4月7日，国际权威科学期刊之一的英国《自然》杂志发表文章指出，尽管美国有着强大的病毒测序能力，但美国卫生系统对于新冠病毒的基因测序监控跟不上新冠变异的速度。
在过去的两个月中，美国政府实验室将新冠病毒基因组测序的速度提高了一倍。尽管如此，在3月份美国在线基因组数据库GISAID中共享的基因组数量仅占当月美国所有新冠肺炎阳性病例的1.6％。根据GISAID的数据，美国在新冠病毒的基因测序上至少落后于30个国家。
美国的新冠病毒测序比例仅为1.6%
美国作为世界上卫生系统最先进的国家之一，拥有大量的专业设备和科研人员。加州拉霍亚斯克里普斯研究所的免疫学家Kristian Andersen表示，“我们有足够的测序仪可以应对相当于目前100倍的测序工作量。”那么，到底是什么让大量的设备和人员未能发挥用武之地呢？
尽管拜登上台后宣布将190亿美元的新冠疫情资金中相当的一部分拨给新冠病毒基因测序，并将新冠变体的监控列为优先事项，但研究人员反映，联邦资金的流动速度不够快，并且在共享样本和数据时出现系统性问题，大大降低了基因测序的效率。美国卫生系统的支离破碎，使得整个系统之间的协调成为了一项异常艰巨的工作：医院、测序实验室、卫生部门以及测序中心之间的相互配合几乎无法达成。
“最大的挑战是我们没有一个单一的卫生系统，”加州大学伯克利分校的流行病学家Art Reingold说。“这是一场噩梦。”
美国CDC在去年春季曾试图启动一项名为“公共卫生应急响应，流行病学和监视排序”（SPHERES）的计划，尽管成功地在这些实体之间创建了信息流，但是SPHERES并获得足够的资金，因此也没有显着提高测序率。
资金没有流动到实际的测序实验室中，各个机构之间缺乏合作，甚至连最基本的样本也处于一个紧缺的状态。一些实验室的研究人员表示，缺乏样本与缺乏资金一样是一个大问题。
西雅图西弗吉尼亚大学西北基因组学中心的基因组学家Lea Starita说：“我们每周可以轻松地运行1,500个样本，但是我们运行的是约380个。” 大多数新冠肺炎测试是在诊断实验室中进行的，而这些实验室通常不进行基因组测序。由于样品保存需要额外的人工和存储，这些实验室经常在测试后丢弃样品。每位接受《自然》杂志采访的研究人员（包括CDC的MacCannell）都抱怨缺乏与样本有关的信息。
向来自誉为“抵抗流行病能力最强”的美国，在面临真正的大规模疫情时，是如此地不堪一击。文章末尾，CDC的相关人士的MacCannell也承认，孤立的数据多年来一直是CDC的问题。尽管在疫情中要推动如此大规模的改革并不容易，但MacCannell认为CDC等政府机构应该快速行动起来，破除机构合作所需要的繁琐流程，让资金、样本、乃至整个系统快速运转起来。
参考资料：
https://doi.org/10.1038/d41586-021-00908-0