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Cell 子刊一作,亲手教你如何设计空间转录组课题

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生物学霸 2021-05-13 21:01

借着 2020 年度技术的东风,空间转录组在科研界的热度居高不下。作为在组织原位检测基因表达的一种技术,与 bulk RNA-seq 或单细胞转录组测序相比,空间转录组避免了组织中细胞位置信息的丢失,在检测基因表达的同时可获取基因在组织内部的空间位置信息。基于空间转录组可以从多维度解析生物学过程的特点,无论是技术的开发,还是在科研淋领域的应用或商业化,都有了蓬勃的发展。

●2019 年 4 月,Science 发文通过空间转录组揭示 ALS(肌萎缩侧索硬化症,又称渐冻症)分子病理的时空动态(下图 A)[1];

● 2019 年 8 月,Nature 在线发表了景乃禾团队解析小鼠早期胚胎细胞的时空表达数据(下图 B) [2];

● 2020 年 9 月,Cell 上发表了一篇利用空间转录组解析人鳞状细胞癌的文章(下图 C) [3];

● 2021 年 1 月,Science 发表了将组织扩展和原位 RNA 测序结合起来的新型空间转录组技术ExSeq(下图 D) [4];

● 2021 年 4 月,10x Genomics 公司宣布了新一代FFPE空间转录组商业化解决方案(下图 E) [5]。

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虽然紧跟研究热点有利于发表高分文章,但研究热点和高分文章之间差的不仅仅是你码的字,小编希望各位老师心动空间转录组的同时,一定要考虑下面几点——

  • 不清楚空间转录组的原理及通过该技术可以取得什么成果;

  • 不清楚空间转录组的应用场景未找到与自身课题契合的切入点;

  • 未对相关课题进行充分调研,对关键信息评估出现偏差。

针对上述问题,丁香园联手欧易生物特邀杨贤法老师于 5 月 18 日 14:00~15:00 为大家一一解答。扫码或点击阅读原文即可报名免费参与。

杨贤法老师出自资深空间组学专家景乃禾研究团队,现任生物岛实验室副研究员,长期从事哺乳动物早期胚胎发育过程中胚胎空间模式建成的分子调控机制研究。近年来,以第一作者身份先后在国际知名学术期刊 《Cell Research》、《Journal of Molecular Cell Biology》等发表多篇研究性论文。相关研究课题先后获得国家自然科学基金委青年项目、科技部国家重点研发专项、广州市黄埔区精英人才计划等支持。

5 月 18 日 14:00~15:00,欧易生物和杨贤法老师在丁香通直播间等你!

【参考文献】

[1] Maniatis S, Äijö T, Vickovic S, et al. Spatiotemporal dynamics of molecular pathology in amyotrophic lateral sclerosis. Science. 2019;364(6435):89-93. doi:10.1126/science.aav9776.

[2] Peng G, Suo S, Cui G, et al. Molecular architecture of lineage allocation and tissue organization in early mouse embryo. Nature. 2019;572(7770):528-532. doi:10.1038/s41586-019-1469-8.

[3] Ji AL, Rubin AJ, Thrane K, et al. Multimodal Analysis of Composition and Spatial Architecture in Human Squamous Cell Carcinoma. Cell. 2020;182(6):1661-1662.

doi:10.1016/j.cell.2020.08.043.

[4] Alon S, Goodwin DR, Sinha A, et al. Expansion sequencing: Spatially precise in situ transcriptomics in intact biological systems. Science. 2021;371(6528):eaax2656. doi:10.1126/science.aax2656.

[5] https://mp.weixin.qq.com/s/p3r6gM4IOimxgL0e1lQiAA.

内容审核:刘果、周育红

图文来源:欧易生物

题图来源:站酷海洛

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