1865年，无论对于太平天国还是对于清朝都是喜忧参半的一年，北伐军的彻底失败，和安徽庐州的失而复得让清军北方暂时没有了危险，虽然曾国藩在南昌被石达开团团团围住，但是湖南的胡林翼却打得风生水起。
面对着早已丢失的镇江和被团团围住的扬州，以及江南江北两座大营的如鲠在喉，加上之前防御北伐军的部队现在也开始向着江北大营集结，所以尽快打通镇江与南京之间的陆上通道以及拔除江北大营这根钉子防止江北大营与江南大营合围南京，已经成为了太平军的当务之急。
1956年的一月，杨秀清命令秦日纲陈玉成，李秀成等人率领一万余人从石埠桥发兵，援助镇江，并在镇江守军吴如孝里外夹击，不但全歼了镇江外围的清军而且顺利打通了镇江到南京的通道。
在镇江附近稍作调整。秦日纲立刻率领全部军队趁着江北大营军务督办雷以针寿宴之时突袭江北大营，并一举突破江北大营复夺扬州。雷以针现在知道的人不多了，不过这个人在中国历史上还是要留下一笔的，著名的厘金制度就是他发明了，所谓了厘金制度说的通俗点就是消费税，在当时虽然为清政府带来了大量的收入和军费，但是却给普通百姓的生活带来了沉重的负担，最明显的就是厘金总收入的百分之九十二都是来自于百姓的生活必需品。即使没有战争地区的老百姓也间接成为了战争的受害者。
重夺扬州后，秦日纲按照指示并没有在扬州驻扎，而是在搬运完附近粮食供给后立刻撤出扬州返回南京，并在南京城外与石达开及南京城内的太平军相互配合，大破江北大营，杀的向荣大败，并在撤退途中忧愤而死。
此时此刻太平军无论气势还是实力都达到了顶峰，然而就在这时势头正旺的太平军忽然好像被困住了手脚一样行动缓慢，动弹不得，很快原因就被揭晓了，东王杨秀清被杀了。
对于杨秀清及其部下的屠杀一共分为了三次，第一次是韦昌辉和秦日纲奉和洪秀全密令返回南京的当天夜里，直接带兵进城屠了东王府。
第二次是在1856年9 月1 日深夜，洪秀全和韦昌辉为了引蛇出洞玩了个苦肉计的双簧，又屠杀了和杨秀清有关的六千将士。大概经过是韦昌辉、秦日纲一起跪在天王府门前，每人颈上戴着锁链，头裹蓝巾。天王的一个女宣诏使带出一块两码半长、半码宽的大黄绸，上面写着“北王：燕王诛戮太甚，杀及无辜，罪当笞四百，若前在‘东孽’部属者咸来观无阻”。于是杨秀清之前的一些手下就挤上来看，看完之后，就交出去贴在天王府对面的墙上。最后两个女宣诏使就宣布，北王和燕王每人受鞭刑五百。有人把五根棍棒递给了他们二人的军官，韦昌辉就让某个军官来鞭打他。鞭打到三百下时，韦昌辉演技大爆发，一边哭一边拔出刀来说，如果不打重一点，就要杀死这个军官，不光他哭，他的手下也跟着一起哭。然后宣布杨秀清的手下只要放下武器主动前来的话，就既往不咎。大家还是亲兄弟。
但是年轻人不讲武德啊，主动出来的六千左右杨秀清将士解除武装后被押在了天王府旁两间房子。然后直接往屋里扔炸药包，那还有好吗，一个屋子里的人全被炸死了，不过因为扔炸药包并不是同时进行的，所以另外一间屋子看到这种情况就立刻想办法堵住了窗户还有门，不让他们扔炸药包进来，于是门外的人就改用枪，后来感觉枪不过瘾，直接用大炮发射炮弹，最后里面的人自然是全部死亡了。看来朝鲜的炮决没准是和太平军学的。而且怕有没死透的，还派人进去补刀，狠毒程度令人发指啊，据说当时有的地方尸体堆了五、六层，有的自己吊死，有的在炸药爆炸时受了严重的烧伤。尸体也没有掩埋，而是直接扔到城外或者城里，这还不算完，紧接着进行全城搜查，进行第三次大屠杀。发现和杨秀清有关的的人就抓。持续了差不多两个月，这些被抓的人直接带到刑场砍头，甚至连儿童都不放过，完全是泯灭人性的屠杀。
其实根据当时在南京外国人的记载，真实情况要比我写的还要残酷几十倍甚至上百倍，我这已经是尽量挑不那么残忍的内容来和大家叙述，写到这我们不禁要问一个问题，都是一起从广西出来的兄弟，而且杨秀清在南京的手下大部分都是从湖广过来的老兄弟，洪秀全等人为什么要如此痛下杀手呢？洪秀全，韦昌辉，秦日纲到底和杨秀清有什么深仇大恨，甚至连杨秀清的邻居，甚至杨秀清府里下人的邻居都不放过，比当初明成祖朱棣杀方孝孺十族还要狠毒呢？
关于洪秀全杀杨秀清最广泛传播的一个说法就是杨秀清逼封万岁事件，这件事在张汝南《金陵省难纪略》中写的活灵活现。
