南京医科大学，是首批教育部、国家卫生健康委与省政府共建医学院校和江苏高水平大学建设高校。学校创建于 1934 年，在 1993 年更名为南京医科大学。
在 2021 软科中国医药类大学排名中，南京医科大学排名国内第三，仅次于北京协和医学院和首都医科大学。
2021 年 6 月 21 日，江苏省发布 51 位省管领导干部任前公示，公示中，现任南京医科大学党委常委、副校长胡志斌，拟任南京医科大学党委副书记、校长，试用期一年。
南京医科大学现任校长为沈洪兵院士，沈洪兵，1964 年 5 月生，江苏启东人，中国工程院院士。1981 年至 1986 年在南京医学院卫生系卫生专业学习，获学士学位。1986 年至 1989 年在南京医学院卫生系流行病学专业学习，获硕士学位，同年进入南京医科大学流行病与卫生统计学系任教。1996 年至 1999 年在上海医科大学（现复旦大学）公共卫生学院流行病学专业学习，获博士学位。1999 年至 2002 年作为高级访问学者在美国德克萨斯大学 M.D. Anderson 癌症中心肿瘤流行病学系学习。2002 年起先后任南京医科大学公共卫生学院副院长、院长。2011 年 10 月任南京医科大学副校长、党委常委。2014 年 4 月任南京医科大学校长、党委副书记。
胡志斌，1978 年 4 月生，江苏苏州人，现任江苏省苏州市人民政府副市长（挂职），南京医科大学党委常委、副校长。1997 年至 2002 年在南京医科大学临床医学专业学习。2002 年至 2007 年在南京医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学硕博连读（2005 年至 2007 年在美国 MD 安德森癌症研究中心做博士后）。2007 年起在南京医科大学任教，2008 年任副教授，2010 年任教授。2012 年任南京医科大学公共卫生学院副院长，2017 年任南京医科大学公共卫生学院院长、南京医科大学副校长。2020 年至今，任苏州市政府副市长（挂职），南京医科大学党委常委、副校长。
南京医科大学设有 19 个学院（包含康达学院），拥有 15 家承担临床驻点班教学的综合性及专科性附属医院。学校现有中国工程院 2 人（王学浩院士、沈洪兵院士）、以及中国科学院双聘院士 3 人，美国国家医学院外籍院士 1 名，国家百千万人才工程 8 人，国家杰出青年科学基金获得者 10 人，优秀青年基金获得者 16 人。
南京医科大学现有临床医学、分子生物学与遗传学、生物学与生物化学、神经科学与行为学、药理学和毒理学、免疫学、社会科学总论、化学、材料科学等 9 个学科进入 ESI 全球排名前 1%，其中，临床医学学科、药理学与毒理学学科进入 ESI 全球排名前 1‰。