首先，北京做陪都的意义是什么？辽元的陪都都是因为君主要时常出来溜达，明朝的君主想去趟墓地看看都难，陪都的设立都是礼仪性的。北京没做过明朝首都，又不是天子老家，凭什么设立。其次，问题回在南京是否适合建都上来了。上至六朝下至民国，建都南京的政权没有一个超过百年，恐怕不是一句不吉利说的清的吧。这方面的讨论几百年来太多了，这里不展开了，但从历史的结果来看，北京比南京适合当首都的多了。其次，就举个简单的例子，明朝定都在南京，然后北京靖难举兵，定都北京，想想发生在苏州的五人墓碑记，到后来税都不好收了。
明朝搞这些外藩，土司，藩王不是明朝不想管，而是因为古代的政体真的管不过来那么多土地，就现在的省份来说，能管十个省份就到头了。明朝的制度可以看成宋朝的升级加强版，皇帝是最大的军头，宋朝把天下最好的军队养在首都，强干弱枝。明朝也好不了多少。朱棣定都北京就是因为这么远的距离，掌握那么多的军队，他找不到相信的人了，定都南京到最后一定会在发生安史之乱或者靖难后学宋朝强干弱枝，对北方游牧妥协，中国边界退到有利的地方，可能就是黄河沿岸，可能现在还是南北朝。
但朱棣比宋朝强就在于决定迁移都城北京，自己带兵上，定在北京没钱，定在南京没兵。再者，明仁宗回迁过，明宣宗又迁回去了。搬家太困难。明朝中期的主要矛盾是内外矛盾，在北京可以少养一只边军。等于禁卫军和边军合一。但是后期，主要矛盾是收不上税，其实这个时候是可以考虑回迁的。
但是谁愿意搬？明朝首都在北京时辽东直接处于失控状态，总兵巡抚去一个没一个，提前几百年军阀化。同时北京的首都物资开支还搞得北方防线受到影响，各种物资都要先供应北京嘛。而南京同时可以依靠大运河，南移的黄-淮河，长江控制中国的所有经济命脉，把长江中下游，黄淮河中下游和大运河连城一体，这经济，文化上的优势根本难以计数，这种情况下朝廷直接掌控经济核心，也不会像明朝那样经济失控了，顺便还能经营海防。
另外了，粮食这个问题怎么说呢，古时候打仗还是以面食为主吧，毕竟怀里揣着几块饼比背一袋米方便，而且可以做一次饭吃个一两天，架锅煮粥蒸米饭可就有点麻烦了。一个简单的例子就是，诸葛亮兵退的时候还要把麦子割了。至于北京，熟悉地理的就知道了，北京北面是燕山山脉，一路延伸至山海关，山海关大家都清楚的，就打死皇太极的地方。
西面是太行山脉，东面是渤海，只有南面是平原。还有就是西北角的张家口，这是唯一的豁口吧，其实守住了这里也就守住了来自游牧民族的威胁，毕竟绕过太行山脉从南面进攻，可就来得及从南面调兵防御了。所以，北京可能就真的是一个不错的选择了，至少相比南京来说，在冷兵器时代定都北京是一个更优解。
最后，出于兵力成本的考虑，明代的威胁大多来自长城以北，九边防御体系中，宣大蓟辽是进入华北平原的四个通道。山海关除了自己开门，几乎无法从正面攻破。大同方向进入华北平原腹地，明军会从南北两个方向增援。只有宣、蓟两个方向进入华北平原最方便，进入华北平原就一定绕不开北京，谁守卫北京谁就拥有当时国家最精锐的军队。这部分兵力皇帝直接管理是成本最低的。既可以守边关，也可以平叛和拱卫京师。