在农村宅基地创新发展取得显著成效的同时，农村宅基地制度改革首先进入了基本阶段，农村居民宅基地权益早已得到保障；2020年国家还明确提出，非农业户口子女可以继承农业户口子女的宅基地和房屋并进行土地确权登记备案，这也保障了入城落户农村居民的基本宅基地权益，使农村宅基地制度改革发展更加深入。此外，国家还明确提出，要重点解决当前农村宅基地创新发展中存在的三大难题，即：农村宅基地制度改革的关键性问题；农村宅基地制度改革的关键性问题；农村宅基地制度改革的关键性问题，就是要在全国104个县(市、区)和3个城市开展试点，逐步推开。
第一，宅基地申请审批难。
随着农村宅基地制度改革的不断深入，国家对农村宅基地管理方案提出明确要求，并严格执行“一户一宅”和“宅基地面积不得超过规定标准”，进到2021年，也许国家还会明确提出，能够研究制定农村宅基地管理办法，对村内保障房建设申请资格、面积标准、审批程序等进行严格规范，从而保障农民申请建房的基本利益！
二没有宅基地建房子是个难题。
在农村宅基地创新发展中，由于农村人口数量众多，部分农村地区由于人口数量众多，宅基地早就不能让农村居民申请建房商业用地的基建项目，这类地区的农村居民甚至连基本的住房权益都得不到保障，而针对这一难点，国家还明确提出了开展农村宅基地调查分析、农村宅基地应用现状调查、以及宅基地信息化建设等方面的问题，提升农村宅基地信息化管理管理能力，保障农村居民宅基地的有效需求，按照年度扎产业园区增加土地利用计划指标，解决农村居民无地建房的现状，保障农村宅基地的合理使用！
第三，宅基地难闲置。
目前，农村宅基地闲置率较高是农村宅基地创新发展中遇到的比较不容乐观的难题，根据2018年数据统计分析，农村宅基地闲置率达到10.7%，出租率最高达到七成，全国各地闲置宅基地总量达到360平方千米，解决宅基地闲置率早已成为农村宅基地创新发展中更为迫切的难题。近几年，国家也在推动农村闲置宅基地和闲置农村房屋的使用，进了2021年以后，国家也明确提出可以积极稳妥地做好闲置宅基地和闲置农村房屋的使用工作，采取转让方式运作、宅基地复垦、闲置农村房屋综合利用等办法，提高农村宅基地使用效率。
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