慕容垂的病逝对拓跋珪来说，无疑是天大的好消息。此前在慕容垂的亲自指挥下，北魏节节败退，形势一度十分危急。现在慕容垂死了，这个危机也就化解了。更为重要的是，慕容垂一死，后燕国内在无人能与拓跋珪一较高低了，于是拓跋珪把目标放在了富裕的中原。
登国十一年（公元396年，东晋孝武帝太元二十一年）六月癸酉日，拓跋珪派将军王建等人袭击后燕广宁太守刘亢泥，刘亢泥战败被杀，其所属部落也被迁到平城，上谷太守慕容详听说刘亢泥之死，吓得弃城而逃，上谷就此落入北魏之手。这里提一下王建，王建本姓乌丸，字敕以建，鲜卑族。北魏王朝外戚大臣，拓跋什翼犍的母亲平文皇后侄孙。登国年间，授外朝大人，参掌朝廷事务与谋划大事。参合陂之战，献策坑杀俘虏之人就是王建。
就在拓跋珪准备大展宏图之时，他的母亲贺兰氏病故了。因为小儿子拓跋觚出使后燕遭后燕扣留。贺兰氏因拓跋觚不能返回，忧虑挂念而患病。结果在这年六月丁亥日，贺兰氏因病去世，时年四十六岁。贺兰氏在拓跋珪的崛起之路上贡献是巨大的，但拓跋珪并没有因为母亲之死，而放缓自己的战略目标。在安葬好贺兰氏后，这年七月，右司马许谦上书劝拓跋珪进尊号。拓跋珪听后虽暂未称帝，却改元皇始，始建天子旌旗，出警入跸使用。
改元之后，拓跋珪加快了对后燕的蚕食步伐。八月，拓跋珪亲率步骑兵四十万大军南出马邑，越过句注攻打后燕的并州。同时又命封真率偏师进攻后燕幽州。北魏这次出兵声势十分浩大，旌旗骆驿二千余里，鼓行而前，民室皆震，大有彻底消灭后燕的架势。
九月，北魏军抵达阳曲，沿着西山临近晋阳。面对近在咫尺的晋阳城，拓跋珪没有第一时间发动进攻，而是派骑兵围绕晋阳城大噪一番而去，企图以此动摇晋阳城中后燕守军的军心。守城的后燕辽西王慕容农选择出城迎战北魏军，但遭遇大败，准备逃回晋阳时，他的司马慕舆嵩却选择了叛变，紧闭城门不让慕容农进入。慕容农无计可施之下，只得带着妻子儿女和部众数千人向东逃跑。魏中领将军长孙肥率众追击，在潞川追上并击败了慕容农，慕容农全军覆灭，慕容农的妻儿被掳，慕容农自己也身受重伤，最终侥幸逃回中山，随慕容农一起逃回去的只剩三人。
拿下晋阳后，拓跋珪又派辅国将军奚牧去攻取汾川，抓获后燕丹杨王慕容买德和离石护军高秀和。至此并州落入拓跋珪之手。这一次拓跋珪没有像以前那样，将当地的人口进行迁徙，而是第一次设置朝廷的办事机构，并设置百官，封拜公侯。不仅如此，刺史、太守、尚书郎等以下的官吏，拓跋珪全部起用读书人，任命中书侍郎张恂等为诸郡太守，大量招集离散流民，劝课农桑。拓跋珪还在当地开始招贤纳才，但凡有士大夫到军营门口拜见，无论年龄大小，拓跋珪都到营中亲自慰抚，让他们畅所欲言，只要稍稍有点才能和可用之处的，都加以任用。