（杨秀清）使北贼寇江西， 翼贼寇宁国，率意指挥，益自尊大，有去洪贼而自称天 王 意。一 日诡为天父下凡召洪贼至，谓曰：“尔与东王均为我子， 东王有哐大功劳， 何止称 九千岁？” 洪贼曰 ：“东王打江山，亦当是万岁。”又曰 ：“东世子岂止是千岁？” 洪贼曰 ：“东王既万岁，世子亦便是万岁，且世代皆万岁。 ”东贼伪为天父喜而曰 ：“我回天矣。 ” 洪贼归，心畏其逼而无如何也… 急以情事潜使达此贼”。
张汝南说，杨秀清把韦昌辉派到江西，石达开派到安徽湖北以后就有取代洪秀全自己当天子的意思了，于是有一天又天父上身，让洪秀全过来，问洪秀全他是不是应该为万岁，洪秀全只好说应该，但是离开后就动了杀掉杨秀清的心，因为他不先下手为强，搞不好就被杨秀清先下手了。
这个故事虽然讲的很好，但是问题也很多，首先根据现在太平天国所有流传下来的资料来看，杨秀清每次上身都是在天王府，而从来没有过在东王府叫洪秀全过来的先例，其次，这件事肯定不是他张汝南看见的，只能是杨秀清府上而且是特别亲近之人才能知道这事，毕竟不可能大庭广众之下这么干，而前面咱们说过了，杨秀清府上所有人全被杀了，没有任何漏网之鱼，何况杨秀清的亲信，所以这件事只能是张汝南听说，或者杨秀清托梦告诉他的，因此真实性实在不高。
当然了这个事也不是只有张汝南说过，李秀成和洪仁轩的供词里面都有提到过这件事。不过发生这件事的时候，李秀成应该正在镇江的前线拼命，而洪仁轩还在香港街头帮着基督教拉信徒，俩人都不是当事者，肯定也是事后听别人说的，而这个别人八成就是为了推卸责任的洪秀全传出来的。
这件事唯一真正参与者活到后来的只有翼王石达开，所以不如看看石达开是怎么说的。
杨秀清平日性情高傲，韦昌辉屡受其辱，七年，达开领众在湖北，闻有内乱之信。韦昌辉请洪秀全诛杨秀清， 洪秀全不许， 转加杨秀清伪号。 韦昌辉不服，便将杨秀清杀死。
如果按照石达开说的这事就有意思了。不但没有逼封万岁的事，甚至连杀杨秀清都是韦昌辉自作主张，没有经过洪秀全的同意。当然了这个伪号到底是不是万岁，已经不得而知了，不过按照石达开的说法，即使是万岁也是洪秀全自愿给的，不存在所谓的逼封一说。
那么这件事是真是假的，咱们分析分析看，首先如果杨秀清真的想取代洪秀全，他会不会把韦昌辉石达开等人外放出去呢，肯定不会这么做的，毕竟如果杨秀清真的想取而代之的话，最大的威胁并不是洪秀全本人，而是太平天国里面文化水平最高的韦昌辉与最会打仗的石达开，这一文一武他给放了出去，并给予了实权，难道是等着俩人以清君侧的名义来消灭自己吗。况且如果杨秀清真有这个打算也不会把自己最信任也是实力最强的两个宗亲杨辅清杨义清派去江西战场作战，毕竟如果真的想取代洪秀全，首要任务应该是完全控制住南京的所有局势。
那么他为何会把韦昌辉派出去呢，其实原因也很简单，北伐军的全军覆没，不管是不是出于他的本意，但是作为最高统帅的他都负有不可推卸的责任，而此时石达开在江西百战百胜俨然太平天国战神一般的存在，所以他派韦昌辉去江西取代石达开，然后派石达开去安徽湖北一带作战，其实本意就是怕石达开坐稳江西，或独立或投降，将来不好控制，而跟着韦昌辉一起去江西的杨辅清杨义清也是为了制衡韦昌辉的实力，这样既可以分化一部分石达开留在江西的部队，又可以防止韦昌辉尾大不掉，将来不好控制。而且也可以顺便恶化韦昌辉石达开之间的关系，做到一箭双雕。
其次来说杨秀清即使想取代洪秀全也没必要用逼封万岁这样的招数，一来，洪秀全的万岁是拿下永安之后的天赋人权，而且在太平天国的宗教体系里，万岁的含义和世俗皇权中的万岁是不同的，杨秀清的九千岁也和魏忠贤的九千岁是不同的。洪秀全就不说，杨秀清能排在第二，靠的是他能天父附身，被天父指认为他是天父在人间的代言人。至于剩下的其他人也是如此，所以这一切都是天父下凡来专门指派好的，任何人都不可更改的，并不是说你想改就能改的，比如八千岁萧朝贵和七千岁冯云山死后，并不是由六千岁韦昌辉和五千岁石达开顶上，而是完全的空缺，因为这个是天父定好的，是太平天国存在的基础性标准。
因此杨秀清不会也不可能干出逼封万岁的事情，这相当于自己打脸。在太平天国的体系下，只要洪秀全不死，杨秀清就不可能取而代之，而对于早已掌握实权的杨秀清来说，也完全没有取而代之洪秀全这个虚拟偶像的必要。对于杨秀清来说，洪秀全是活得越长越好，永远健康的在天王府里面做个万人景仰的虚拟偶像对杨秀清是最有利的事情
既然逼封万岁这件事应该不是真的，那么逼封万岁这个事到底是谁传出来的呢，其实答案已经呼之欲出了，那就是洪秀全本人，为什么洪秀全要这样做呢？且听下回分解。