顺治在位的时间长，但是在是否出家和感染天花而死的问题上，在历史上颇有争议。关于这个争议，一切要从顺治继位开始。
公元1643年，皇太极突然驾崩，由于生前并未指定谁是下一任皇帝，新的皇帝变得一下十分敏感。按照汉族人的习惯，当然继位者应该是豪格，皇太极由11个皇子，豪格年龄最大，时年34岁，他早年随皇太极四处征战，颇有战功。皇太极称帝时称帝时又封其为和硕肃亲王，与他的叔叔多尔衮、阿济格等并列于朝政，从一切来看，豪格继位应该是理所应当的事情。
但是在皇太极的兄弟们中也有很多人垂诞皇位，比如：睿亲王多尔衮、英亲王阿济格、豫亲王多铎等。这些人中就努尔哈赤的十四子、皇太极的同母异母的弟弟多尔衮势力最强，战功居多，他的正白旗是八旗中最精锐的部队。因此两个最有实力的人都想要夺取这个皇帝宝座，一场大战一触即发。
面对一触即发的险境，多尔衮尽管自己很想登上皇位,但从大局出发，果断决定自己不立为 王。但是在不能自立为王的情况下，又玩弄起权术，在诸皇子中想选一个小娃娃。 经过一番权衡，结果九皇子福临意想不到地选中，被捧上了皇帝的宝座。福临称帝，一方面把豪格势力压了下去，另一方面多尔衮可以利用叔父摄政王的地位独揽朝廷大权,达到个人的目的。
至于为什么在诸皇子中选择福临，一般认为是与皇太极庄妃有关。庄妃人长得很漂亮，与多尔衮一直有着说不清道不明的关系，而且代善也支持福临即位。传说后来庄妃下嫁给了多尔衮，所以多尔衮在这时挑选福临也不是漫无目标的。
就这样，福临在根本没有想到的情况下登上了皇帝的宝座，当时还未满6岁,这是清朝历史 上第一个小孩皇帝。第二年，改元顺治。
顺治短短的一生中，他共娶了19个妻妾，差不多是每年一个,但是最讨他欢心的的，只有董鄂妃一人。 据说顺治皇帝因其爱妃董鄂妃去世,悲恸欲绝，看破红尘，通入五台山落发为借。营章大清皇帝，怎么会为一个妃子出家当和尚呢?这引来人们的纷纷猜测。
董鄂妃贤良温驯、知书达理，以柔克刚，二人情投意合，恩爱非常。顺治帝曾数次欲废弃皇后，立她为后。董鄂妃为顺治生下了第四子,高兴的顺治帝把他称为“第一子”，并欲立这个儿子为皇太子。因此董鄂妃及儿子遭到了皇太后和皇后的迫害。董鄂妃死后，顺治帝巨大的悲痛和愤懑，再无心朝政，终于在半年之后，看破红尘，通人空门。人们普遍认为，顺治帝情缘断绝之日，正是佛缘缔造之时,并有文证事证、物证在。
文证-是说顺治帝的儿子康黑，曾4次 上五台山，目的就是探视他出家的父亲。在原治光后,康熙触景生情,赋诗一首:
又到清凉境,蠼岩卷复垂。
劳心愧自省，瘦骨久鸣悲。
膏雨随芳节,寒霜措大时。
文殊色相在，唯愿鬼神知。
事证-是说顺治帝生前信佛，爱佛人迷。他曾请浙江报恩寺住持玉林人宫，为自己取法名“行痴”，并制作了一个“痴道人”的玺章。
另一种说法就是顺治皇帝感染天花病死。
据《王文靖集，自摸年谱》记载:顺治十八年元且，朝臣应按旧例庆贺朝见，.朝廷突然下令朝臣免见，然面，顺治帝却在教殿破例召见了王文靖，并赐座、赐茶。
顺治帝说:“联患痘,势将不起，尔可详听联言，速撰诏书，即就榻前书写。”他三拟诏书，顺治帝三次过目钦点，直至第二日中午才算定稿。晚上，顺治帝便去世了。
又有《青碉集》记载,正月初二，皇帝曾到悯忠寺观看太监吴良辅削发为僧的仪式。初四，九卿大臣到皇宫问安方知顺治帝染病。初五，早朝的大臣们发现宫廷有些异样庆祝春节的对 联、门神已全部撒掉，整个皇宫笼罩在一派肃杀 、惨淡的气氛之中。初七晚，朝廷下大救令，刑狱 囚犯几尽一空，同时传令民间不要炒豆，不要点灯，不要泼水。这正是当时民间为天花患者祈福的风俗。
似乎是唯恐天花之事再降临到皇帝身上，于是在皇位继承人的选择上,才更倾向于已经出过天花的康熙。这一切记载都表明顺治确实死于天花。然而,这或许只是顺治精心策划的一前骗局!