话说：当年三神器（草薙京、八神庵、神乐千鹤）在通过了KOF97大赛的落幕之际，遭遇并重演了千年前的终极之战【大蛇之战】。
大战结束后，神秘组织「NESTS」成功活捉了筋疲力尽而不省人事的草薙京。
另一方面，被NESTS派去捉八神的部队正欲行动时，刚好被寻找草薙京和八神庵的神乐千鹤撞见，然后被她打败，事后神乐将八神带回神社养伤，所以后来才没出现复制八神。
之后NESTS不断对草薙京进行研究并抽取京的身体基因数据，再以NESTS的高科技制造出庞大数量的「复制草薙京」。
在游戏内可选用的复制草薙京
NESTS制造的大量复制草薙京，通过抽取草薙京的基因资料生产出来，NESTS的高科技力量将草薙京的「招式」及草薙之炎展现，剧情里所有复制京的衣服应该都是跟真草薙京一样的黑色日本高中生校服，但是游戏里面有不同颜色的衣服是为了要区分不同角色的缘故而衍生的设定。
一、草薙京-1（KYO KUSANAGI-1）
格斗流派：草薙流古武术 + 我流拳法
生日：7月5日
身高：181 cm
体重：75 kg
血型：B（RH-）型
出生地：日本
兴趣：改良招式
重要的东西：遗传因子
喜欢的食物：メロ（鱼的一种）
擅长的运动：无
讨厌的东西：原装正版（真草薙京）
声优：野中政宏
登场作品：
二、草薙京-2（KYO KUSANAGI-2）
格斗流派：草薙流古武术 + 我流拳法
生日：7月5日
身高：181 cm
体重：75 kg
血型：B（RH-）型
出生地：日本
兴趣：复制招式
最重要的东西：遗传因子
喜欢的食物：ㇹキ（鱼的一种）
擅长的运动：无
讨厌的东西：原装正版（真草薙京）
声优：野中政宏
登场作品：
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三、KUSANAGI（CLONED KYO）
格斗流派：草薙流古武术 + 我流拳法
生日：不明
身高：不明
体重：不明
血型：不明
出生地：不明
兴趣：不明
重要的东西：不明
喜欢的食物：不明
擅长的运动：不明
讨厌的东西：不明
声优：岩田光央
登场作品：
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复制草薙京1号和2号的资料跟真草薙京其实大同小异。
不同的是：兴趣、喜欢的食物、擅长的运动。（7月5日好像是KOF '99大会开幕日）
游戏里的配音跟真草薙京同样是野中政宏。
而KUSANAGI除了格斗流派外，其余资料一概不明。配音也有不同，由草薙京的原设定「雾岛翔」的声优岩田光央负责。（在《KOF SKY STAGE》内的 KUSANAGI 则是由野中政宏配音）
除了《2002》和《Neowave》外，可同时选择真草薙京和复制草薙京在同一队伍内进行游戏。京-1和京-2 在《'99》及《'99 Evolution》内是EDIT角色，KUSANAGI 在《2002》、《2003》及《Neowave》内是隐藏人物。
而三人在《02um》内组成了「CLONED TEAM」（复制人队） 虽然《02um》是没有故事的 dream match 作品。
但在游戏官方网页的「NeoGeo博士之02um讲座」补了复制草薙京组队参战的原因：
由 NESTS 抽取草薙京的DNA不断研究而制造出来的「复制草薙京军团」 ，结成队伍参加 KOF 是为了在实战中作测试， 在战斗中所得的资料会传送到 NESTS 组织，作为制作终极士兵的数据。
复制草薙京其实就是为了替代「EX 草薙京」的角色， 京-1和京-2的招式名称都没有草薙流的招式编号。
例如「百式．鬼烧」这招，招名变成只有「鬼烧」二字，而「七拾五式．改」这招例外，应该是设定上的失误，KUSANAGI的招式名称则保留招式编号。
京-1的招式有闇拂、胧车和七拾五式．改，但没有鬼烧。
多了几招原创招式：
黑咬 = 无火荒咬、
穗振 = 无火八锖、
苍鬼 = 琴月（起手） → 罚咏，
这体现了京-1的兴趣「招式的改良」。
京-2的招式近似《'97》、《'98》的草薙京，但没有单发的「鵺摘」， 出招动作偏慢，多了「荒咬 → 八锖 → 鵺摘」这个派生组合， NESTS 则把「R.E.D. KicK」的资料弄错了为「R,E,D,キック」。
KUSANAGI的招式近似《'95》的草薙京，多了「鵺摘」这一招， 《2002》及《02um》的MAX2 招式名称为「最终决战奥义．零式」。
《2003》的Leader超必杀技招式名称为「里百八式．MAX版大蛇薙」。
而在《02um》新追加的超必杀技「千九百九拾九式．雾焰」的出招动作是模仿雾岛翔的援护攻击动作。
KOF《2002》及《02um》是无剧情的 dream match 乱斗， 里面的KUSANAGI设定上是由NESTS制造出来的其中一个复制草薙京， 其实并没有在NESTS篇的剧情出现过，而是在游戏内替代招式不同的「EX 草薙京」。
KOF《2003》只是新篇章故事的开端，这次出场的 KUSANAGI 虽然在名称、造型、招式和资料都是跟《2002》的相同，但其实是不同的两个人，《2003》的他是由八咫之镜制造出来的幻影，因为在《2002》和《2003》两作连续出场，所以会有混淆的感觉。
然而港漫就是让这些角色变得如此混乱的罪魁祸首，当时港漫有配合SNK推出一系列漫画，所以无剧情的98及2002也都编起剧情。
为了合理化这角色的出场，漫画就把KOF99~2001的白衣草薙京解释成为草薙京复制人里最强的“草薙京零号”。
在漫画里的KOF2001比赛里，最后他却因为与K9999与八神的战斗杀红了眼，不分敌我的攻击所有人，最后才终于发现自己并不是本尊。
从此穿上过去的学生服，并发誓要将N.E.S.T.S的所有人杀光殆尽。
但这在游戏里就说不通了，KOF2001里的伊格尼斯胜利台词说到：「我做的复制人都比你强，草薙京」，这哥们总不可能不知道自己做出的复制人数量吧？
总而言之：
《2002》没有剧情！没有什么草薙京零号！
《2003》的KUSANAGI是幻影，跟《2002》那个没有半毛钱关系！
NESTS篇的草薙京是如假包换的真草薙京！
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