除了抢险救援外，河南暴雨中的防疫工作已经在相关受灾区域展开。
7月21日，河南省疾控中心副主任张红卫对第一财经记者表示，“我们今天做了全面防疫的部署安排。”
洪涝灾害发生后，由于供水系统毁损、食物安全难以保障、居住条件受到破坏、人群与病媒生物的接触机会增多、人口流动性加大、人群抵抗力降低以及卫生服务可及性降低等因素影响，极易发生各类传染病疫情，特别是肠道传染病和自然疫源性疾病疫情的暴发和流行。
也因此，洪涝灾害发生后，应重点关注霍乱、痢疾、伤寒副伤寒、其他感染性腹泻、病毒性肝炎（甲肝、戊肝）、流行性出血热、钩端螺旋体病（钩体病）、乙型脑炎（乙脑）、血吸虫病、流感、流行性出血性结膜炎（红眼病）等传染病。
根据《洪涝灾害灾区传染病和突发公共卫生事件监测技术指南（2017年版）》技术指导文件要求，洪涝灾害发生后，在灾区灾民安置点迅速开展公共卫生状况和需求快速评估，持续了解灾区灾民安置点公共卫生状况，识别安置点居民主要健康威胁和需求，并为灾后公共卫生风险评估提供依据，指导提出有针对性的、可操作性强的灾后卫生防控建议。
“我们目前每个检测点都在观察，首先要预防的是胃肠道疾病，其次还有蚊虫等。因为有些地方有积水，会导致蚊虫比较多。目前我们所储备的防疫物资很充分。” 郑州市二七区疾病预防控制中心主任曹杰斌对记者表示。
针对洪涝灾害期间的饮用水卫生热点问题，7月21日，河南省疾控中心发布紧急提醒称，洪涝灾害对饮用水卫生可能会产生致病微生物污染、水质感官性状恶化和有毒化学物质污染三个方面的影响。
为保障灾后安全用水，河南省疾控中心提醒：正在供应的自来水是安全的；遭到损坏的自来水厂、被淹没的供水设施，会立即停止供水，待水退后，经彻底清洗消毒并经卫生健康部门检验合格后才能恢复供水。对于临时应急的供水水源，推荐选择的顺序为：优先选择泉水、深井水、浅井水，其次才考虑河水、湖水、塘水等。
集中供水点有条件的首选净水消毒设备进行生活饮用水消毒，对临时集中供水设施、设备，应添加饮用水消毒剂。用于送水的设备，无论是水车、消防车、洒水车、水箱或聚乙烯塑料水桶，在运水前，都必须对盛水容器进行彻底的清洗和消毒。如直接从江、河、渠、溪、塘、井、涌泉等水源取用水者，可采用含氯消毒剂消毒，一般采用缸（桶）水消毒处理。若取回的水较清澈，可直接消毒处理后使用。若很混浊，可经自然澄清或用明矾混凝沉淀后再进行消毒。常用的消毒剂为漂白精片或泡腾片。对于临时用水消毒方法，如有可能，尽量在专业技术人员指导下进行。
此外，河南省疾控中心提示，洪涝灾害期间，应该做到不喝生水，尽量喝烧开的水、瓶装水或经救灾指挥部认可的饮用水（净化设备现场制备或送来的桶装水）；不喝来源不明或被污染的水，不用来源不明或被污染的水漱口、洗菜等；缸、桶、盆等盛水器具要经常消毒，消毒后用干净的水冲洗；自觉保护生活饮用水水源及环境，在指定地点堆放生活垃圾、倾倒生活污水等。