此时在连镇的北伐军终于听到了援军的消息，说援军已经到达临清，其实此时援军已经早在临清被剿灭了，他们听到的是一个延后的消息，林李二人商量后，决定由李开芳突围出去与援军会合，再回来救援林凤祥，于是李开芳挑选了六百三十多名精锐，基本上全是当初跟着太平军从广西出来的老兵，骑马冲出重围，往临清方向奔去，这一走也是二人最后一别，再见面就是黄泉路上了。
从李开芳带走的人马和后来投降的人数粗略估计此时留在连镇的兵力应该已经不足五千了。此时的分兵其实已经是兵家大忌了，既然知道了援军的消息，或者就全军出发一起去临清与援军会和，或者就派出单个的人马过去送信。在本身人数不多的情况下又把大部分精锐力量和战马派了出去，无论对于李开芳还是林凤祥来说都无异于是一个昏招，其实从这一路走来，明显发现北伐军派错人了，无论林还是李都只能算骁将而非帅才，我想如果北伐军主帅换成杨秀清或者石达开不说北伐成功吧，但是全身而退真的问题不大，也是该着满清气数未尽，又延续了几十年。
李开芳突围暂且不提，接着说困守连镇的林凤翔。此时的林凤翔倒是很有信心，一来连镇内粮食弹药充足二来觉得援军就在眼前了，不假时日应该就能解困，所以积极备战，一边依靠掩护继续深挖壕沟，一边修筑地道夜晚对清兵进行偷袭骚扰。
此时的僧格林沁早已知道援军被消灭的消息，所以并不急于进攻，虽然咸丰皇帝急的如热锅上的蚂蚁一样，但是将在外君命有所不受，他已经做好了围到北伐军自己受不了为止。
但是北伐军持续的夜间偷袭，让他防不胜防，有一次甚至摸进了他的主营，好悬一悬僧王就见阎王了、这可有点惹怒了僧格林沁，毕竟北伐军神出鬼没的偷袭，已经搞得军营内士兵有点人心惶惶，再不出战士气恐怕就会受到影响。
于是五月初三，僧格林沁下达了进攻的命令，一时间清兵蜂拥而上对连镇发起了总攻，然而效果却并不十分理想，而且连续进攻几日之后，北伐军趁着下雨清兵火器无法使用的机会，突然杀出，杀了清兵一个措手不及。这一次其实也是林凤祥最好的一个逃生机会。不过此时的林凤翔还在信心满满的等待援军到来，错过了。
你来我往的战斗一直持续到了月底，一个月的强攻僧格林沁不但没占到便宜，还损失了前台湾总兵副都统达洪阿，一时间清兵士气降到了最低点，再加上进入了雨季，连日的阴雨让僧格林沁的心中也蒙上了一层阴霾。
在这种情况下，僧格林沁终于下定决定，打算趁着连日的大雨引运河水来围困北伐军，其实对连镇水攻并不是好办法，主要原因连镇地势高，而四周地势低，清兵是在连镇四周团团围住了连镇，所以水攻的话搞不好清兵自己也会跟着倒霉，但是到了这份上了也顾不了那么多了，想办法把损失降低就是了。而且水攻可以彻底杜绝北伐军神出鬼没的地道偷袭。当然还有一个原因是僧格林沁自己带的全是骑兵，而骑兵在追击战和遭遇战中优势明显，但是面对攻城战基本上毫无用处，他又舍不得骑兵当步兵用，主要也是当了步兵用没北伐军好使，所以等于用自己的劣势去打人家的强势，比较吃亏。僧格林沁自打遇上北伐军后虽然战绩颇丰，但主要是追击战和扫荡中骑兵的效果，攻城战上其实并没有占到什么便宜，所以两下比较，又加上胜利已经只是时间问题了，僧格林沁就不肯再过多消耗自己的骑兵。
前面说过了连镇地势高于周围，所以要筑堤的话工程量并不算小，为了加快进度，除了大量征调附近东光，吴桥的农民，甚至连景州，宁津县的老百姓也调集过来一起日夜不停加紧修筑堤坝。根据后来清朝的官方记载来看整个筑堤涵盖了方圆六十里所有的土地，在两道战壕后修筑了一两丈高的套堤，这个工作量即使现在也算是很大的工作量了，毕竟那时候还没有蓝翔。
僧格林沁这边加紧修堤，连镇内的北伐军日子也越来越艰难，前面说过了东连镇房屋较多，所以北伐军的粮食物资都保存在了东连镇，但是因为连日的暴雨，结果使得东连镇的粮仓被淹，积水达到四五尺的深度，一场意外让本不富裕的家庭雪上加霜。储存的粮食全部被水浸泡，一下子粮食问题就成了重中之重，一开始还能勉强吃被雨水浸泡的米麦，到后来只能黑豆高粱掺着米麦来吃，最后就只能吃米麦了，而此时北伐军的马也断了粮，马草被浸泡后很快腐烂，所以只能去外面割草。想要外出割草，又处在了清兵火力之下，不但没收割到马草，搞不好人还被收割了。在这种情况下林凤祥有了突围的打算，然而却是为时已晚。