夺取并州只是达成了拓跋珪宏伟目标的第一步。这年十月，拓跋珪命于栗磾及公孙兰等暗中开通昔日韩信在井陉用过的道路。道路开通后，拓跋珪亲自率军从井陉而出，对常山发起进攻。面对突如而来的北魏军，常山的后燕守军完全没有做好准备，常山很快就被北魏攻破，后燕常山太守苟延成了北魏的俘虏。因为先前后燕君臣准备采取坚守中山，和北魏进行持久战的策略，所以常山以东各郡县的官员不是弃城就是投降，北魏于是轻易地得到中原大部分郡县归附，仅剩中山、邺城及信都三城。拓跋珪于是兵分三路准备拿下这三座城池。拓跋珪自己负责进攻中山，东平公拓跋仪率五万骑兵进攻邺城，冠军将军王建、左将军李栗攻信都。
十一月己未日，拓跋珪对后燕首都中山发起了进攻。这是北魏第一次真正攻打有坚固防御工事的城池，没有攻城经验，又缺乏攻城器具的北魏军，面对中山高大坚固的城墙，无法发挥自己的优势，频频遭遇挫折。面对后燕高阳王慕容隆驻守的南城，北魏进攻不力，伤亡了数千人。面对不利的战局，拓跋珪敏锐地意识到，强攻中山势必会造成极其巨大的伤亡，时间久了也会有粮草的问题，于是在和群臣商议后，拓跋珪准备先攻取信都和邺城，之后再来进攻中山。十一月丁卯日，拓跋珪率军撤离中山战场南下。
拓跋珪南下之后，将大军集结在鲁口，切断了中山和信都的联系。后燕博陵太守申永逃奔河南，高阳太守崔宏则逃到海岛上避祸。崔宏之名拓跋珪早有所耳闻，于是派骑兵将其追回，之后任命他为黄门侍郎，和给事黄门侍郎张衮一起执掌机要，创立法律制度。拓跋珪可能不会想到，崔宏父子在之后岁月所起到的作用是难以想象的。
虽然有了崔宏的加入，却不能掩盖北魏的各种进攻不利。王建等人进攻信都城，六十多天都没有攻下，并且伤亡惨重。进攻邺城的部队也被后燕范阳王慕容德击败，形势不容乐观。为了支援进攻邺城的拓跋仪，拓跋珪在十二月，又派贺讷之弟辽西公贺赖卢统率骑兵二万，会同拓跋仪，准备再度对邺城发起进攻。就在拓跋珪调兵遣将之时，北魏内部却出了点乱子。拓跋珪麾下有一个名叫没根的别部大人，此人有胆有勇，但拓跋珪却非常讨厌他。十二月己丑日，因害怕会被拓跋珪诛杀，没根就带着几十个亲信投降了后燕。后燕皇帝慕容宝大喜，任命他为镇东大将军，封雁门公。没根也想在新主子面前表现下，就请求回兵奇袭北魏。但因为没根刚投降，慕容宝不敢太相信他，外加后燕此时兵力捉襟见肘，所以只给了他一百多名骑兵。没根就将他们伪装成魏兵，连夜进入北魏大营，北魏军对此当然没有防备，于是直到没根等人快杀到中军大帐时，拓跋珪才发觉，只能狼狈不堪地仓皇逃走了。好在没根因为人少见好就收，拓跋珪由此逃过一劫。
没根的反戈一击让拓跋珪颜面扫地，但新的挫折又接踵而至。进攻邺城的拓跋仪和贺赖卢之间也出现了问题。皇始二年（公元397年，东晋安帝隆安元年）正月，因为后秦不肯出兵解围邺城，致使邺城军民惊恐异常。这本是北魏拿下邺城的天赐良机，但贺赖卢自以为他是拓跋圭的舅舅，所以不听拓跋仪的调度指挥，两人由此产生了矛盾。见此情景，拓跋仪的司马丁建暗地里与慕容德勾结，在拓跋仪与贺赖卢中间挑拨离间，并把这种情况写成书信用箭射进邺城告诉给了慕容德。正月甲辰日（初六）这天，大风突起，天昏地暗。贺赖卢的军营之中出现火光，丁建于是对拓跋仪谎称贺赖卢叛乱了。拓跋仪信以为真，便迅速领兵撤退。贺赖卢听说了拓跋仪后撤的消息，也紧跟着带兵退了下来。丁建则带领他的部众向慕容德投降，并且将拓跋仪的部队已经疲惫不堪的情报，告诉了慕容德。慕容德于是果断派兵追击，大败北魏军。
