撰文 | 王聪
2021年5月7日，美国科学院院士、麻省理工学院Rudolf Jaenisch教授等在《美国科学院院刊》PNAS 上在线发表了题为：Reverse-transcribed SARS-CoV-2 RNA can integrate into the genome of cultured human cells and can be expressed in patient-derived tissues 的研究论文。
该研究认为有足够的证据表明新冠病毒（SARS-CoV-2）基因组序列可以通过逆转录整合到人类基因组中，成为人类基因组的一部分。
该论文一经发布，就立刻引起了巨大轰动和争议，批评者们认为他们是在危言耸听，会引发公众不必要的担心，因为如果按论文中的想法，基于mRNA的疫苗，也会通过这样的方式整合并改变人类基因组。还有批评者认为这篇论文中的发现只是在实验室条件下的产物，在真实世界并不会发生。
而就是在上述PNAS论文上线几天后，著名病毒学期刊Journal of Virology发表了来自美国普渡大学的一篇题为：Host-virus chimeric events in SARS-CoV2 infected cells are infrequent and artifactual 的研究论文。
该论文直截了当的表示，新冠病毒（SARS-CoV-2）感染后整合到宿主细胞基因组中是极罕见事件，而且这是人为操作导致的，自然情况下不会发生这种现象。
新冠病毒（SARS-CoV-2）导致的新冠疫情暴发以来，不少患者出现了康复后又再次“复阳”的现象，但其中的机制尚未完全阐明。新冠病毒是一种正链RNA病毒，RNA依赖性RNA聚合酶（RdRp）复制其基因组RNA和转录其亚基因组RNA。因此，有人猜测，新冠病毒的RNA基因组是否会通过逆转录为DNA，并整合到人类基因组中，整合后的转录造成了核酸检测“复阳”？
事实上，确实有些病毒的遗传物质有可能被整合到人类和其他动物的基因组中，从而导致所谓的“嵌合事件”。在数百万年进化中，人类基因组中积累了大约100000个病毒整合进来的DNA片段，占据了人类基因组DNA总数的约8%。
如果新冠病毒（SARS-CoV-2）也能够将其遗传物质整合到人类基因组中，那无疑是一件可怕的事情，而且这也意味着任何其他基于mRNA技术的疫苗也可以做到这一点。
因此，确定新冠病毒（SARS-CoV-2） 能否在自然条件下整合进人类基因组中，就显得尤为重要。
众所周知，HIV病毒能够通过逆转录过程，将自己的RNA基因组逆转录为DNA，并整合进人类基因组之中。虽然新冠病毒（SARS-CoV-2） 也是一种RNA病毒，但是新冠病毒是正链RNA病毒，不具有将RNA转化为DNA的逆转录机制，因此无法将自身基因组整合进入人类基因组DNA中，而且，在感染过程中，冠状病毒都不会接近人类位于细胞核中的DNA。
因此，Journal of Virology论文的作者认为新冠病毒（SARS-CoV-2） 整合到人类基因组是理论上不可能发生的事情。
科学共识中不可能发生的事情，有时候还真的发生了，这也会给整个领域带来新的突破。因此，研究团队虽然认为新冠病毒不会整合，但仍然以开放的心态进行了进一步检测和验证。
对RNA进行测序时的文库构建需要用到逆转录酶，将RNA逆转录为cDNA，这一过程中会不可米面的出现错误，研究团队通过计算发现，如果样本中有其他物种RNA的话，这种人为错误导致的整合达RNA-seq数据的1%。
然后，研究团队从受新冠病毒（SARS-CoV-2）感染的细胞中提取遗传物质，然后将遗传物质扩增或复制了30次。如果宿主细胞DNA中发生新冠病毒的嵌合事件，那么来自新冠病毒（SARS-CoV-2）的遗传物质也将相应扩增了30次，这将使一个无法被忽视的数字。
然而，检测结果表明，嵌合事件的发生频率实际上不大于先前数据表明的背景噪声。从受感染细胞的RNA中大量富集新冠病毒（SARS-CoV-2）序列时，并没有富集到病毒基因组嵌合。
总的来说，该研究表明之前观察到的所谓“新冠病毒基因组整合到人类基因组中”的现象，实际上是RNA测序文库构建时的人为导致的一种假象。新冠病毒新冠病毒（SARS-CoV-2）从理论上不会整合，在更为严谨的检测中发现，所谓整合只是人工产物，在自然状态下并不会发生。
这项研究不仅支持了新冠病毒（SARS-CoV-2）不会整合到人类基因组中的观点，而且也减轻了对mRNA疫苗安全性的担忧。
论文链接：
https://jvi.asm.org/content/early/2021/05/07/JVI.00294-21
https://www.pnas.org/content/118/21/e2105968118