眼看套堤就要完全修筑完成了，林凤祥知道不能再等了。六月二十八日，趁着雨夜北伐军用制作的木筏拼死向外突击，然而此时的僧格林沁早有准备，虽说套堤还没完全筑好，但是整体的高度早已高过连镇许多，虽然借着水势一度冲到了壕墙边上，但依然被清兵利用居高临下的优势打了回去。一来一回又损失了百余名北伐军，此时还在连镇内的北伐军已然不足四千人。而且留给他们的时间已经越来愈少了。
不过林凤翔并不气馁，吸取了这次的失败的教训，建造可以折叠的木梯放在筏子之上，又准备了大量的自制火弹喷筒，妄图利用火力的压制强行爬上壕墙突出重围。然而梦想很美好，但是现实却很残酷，套堤的高度超出了北伐军的预期，火弹喷筒不但没有扔上套堤，反而失误引燃了火线引燃了自己的木筏，一时间霍光迸现，北伐军突围的敢死队瞬间全军覆没，林凤祥只好再次退了回去，寻找另外的时机，后来虽然多次分散出击，并建造吕公车，打算依靠吕公车强行突破，然而都以失败告终。所谓吕公车，吕公车其实就是加强版的井栏，移动的小炮楼，吕公就是姜子牙，古代姓氏名是分开的，现在的姓其实是古代的氏，姜子牙是姜姓吕氏，所以既可以叫姜尚也可以叫吕尚，不过当然了这个吕公车和姜子牙一毛钱关系也没有，属于宋末元初发明出来的攻城武器。里面是一层一层的用格分开，外面罩上牛皮防御，下面有车轮一般来说是靠人力从后面推动，建造高度根据需要攻略的城墙略有不同，不过这玩意因为太笨重和对地形要求太高，所以明朝以后就很少有人用了。关于建吕公车这事真假不确定，感觉不大可能，出处是僧格林沁的奏折里面，关键他也是听说的，所以我感觉可能是以讹传讹，因为建造吕公车肯定是为了能爬上套堤，那就至少要一丈多高，以当时北伐军的实力感觉有些难了。
这之后两边基本上陷入了坚持阶段，北伐军虽然经常尝试突围，但是已然很难组织起有效的进攻，因此效果大打折扣，一直到最终灭亡都没有能够突破套堤。就这样两方一直坚持到十二月初，但是一件事的发生最终成了压死骆驼的最后一根稻草。
最初李开芳离开的时候，曾经和林凤祥有约定如果援军到了，会提前回来用喷筒火弹为号报信。结果李开芳负责报信的暴露被抓，因此被僧格林沁知道了，于是他命人夜里假扮太平军引诱林凤祥出迎，林凤翔果然中计，一时间清兵火炮齐发，打了林凤祥一个措手不及，不但打死打伤多名北伐军，林凤祥自己也身受重伤，虽然没有性命之忧，但是从这之后北伐军的士气已经降到谷底，投降叛逃的人数也与日俱增。
本来一开始僧格林沁的劝降并不是十分理想。投降的人不但赏钱还给官做，但是投降的人并不是很多，但是经此一战，投降人数与日俱增，一开始北伐军内投降的人还是偷摸进行，到后来投降竟然已经到了成群结队的地步，不到一个月差不多一半的人都投降了清朝，本来一开始对于投降的人，一旦被抓住直接砍头，后来投降的人太多，再加上林凤祥自己也明白，到了这个时候根本没有生还的机会了，所以对投降索性听之任之了。
眼看投降过来的人与日俱增，僧格林沁感到时机差不多成熟了，主要是投降的人有点多，不能让他们白吃饭啊，于是在年底，命令所有投降过来的北伐军为前锋对东西连镇两边发起了总攻。僧格林沁这已经做好了在连镇过年的准备，所以传下命令，所有人拿不下连镇不许撤兵，擅自撤兵者斩杀。此时林凤祥那边早就断粮了，已经靠杀马匹喂食了，但是即使这样也是死战不退，利用喷筒火弹与清兵连续鏖战了几天几夜，但终究兵力相差太悬殊，权衡利弊之后，决定放弃西连镇，所有人退到东连镇进行最后的抵抗。
僧格林沁也终于如愿以偿的在西连镇过了一个年，虽然东连镇还没攻破但那只是时间问题了。首先他命人在西连镇搭建炮台，运来重炮，日夜不间断的朝着东连镇猛烈轰炸，其次命令清兵不分昼夜不计生死强行攻击，这时候外围的清兵不下数万，而此时的北伐军仅仅只剩下千余人，但即使这样，依然又坚持了一月有余，清兵再付出了千余人伤亡的代价最终冲进了东连镇。
此时的林凤祥还想拼死突围，无奈腿部受伤不得已退入了事先挖好的隧道内躲藏，但这些早已是徒劳了，僧格林沁下了命令，挖地三尺，活要见人，死要见尸，终于在林凤祥及其手下三十余人在隧道内被发现，据说当时第一个下隧道的清兵发现之后，林凤祥左右想要杀掉清兵冲出去做最后的抵抗，被林凤祥劝阻了下来，他知道此时再做什么也是徒劳无功了。
林凤祥最后和手下六人被送到北京被寸磔而死，李桓在《甲癸梦痕记》上详细记载当时林凤祥的监刑官跟他叙述的行刑的过程，过于血腥我这里就不多说了，感兴趣的可以找来看看，天平天国一代骁将的人生终点定格在了六十五岁。