5月11日，长三角地区三省一市交通运输部门主要负责人座谈会在南京召开。三省一市交通运输部门共同达成长三角一体化发展交通专题合作组2021年工作要点，在计划推进的项目中，涉及7个方面24项具体工作。同时，上海组合港管委办与长三角三省一市交通运输主管部门共同签署《长三角船舶和港口污染防治协同治理战略合作协议》（简称《协议》）。
推进世界级港口群建设。以长三角共建辐射全球的航运枢纽，提升整体竞争力和影响力为根本遵循，加快形成长三角世界级港口群一体化治理体系。深化上海港与太仓港的合作，提高中转集拼服务效率；推进苏州白洋湾等ICT建设，促进公转水、公转铁。制订《南通通州湾长江集装箱运输新出海口建设总体方案》，推进通州湾长江集装箱运输新出海口起步工程项目。根据国家关于构建长三角世界级港口群形成一体化治理体系的总体部署，研究制订统一的市场化投资运营主体组建方案。
推进省际航道建设。开工建设长湖申线苏浙省界至京杭运河段航道整治工程（衔接浙江已建成段）。建成芜申运河省际江苏段（衔接安徽已建成段）、水阳江安徽段。加快建设苏申内港线上海段、湖嘉申线、杭平申线上海段、苏申外港线江苏段。加快苏申内港线江苏段、杭申线航道工程浙江段、水阳江江苏段前期工作，推进秦淮河航道安徽段、新汴河航道江苏段规划研究。
协同治理战略合作。《协议》旨在巩固长江经济带船舶和港口污染突出问题整治工作成效，建立健全长三角船舶和港口污染防治协同治理长效机制，全面提升长三角船舶和港口污染防治能力。根据《协议》，各方将在严格源头管控、推进船舶生活污水零排放、开展船舶污染物接收能力评估、加强船舶污染物接收管理、加强污染防治执法监管、加快岸电及清洁能源推广使用、加快实现全过程电子联单管理、推进船舶港口“信用+监管”新型监管模式、加强对长江流域危险化学品运输的管控等方面深化合作，按照依法依规、改革创新、协同共治的基本原则，巩固长江经济带船舶和港口污染突出问题整治工作成效，全面提升船舶和港口污染防治能力，到2025年长三角基本建成信息互通、监管互动、资源共享的船舶和港口污染防治协同治理机制。