康熙二十六年十二月，清宫已经是乱作一团，太皇太后病危，康熙作为孙子，亲自侍奉汤药，并且向天祈福，却依然没能挽回祖母的生命，临终前，孝庄太皇太后留下了一道遗言，随后撒手人寰：
“太宗文皇帝梓宫安奉己久，卑不动尊，此时未便合葬，若另起茔域未免劳民动众，终非合葬之义；我心恋汝父子，不忍远离，务必于遵化安厝，我心无憾矣！”
按照清代的惯例，孝庄皇后应该和皇太极一起合葬在沈阳盛京的寝宫，然而她却拒绝这样的仪式，反而以“劳民伤财”作为理由，希望能够留在京城继续陪伴康熙父子。
而康熙对于祖母的态度，颇让人关注，孝庄的灵柩被放置在了清东陵，40多年没有下葬，就地建造了“暂安奉殿”，停灵其中，一直到雍正三年（1725年），这才建立陵园，将孝庄迁入了地宫，除此之外，清东陵埋葬5位皇帝和14位皇后，孝庄的确也是唯一没有迁入风水墙内的皇室成员，如果说孝庄没有和丈夫合葬，是因为她遗愿嘱托的话，那么这位清宫重要的功勋，被放在风水墙外，却显然有些说不过去。
作为前清时期重要的女性角色，孝庄从后金时期嫁给皇太极开始算，经历了四代君主，更是为顺治康熙等人稳固帝位立下了汗马功劳，然而民间关于孝庄皇后的风言风语也始终没有停下，不少人相信，她和昔日的摄政王多尔衮之间，有一段十分特殊的关系。
按照民间野史传闻，孝庄因为下嫁多尔衮，所以导致康熙停灵，而雍正更是惩戒性地罚她永远看守陵区大门，这样的说法多少有些夸张，可也符合逻辑的推理，因为孝庄皇后和多尔衮的关系，确实非同一般。
1643年，皇太极猝然离世之后，清廷内部分为了两派，一部分支持皇太极长子，肃亲王豪格继承皇位，而另外一部分支持皇太极弟弟睿亲王多尔衮接替，结果两派谁也不服谁，大伙采取了一个折中的办法，那就是拥立皇太极6岁的儿子福临登基，其母孝庄皇太后辅佐，多尔衮作为摄政王监国。
这样一个结果，从明面上看对多尔衮并没有好处，因为最终还是皇太极的儿子坐上了皇位，然而在接下来的宫廷斗争当中，豪格因为斗争失败被多尔衮幽禁致死，多尔衮反而拥有了最高的权利，他和孝庄之间，又有怎样的关系或者协议呢？
清代诗人张煌言，曾写下了一首《建夷宫词》，来嘲讽多尔衮和孝庄皇后之间的感情：“上寿觞为合卺尊，慈宁宫里烂盈门； 春宫昨进新仪注，大礼恭逢太后婚。”
考虑到张煌言是明朝遗臣，对清廷多有不满和言语攻击，诗文并不具备太多可信度。
多尔衮和孝庄皇后两人只相差了一岁，是叔叔与嫂子的关系，在辽朝时期，女真族内依然有继婚的习俗，但是随着和中原的交流，这逐渐也成为了犯法和有违伦理的事情，不过侄子豪格死后，多尔衮还将其女眷纳为小妾，多尔衮本人，对礼法约束显然不太在意，
随着多尔衮去世，默默忍受数年的顺治总算当家作主，立刻定了多尔衮的罪，有两条格外显眼：“僭越礼节，自称皇父摄政王”以及“亲到皇宫内院”。
关于“皇父摄政王”一事并非空穴来风，朝鲜的《李朝实录》也记载，当清朝使节递交国书的时候，朝鲜李朝君臣还在悄悄商议，这个“皇父摄政王”到底是几个意思，恐怕“似是以为太上矣”，而清宫使节却简单利落地解释了原因：“则去叔字，朝贺之事，与皇帝一体云。”
孝庄当时身为皇母，而多尔衮却自称“皇父”，和孝庄并列，很难不让人产生联想。
再来看看第二条，“私到皇宫内院”，多尔衮没事跑到皇宫里面去干嘛呢？顺治在回忆年轻时期的时候又说了：“睿王摄政时，皇太后与朕分宫而居，每经累月方得一见”。
母子相见，本应该是一件轻而易举的事情，而清代皇帝每天还要跑到太后那儿去请安，结果顺治却提到，因为多尔衮的缘故，却导致他们母子俩之间很少来往。
孝庄真要嫁给了多尔衮，目的也不难猜，无论是从稳定清廷内外贵族，还是维持顺治帝皇位的角度考虑，两人的结合对彼此都有好处，但是礼法上却有所不妥，因此也被后人视为了孝庄无颜地下见皇太极，从而拒绝与他合葬的理由，至于康熙，对祖母的葬礼也是难以选择，她该不该进祖陵，又是以何种方式？
这毕竟是一件不光彩的事情，清代是篡改删减史书最频繁的朝代之一，孝庄和多尔衮的秘密，也就笼罩了一层疑云。