正如德国人预料的一样，最初在边境抵抗德军强大装甲攻势的，只有隶属于内务人民委员部的各边防总队和少量野战军。这些边防部队配备了大量的冲锋枪和机枪，如乌克兰边防军区就有300余挺重机枪和600余挺轻机枪，白俄罗斯地区的五个边防总队则配备有2500支冲锋枪，600余挺轻重机枪。
内务人民委员部的士兵都是极为顽强的战士，凭借坚固的工事和猛烈的火力，他们给进攻德军以重大的创伤，而且往往打到最后一个人。在南方的西布格河地区，苏军第90边防总队第13号哨所从战争第一天一直打到7月2日，坚持战斗达11天之久。在战斗的最后一天，该哨所残余人员在被德军战斗工兵用炸药爆破的前一刻，还在已化为废墟的哨所内拼死抵抗。而在第10集团军第8步兵师防御地区，第57工兵营在师主力赶到前阻止德军在波奇卡地区的攻势直到中午12时。
但这些兵力薄弱的部队并不能挡住敌人的去路。德军将他们交给后续的步兵部队去解决，装甲纵队则绕开其坚守的哨所和工事，向苏联领土纵深快速推进。
在坦克开进的方向上，本来应在边境工事中抗击德军的苏联步兵师，此时还在离国境8到20公里的地方。他们大多无法接到上级命令，因为在被德国人收买的当地民族主义者的破坏下，苏军在许多地段的有线通信系统几乎瘫痪。在西部特别军区，与各集团军的通信在德国人越过国境的4时30分便被破坏；而在基辅特别军区，由于无线电断断续续，直到上午9时军区才对形势有了一个粗略的了解。
在这危急关头，面临德军强大突击的苏联指挥官们只能冒险打开战前发给的、装着国境防御计划的保密密封袋（在苏联体制下这是很危险的），按上面规定的地点和路线（除此之外他们几乎对周边的敌我态势一无所知），在只有少量弹药的情况下（苏军的弹药库是由内务人民委员会管理的，在当时的紧急情况下，各部队往往来不及从那里领取到弹药），将属下那些对突然降临的战争感到茫然的部队匆匆忙忙地带出兵营，在德军不断的空袭和炮击下，冒着巨大的伤亡集结开进。
在这一过程中，士兵们已被不断呼啸而至的德国飞机，和不知来自何方的猛烈炮火（德军侦察机不断矫正着炮兵的射击）打得精神沮丧，当他们在行进间突然遇上由大量摩托车，越野卡车，半履带装甲车伴随的德军坦克楔形纵队时，根本无法进行有效的抵抗，有些部队甚至因此而溃散。红军第4集团军第一号战报这样描绘当时的情景：“在战斗中，往往要由从集团军司令员起的各兵团指挥官来制止凌乱后撤的分队，有时是整支部队，让他们掉头再上前线，但是这些措施，有时甚至是使用武器，并不能获得应有的效果。”
对于苏联边境所发生的事态，德国陆军总参谋长哈尔德大将在当天日记中的记述倒显得更为冷静，客观：“敌人（苏军）被德军的进攻打得措手不及，他们的部队没有做出防御战斗部署，边境地区的部队在各自的防区分得很散，国境线本身绝大部分地段的警戒是薄弱的”、“俄国人的指挥组织完全陷入混乱”。