其实农商行和农村信用社是有着一定联系的。但是他们这种联系是一种弱联系，并不是一个系统，也不是分支机构的关系。所有的农商行和农村信用社都是独立法人。也就是说他们各自有各自的股东，各自有各自的独立经营的权利，在管理上互相不隶属。
但是说他们有共同的联系，那就不得不说我们的农村金融系统吧。我国在当年制定金融业务管理时，针对农村金融的特殊性，专门设立了农村信用联社。他同银保监会，人民银行合并在一起，针对农村金融进行管理。也就是说农村金融有着特殊的管理模式，每一个农信社和农商行上面还有联社进行监管。当然在过去联社自己也做业务，相当于成为了总行营业部。
农村信用社的股东其实有一部分是过去的社员，所以怎么可能同其他的农商银行或者其他的农村信用社合并业务呢？大家都是独立的机构，但是农村信用社和农商行的管理层聘任，一般来说是由联社指定或者联社推荐。所以我们看到在一般的地级市有市级联社，在每个省还有省级联社，他们对着农商行和农村信用社有着强有力的影响。
可以说所有的农商行都是由农村信用社改制而成，在一定程度上讲，农信社是基础的农村金融组织，而农商行则是一个更加规范的银行机构。农村商业银行是股份有限公司，农村信用社是股份合作制企业。所以我们的多数农商行都是将多个不同法人的农村信用社进行改制，合并、吸收，最后成立的银行机构。所以农信社就是是农商银行的前身，当农信社发展到一定程度，资产规模等达到一定标准，报中国银监局审批，经银监局同意之后可以改制为农商银行。
如果理解以上的事情，那么也就理解了很多客户的困扰。正是如此一些农信社，有着自己独立的系统，而这些系系统是不与其他银行之间发生交互的。所以储户拿着农信社的存折，在其他银行是无法取到款的。为了解决这个问题，后来同意农信社可以发储蓄卡了，而储蓄卡是可以合并进入中国银联，所以在银联系统的经营机构都可以异地取款了，但是要收取比较高的手续费，因为要给银联付费。而很多传统的大银行则不一样，他们本身从银联就有着这频繁的交互，所以银行卡跨行取款可以收费做得很低。
同样客户汇款转账支付到底也是如此，农信社的系统比较薄弱，而且联通性非常差，那么整体效率也比较慢，转账需要花更多的时间，花费更大的成本。如果储户仅仅是在本村本乡本地生活，其实在农信社办理业务是没有太大的不同感觉的，但是储户如果需要同外部产生密集的交往。那么农信社提供的各类金融服务就显出差别了，而农商银行则会更好一些，因为它到底是银行，是归属于银行系统内部。整体系统也比较先进，而且外部连接非常之多。
