假面骑士圣刃细究起来，会发现有多逻辑和前后不搭的地方，而近期的剧情走向和设定，估计不少观众和粉丝非常的好奇，明明封印一把圣剑就能解决的事情，而且圣剑已经封印了好几把了，为什么依旧可以复原全知全能书，贤人封印圣剑是否成了无用功，借此机会官方也有详细的解释和说明。
贤人通过看到毁灭的未来，知道了真理圣主是罪魁祸首，所以决定走上一个人封印所有圣剑的道路，借此机会来阻止世界毁灭。当初就有不少粉丝吐槽，既然要阻止世界毁灭的计划，直接封印一把圣剑不久完了，这就和复联4中打灭霸的操作差不多，你扣一颗宝石就能阻止灭霸打响指，干嘛非要牺牲钢铁侠。
然后官方补完的设定，看样子是必须将所有的圣剑全部封印后才能达到这个效果，你就算是封印了10把，差一把都不行，只有封印了全部圣剑，外加贤人或者飞羽真其中一个人挂了，才能阻止世界毁灭，这就相当于七龙珠你必须收集齐了才能召唤神龙一样。其带来的直接效果就是让现世的全知全能书消失，差不多就是把门给你打碎了。
至于为什么之前封印的圣剑被解除了，官方给的解释是因为贤人被打爆，导致暗黑剑脱手，从而造成了封印被解除的效果，这解释说实话真的很牵强啊，贤人脱手黑暗剑可不止一次，而且被打爆的次数也不少，按理说风剑和音剑早就该解封了，结果这里才给了明确的解释，就离谱。
这说明还需要额外的效果，就是将暗剑回收才能破除封印，不过剧中拍得太着急了，还需要官方额外补充文字设定才清楚。而贤人最后没要雷剑而是继续选择了暗剑，估计还是想走封印的老路，不过留给贤人的机会已经没有了，一个是所罗门要来了，另外就是圣刃的最终形态也要来了。
但是这里还有一个比较奇怪的逻辑上的BUG，如果说圣剑不能被摧毁，那为什么15年前的战斗中，大秦寺使用音铳剑锡音的时候糟的太厉害，结果这么长时间都没有变身，外加大秦寺强调圣剑需要保养，这说明圣剑也有所谓的折旧的说法，看来是可以破损和损坏的，那这样一来剧情还真的说不通了。