夏商周断代工程提倡多学科研究，其中的“天文考古”部分便应用到了对夏商周的年代定位之中。但令人奇怪的是，在使用“天文考古”这个工具的时候，断代工程的一些做法十分令人不解。下面，我们举三个例子来说明：
一、武王伐纣的问题
按照《竹书纪年》的记载，从武王灭纣到幽王共计257年。幽王被杀之年为公元前771年，由此可知武王克商在公元前1027年。断代工程专家组也承认这一年份与甲骨文月食年代的推算配合最好，但又认为此年数“与工程所定金文历谱难以整合，也不能与天象记录相合”，故断代工程舍弃了《竹书纪年》的记录，转而以《国语·周语下》伶州鸠提到的“昔武王伐殷，岁在鹑火”为重要依据，推算出武王克商日期为公元前1046年1月20日。
同为工程专家组成员的南京紫金山天文台研究员张培瑜先生指出：“《国语》、《左传》关于岁星位置的记述，全与天不合，并非观测实录，而是作者依据岁星12年行天一周推算得出的。”张富祥先生也指出，伶州鸠语中的天象资料是晚出的伪史料，并非周初原始观测记录，并得出结论：“按现存文献考察，古本《竹书纪年》记载武王克商在公元前1027年仍然是最可信的。”
二、禹时五星聚的问题
断代工程给出的夏王朝年代范围为公元前2070-前1600年。在进行夏的年代学研究时，断代工程使用了两条天文材料。 其中一条是《孝经钩命诀》关于禹时曾发生五星聚的记载，断代工程推定其时间为公元前1953年！
五星聚（图片来自网络）
我们知道，大禹受虞舜禅让而称王，即传统所称的夏王朝开端之年。按照断代工程以公元前2070年为夏开端的说法，则大禹在位至少将达到118年！而按《尚书》和《史记》的说法，大禹治水始于唐尧时期，而帝舜又在位56年，以此推之，大禹岂不要活到180岁以上！此着实令人不可思议！
二里头最新的测年数据被测年专家确定在公元前1735-1530年，其鼎盛的三、四时期基本已经进入断代工程的商纪年内，有的学者以这个测年数据与夏代工程的天文考古冲突为由，对二里头的最新测年数据提出怀疑。奇怪的是，这些学者为什么没对断代工程以公元前2070年为夏王朝开端，以禹时五星聚发生在公元前1953的研究成果进行讨论呢？根据中科院紫金山天文台徐振韬研究员提供的《中国古代五星会聚记录》，从公元前2070年至公元前1000年，我国境内共发生14次五星相聚，其中最早的为公元前1972年4月。可见，若按照断代工程给出的夏代始年为公元前2070年，大禹时期都不太可能会发生五星聚！
楚居（《清华简》第一册）
另据清华简《楚居》记载，楚祖季连曾娶盘庚孙女为妻，李学勤教授因此指出，季连生活的年代与武丁相当。同时，郭店简《穷达以时》明确记载皋陶与武丁同时。我们知道，大禹与季连、皋陶生活年代相当，这意味着在战国人的观念中，大禹亦生活在武丁时期。断代工程给出的武丁年代为公元前1250-前1192年，而按紫金山天文台徐振韬研究员给出的《五星会聚记录》，公元前1255年9月24日、公元前1197年11月20日、公元前1197年11月29日都会出现五星会聚。这说明，按照《清华简》、《郭店简》的记载，禹时发生五星会聚的可能性完全存在！
需要注意的是，根据《楚居》的记载，季连之子为䋼伯和远仲，再其后为穴熊；穴熊之子则为侸叔和熊丽。这一记载与《史记》大异，却与《史记》的史源材料《帝系》颇合。孔广森注《大戴礼记》指出，穴熊即鬻熊。李学勤教授赞同这一说法，并指出《楚居》以季连生活在盘庚、武丁时期，与传世文献所说的鬻熊为文王之师的记载是可以吻合的。而《史记》基于自身的五帝、三代线性体系，在使用《帝系》时把鬻熊一分为二，分化出穴熊和鬻熊二人，实际上与出土文献也不相合！李家浩教授据包山简、望山简、新蔡简的记录明确指出，在楚简中，穴熊和鬻熊实为一人，只是书写之异！《史记》一笔之误，直接就把楚世系拉长了六七百年！
司马迁像（图片来自网络）
三、仲康日食的问题
《左传》昭公十七年引《夏书》说：“辰不集于房，瞽奏鼓，啬夫驰，庶人走。”这条文献也见于《古文尚书·胤征》，其内容通常被认为是仲康时期的日食记录。断代工程对该日食年代的13种说法进行了核算，结果发现“季秋”与“房宿”相对应的时代为公元前14世纪至前6世纪。也就是说，按照《史记》夏、商、周三代线性相接的历史体系，这次日食是无法观测到的，除非夏商是并行存在的。
笔者在研究先秦史的过程中，提出了“夏商并行”的观点。今按断代工程使用的两条属于夏代的天文学材料来看，“夏商并行”的观点无疑确实是值得研究的！