进入工厂后海森伯格现身说法，并且与伊森展开了十分亲切的会话，不过由于伊森不同意用女儿进行交易，海森伯格直接化身暴躁老哥一脚送伊森摔了下去，随即一个螺旋桨怪物现身开始追杀伊森。这个区域设定可能让人想起比如《雷神之锤4》的改造人兵工厂设定，另外这个电锯螺旋桨怪物疑似抄袭了2013年的电影《弗兰肯斯坦兵团》的造型设定，其电影导演在网上也颇有微词，卡婊即便获得了版方支持应该也是理亏的。伊森一通探索后打败了不少万磁王的机械改造士兵，可以证实确实是在准备对米兰达发动叛乱。区域最后一段伊森终于又遇见了老熟人克里斯，这时候伊森才从克里斯口中得知了事情真相。
原来米兰达就是一系列事件的真正元凶，这老妖婆早已经潜入伊森家里拟态替换成了米娅样子，伺机掳走伊森的亲闺女萝丝，克里斯提前发现后直接突袭想要一举消灭米兰达，没想到米兰达还能拟态成尸体装死，在半路上攻击士兵并带走了亲闺女。克里斯本还想再劝导普通市民伊森就此收手，等他来解决这一系列问题，当然这根本也不现实，于是就把刚组装的猛男战车送给伊森去跟暴躁老哥算账对决。
伊森马上驾驶开动了起来，杀到一个开阔区域与化身变形金刚的老哥打了起来。个人觉得挺像《雷神之锤4》里面的战斗装甲的意思，左边控制大电锯，右边无限弹药的大炮火力全开。在炸毁工厂送走了暴躁老哥后，伊森竟然看到自己老婆米娅向自己走来，在接近伊森后又瞬间变成米兰达了，对着一脸懵逼的伊森使出一招黑虎掏心，伊森眼看着米兰达品尝起自己的小心脏，接着倒地直接凉了。
之后玩家控制角色换成了猛男克里斯，率领自己的精锐部队对村庄发起了全方位立体打击，这个区域战斗可以理解为在生化危机里玩使命召唤，各种先进武器让玩家感受现代军事的真实魅力。克里斯杀到地下发现了真正目标，躲在幕后的真正力量“菌主”本体，在安装上能炸飞山谷的炸弹后，继续前进的克里斯找到了米兰达的研究室，这里有很多文档解释了剧情的来龙去脉。
米兰达还是人类的时候，生活在一次世界大战前后，因为女儿伊娃是感染了起源于美国的西班牙大流感丧命后而心如死灰，万念俱灰的米兰达在地下埋骨之地意外获得了“菌主”的力量，从而蜕变成为了如今的恶魔，这些年来她在谷地创造了邪教，一切都是为了让女儿伊娃复活。四个贵族领主都是米兰达在研究复活容器期间的产物，但是这四人试验结果都不够完美，整个村庄的人们都只是牺牲品。期间保护伞公司创始人斯宾塞成为了她的学生，但由于理念不同逃离了这里的斯宾塞，又在非洲发现了拥有始祖病毒的太阳花（生化危机5剧情），随后才有了一系列比如G病毒诞生，浣熊市灾难的暴发。斯宾塞为了纪念这里的学习经历，使用了祭坛上看到的神秘符号作为了自己公司LOGO。
生化危机7的最后BOSS伊芙琳其实也是米兰达与的杰作，米兰达明显与一些背后势力存在合作关系，伊娃其实是伊芙琳常见的小名。七代的剧情告诉玩家，伊芙琳还是有缺陷的，但是之后“毒二代”萝丝的降生才终于出现了最完美的容器，这才有了八代故事一切的开端。
卡普空这次在旧有的生化危机世界观上面，嫁接创作出了更古老的剧情线，在这个半开放的山谷沙盒地图里面，还有这很多隐藏的支线解谜区域，这种游戏架构与《古墓丽影》新三部曲何其相似，同样采用了历史积压多层次的设定，不同的区域有着不同历史时期留下的遗迹，支离破碎的线索组合起来就能拼凑出一个持续千年之久故事时间轴。
