞船可以把太阳系掩盖从黑狱。原来发展光速飞船才是最好的选择，可是一切都完了。
故事的最后，程心发现神级文明正在试图重启宇宙。宇宙原来有十个维度，可由于不断战争宇宙正在死去，只有重启宇宙才能拯救所有文明。
程心生活的位置是云天明留给她的小宇宙，但这个小宇宙偷取了大宇宙的物质。如果宇宙重启却发现少了物质，会打破宇宙平衡，宇宙将无法重启，只能继续膨胀下去直到死亡。
为了大宇宙，程心最终交出小宇宙，只是给自己留下了一个五公斤的漂流瓶。
当宇宙再度重启时，这五公斤的漂流瓶会不会对宇宙产生影响并导致重启失败呢？这个悬念只能等读者亲自挖掘了。