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菏泽东站的建筑外观着重体现了站房立面形式与空间的高度统一，在为旅客提供宽敞开阔的公共空间的同时，创造极具地域特色的建筑形象，营造出“牡丹之都、生命之泽”的主题，屋面弧线韵律的带型天窗层层掀起，如同沼泽水流，隐喻水纹之动感。车站舒展的立面如张开的长袖，表达了“四泽十水流、盛世牡丹开、好客山东、迎八方来客”的情怀。
在整体结构上，菏泽东站站房共四层：出站层、广场地面层、站台层、高架层。高架候车层位于站场上方，高出站台层10米。在出站层、站台层和高架层局部设有夹层。
菏泽东站采用了TOD（交通引领城市发展）模式，与城市高效融合，在车站附近导入多种城市配套服务设施，形成高效复合的城市功能，引领站区西部老城区的现代化更新。在站房东西两侧结合现状道路，分别设置两条规划路，同时在站房南北两边分别设下穿铁路的规划路，形成车站周边环形交通，在站区的中部广场设一条贯穿东西的人行城市通道，构成两纵两横一通道的路网格局。
菏泽东站在旅客流线上采用了“上进下出+差异化流线+便捷换乘”的全方位立体流线，能有效缩短旅客步行距离。利用城市通廊，结合东、西两侧下沉广场，形成“工字型”的换乘空间，成为高效的旅客换乘通道，形成明确的交通导向和空间方位感。（记者 武 霈）