接二连三的挫折与意外让拓跋珪大为生气，为了挽回颜面扭转战局，拓跋珪准备全力拿下信都，以此来洗刷耻辱。正月庚申日，拓跋珪亲率大军进攻信都，后燕信都守将宜都王慕容凤见状，选择弃城出走，信都终于被攻破了，灭亡后燕似乎指日可待了。就在拓跋珪准备再接再厉之时，北魏内部又一次内讧了。原来没根投降后燕后，他的侄子并州监军丑提害怕受牵连，就索性带领麾下回国叛乱。丑提在后方的叛乱，使得拓跋珪不得不回去平乱，于是他派出自己的国相涉延前往后燕准备求和，并以其弟拓跋觚为人质。
慕容宝深知拓跋珪此时的处境，果断拒绝了议和，并派出冗从仆射兰真，前往拓跋珪处责骂拓跋珪忘恩负义。仅仅这些当然还不能让慕容宝解恨，慕容宝决定还击，他征调了后燕全国剩余的精锐兵力，步兵十二万，骑兵三万七千。随后慕容宝亲率大军和慕容农、慕容隆、慕容麟等人一起出征，将大军全部开拔到柏肆驻守。并在滹沱河北岸设营，准备拦阻撤退的北魏军，给予其致命一击。参合陂之战后，北魏和后燕的又一次大战即将展开。
二月丁丑日，拓跋珪率军到达柏肆，在滹沱河的南岸扎营。这时慕容宝首先动手了，他先是以重金招募了勇士万余人，然后命慕容隆率领这些人作为先锋，趁着夜色偷渡滹沱河，向北魏大营发起偷袭，他自己则在营北结阵作为援兵。后燕军过河后，就凭借风势放起大火猛攻北魏军大营，然后对北魏军发起猛烈进攻。面对突如其来的变故，北魏军顿时一片大乱。原本在睡梦中的拓跋珪顿时被惊醒，知道出大事后，拓跋珪连忙逃跑，慌乱中甚至鞋都没来得及穿。拓跋珪虽然弄得十分狼狈，却也逃过一劫。就在拓跋珪逃后不久，后燕将军乞特真就率百余人来到拓跋珪的营帐，但仅得到拓跋珪的衣服和鞋子。
后燕军旗开得胜，彻底击败拓跋珪似乎就在眼前。但就在这时，后燕军内出现内讧，那些招募的勇士开始彼此胡砍乱射。这就给了拓跋珪机会，他连忙命人击鼓重新集合士兵，待队伍稍稍集结完毕，他又命人在营地外围设置火炬，然后命令骑兵发起反击，结果这次换成后燕军惨败。虽然吃了败仗，但后燕损失的仅仅是先锋部队，慕容宝和他的十多万大军也已过河，但他没对拓跋珪发动反击，而是率军过河返回了北岸虽然在慕容宝的带领下，后燕军回撤到北岸。
到了第二天，拓跋珪集合好了所有军队，和后燕军隔河对峙。此时的后燕军早已士气低迷，已无力再战，慕容宝准备带着部队返回中山。慕容宝想全身而退，拓跋珪自然不会答应。北魏军于是紧跟后燕军，又多次击败了后燕军。慕容宝害怕被北魏军追上，竟让士兵丢弃武器和铠甲，轻装逃难，被丢弃的铠甲武器等物资多达数十万。但慕容宝还是嫌速度不够快，干脆置大军于不顾，仅率两万骑兵逃回中山。当时正值风雪交加，不计其数的燕兵冻死。除了俘虏大量后燕士兵，许多后燕高官也成了俘虏，其中后燕尚书闵亮、秘书监崔逞、太常孙沂、殿中侍御史孟辅等选择了投降为拓跋珪效力。
继参合陂之战后，后燕又一次精锐尽失，对于这种机会，拓跋珪又会作何打算呢？