米兰达创建的邪教其实在这里只是个新事物，谷地这里曾经远不止有过一个邪教，可以推测一下我们亲爱贪吃的公爵就不同寻常，早期游戏设定本是第五位领主BOSS，现在只挖坑又不埋，没准就成了远超米兰达的存在了。克里斯阅读这些资料后，竟然发现米娅被关在这里还活着，惊喜之余把伊森已死的不幸事实告诉了米娅，但是米娅欲言又止地讲出了一个隐藏的真相，伊森已经根本不是普通人了。这时候还趴在雪地里没人管的伊森，在梦里面看到了被自己杀掉的伊芙琳，在其点拨下才恍然大悟，伊森本人在七代刚迈入岳父家里其实就丧命了，岳父一家四口亲切招待伊森的原因，可能想告诉他之后七代的故事都是霉菌怪物之间的内讧而已。
再次睁开眼的伊森看到了这山谷里面最可爱的商人公爵大人，这大胖子驾着车把伊森带去了最终的BOSS战场，伊森需要完成最后的使命。在目睹了米兰达完成了她所谓的仪式，从霉菌里却抱出了他的亲闺女萝丝，不仅米兰达自己的闺女伊娃没有复活，力量还在被萝丝逐渐吞噬。米兰达的BOSS战可能最为华丽，且富有想象力，水波不兴地解决完米兰达后，伊森倒是快要坚持不住了，公爵离别前也告诉伊森他快不行了。
伊森还是夺回了自己闺女萝丝，接着托付给了赶来的克里斯，自己拿起炸弹引爆器走向了从地底冒出来巨大如山的“菌主”，伊森最后证明了自己对家人的真挚情感，自己妻女跟着克里斯队伍最后乘坐直升机目睹了大爆炸的威力后，成功撤离了此地。暗黑童话故事的结局，父母二人也从女巫手中救出了女儿，但是最后父亲为了母女两人坚持在燃烧的森林与女巫搏斗到了最后，这个结局也完成了最后的呼应。
游戏最后剧情CG切换到长成了大姑娘的萝丝，她穿着伊森的绿色外套坐着公交来到墓地看望自己的亲爹，这可能是由于“菌主”的意识共享能力，让当时还是婴儿的萝丝可以目睹亲爹伊森舍命救自己的过程。“菌主”的上一个代言人米兰达最后是被舍弃了，至于伊森最后是死是活游戏都没有明确交代，总之就是又挖了一堆新坑。毒二代萝丝都拥有什么超能力也还不得而知，反正就不是个普通人，另外她非常反感别人管叫她伊芙琳。生化危机系列一直以来世界观设定都很优秀，故事剧情细节就比较随意也不怎么样了，好了生化8代故事主线基本就到这里结束了，但游戏里还有很多补充剧情内容可以去挖掘。
三上真司进行操刀的生化危机早期系列，现在回头去看是具有划时代的开创意义，其在游戏史上的地位是IP后继者延续出来生化危机系列所不能比的，《生化危机2》对于索尼PS2主机也有着举足轻重的历史地位。这里并不是在“踩”《生化危机：村庄》，也不是说哪个游戏更好，而仅仅是想区分两者的一些不同。村庄一碗大杂烩，体验上非常不错，不过应该难以取得早期系列游戏的影响地位。
生化危机7，8游戏在策略上使用了很像《古墓丽影》新3部曲套路，两者都重新让老经典游戏IP重新又焕发出了活力，获得了足够多的玩家新吸引力，为游戏行业内部在经典IP新创作上提供了很成功的示范效果，但是《古墓丽影》的新宇宙世界观可能要比生化8更忠于游戏最初的理念。