传统咖啡是1960年代和70年代，生产者开始密集种植新的、高产能的品种、同时大量使用化学肥料及农药。但有机生产既不是低技术也不是老古板风格，而是一种可以追溯到几千年前的农业传统。
所谓有机咖啡，就是在生长过程中不使用任何的除虫剂以及其他化学药剂来治疗病虫害或栽培问题，而是使用天然的方法，例如使用天然的堆肥、筑篱、修剪等方法来维护咖啡树之成长，有利于维持一个健康的环境和保持地下水的纯净。
“开放性咖啡种植技术”的目标基本上是提高土地的生产效率，而有机生产的目标和挑战是自然的为咖啡树营造适合生长的气候，同时在面对疾病、害虫和气候变化等影响时保持生产力。
有机咖啡的特点
这种植咖啡的方式采用的是在树荫下种植出的咖啡豆，虽然然在树荫下种植的方法产量不高，但是其品质却可达到极品咖啡的水准，这是由于种植在能遮荫的树下可以减缓咖啡树的成熟速度，给予咖啡豆充分的成长时间，使其含有更多的天然成分、更上乘的口味与较少的咖啡因。
在控制虫害方面使用纯天然的生物控制方法，例如种植防护树，以及利用其他各种自然的农作技术来确保咖啡树的健康。土地、水源以及自然生态环境的永续性是有机咖啡业者所积极关注的，有机高品质咖啡是天气、土壤、爱心的精华杰作，一棵咖啡树生长至少三年才能开花结果，一磅咖啡大约需要4000颗咖啡豆，完全以人工采收，而每一颗咖啡树每年所收获的咖啡果只够生产一磅烘焙好的咖啡豆。这也是有机咖啡贵的原因。
主要有机认证组织
美国农业部有机认证 (USDA ORGANIC)
美国最权威的有机认证是美国农业部的USDA标准。USDA的标准极为苛刻，产品包装上印有USDA标志的产品是官方认证100%使用了有机成分。
雨林联盟认证(Rainforest Alliance Certified )
雨林联盟认证是指：符合“雨林联盟”订立标准的农场，联盟会对该农场及其周边的生态系统进行保护，对农药的使用进行限制，并对废弃物管理等基准进行评估，唯有通过评估并被认证的咖啡，才能称为“雨林联盟认证咖啡”。
UTZ机构是一家独立组织，认证世界上的各种优质咖啡，认证范围涵盖了从咖啡种植到烘焙的每个生产步骤。该组织设定的标准，规定了怎样以对社会和环境负责的方式生产咖啡。支持在咖啡的生产过程中将水、化肥、农药的使用量降到最少。同时给咖啡农以支持，努力提高其生产率。