过去一年以来，新冠肺炎疫情在世界多地肆虐，给很多国家都造成了极大的困扰。虽然新冠疫苗的研发早已取得成功，但在变异病毒和基数太大的确诊病例影响下，想要尽快遏制疫情依旧非常艰难。在最近这段时间，日本国内更是传出了不祥信号，菅义伟担心的事正在发生。
据日本共同社报道，日本厚生劳动省的数据显示，截至3月4日，日本全国已经有19个都府县出现了变异新冠病毒病例。该国专家认为，变异病毒的迅速扩散，可能对东京奥运会产生影响。据报道，日本政府目前正在对在英国、南非和巴西发现的3种变异病毒进行监视，自2020年12月25日在日本国内首次报告感染变异病毒的病例后，截至2021年3月4日，日本国内的变异病毒感染病例已增至234例。
报道称，日本的变异病毒病例已在19个都府县出现，其中埼玉县最多，达38人；此外，兵库县(36人)和新潟县(29人)位列其后。有日本专家对此表示担忧，称“目前存在(变异病毒)快速扩散的风险”，并称有可能招致“第4波”疫情的出现，进而恐对解除紧急状态和东京奥运会产生影响。另据日本放送协会(NHK)的统计数据显示，截至当地时间3月4日23时59分，日本全国累计确诊病例已超43.6万例，死亡病例为8143例。
由于新冠肺炎疫情的影响，日本民众对东京奥运会也不太支持。日本《读卖新闻》3日报道，该报最近进行的一份民意调查显示，因为担心新冠疫情，近六成的日本居民反对在今年夏天举办东京奥运会。调查结果还显示，47%的受访者认为，奥运会能够如期举行的前提是观众人数控制在最低限度。另外44%的受访者希望奥运会“关门”举行。只有8%的受访者认为比赛可以正常进行。
另据日本广播协会（NHK）4日消息，奥运圣火传递在即，有多位来自体育、演艺、学术等领域的名人以“日程不合适”为由，纷纷辞去火炬手职务，其中包括演员常盘贵子、渡边彻等人，还有歌手五木广志、阿部真央等。