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肿瘤类器官,为你的癌症研究雪中送炭、锦上添花,最后力挽狂澜、如虎添翼!

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唯问Justscience 2021-03-01 03:15

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PDO项目启动后的第8文献引读

今天主要想让大家看看类器官在癌症研究中的一些初级应用,看看高分文章中,它们是怎么被用上的。传统的二维培养会逐渐被三维培养或者三维的类器官培养所替代,这只是时间问题...

文献一HIF-1α诱导的m6A阅读器YTHDF1的表达通过促进ATG2A和ATG14的翻译来驱动缺氧诱导的肝细胞癌的自噬和恶性

HIF-1α-induced expression of m6A reader YTHDF1 drives hypoxia-induced autophagy and malignancy of hepatocellular carcinoma by promoting ATG2A and ATG14 translation

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摘要

N6-甲基腺苷(m6A)及其阅读器蛋白YTHDF1,通过 影响RNA代谢的 几乎每个阶段在人类肿瘤发生中起着关键作用。自噬激活是癌细胞在缺氧条件下生存的方式之一。但是,在人类肝细胞癌(HCC)中尚未探讨过m6A修饰的mRNA在缺氧诱导的自噬中的作用。在这项研究中,我们检测了过表达、敲除或敲降的HCC细胞、HCC类器官和HCC患者异种移植(PDX)小鼠模型中YTHDF1的特异变体的表达。在体外,YTHDF1的表达与缺氧诱导的自噬显著相关。肝癌组织中YTHDF1的显著过表达与预后不良有关。多元cox回归分析确定了YTHDF1表达是肝癌患者的独立预后因素。多个HCC模型证实了YTHDF1缺乏抑制HCC自噬,生长和转移。荧光素酶报告实验和染色质免疫共沉淀表明,HIF-1α通过在缺氧条件下直接与其启动子区域结合来调节YTHDF1转录。甲基化RNA免疫共沉淀测序、蛋白质组学和多核糖体分析的结果表明,YTHDF1通过与m6A修饰的ATG2A和ATG14 mRNA结合而有助于自噬相关基因ATG2A和ATG14的翻译,从而促进了HCC的自噬和自噬相关的肿瘤恶性。综上,HIF-1α诱导的YTHDF1表达与缺氧诱导的自噬和自噬相关的HCC进展有关,通过以m6A依赖性方式促进自噬相关基因ATG2A和ATG14的翻译。我们的发现表明,YTHDF1是肝癌患者潜在的预后生物标志物和治疗靶标。

PDO相关方法

为了引用自己的文章,作者这么写的:Construction of a hepatocellular carcinoma tissue organoid model HCC tissue organoid models were established as described in our previous study。于是乎我找到了这个作者这篇文章(题目:Circular RNA MAT2B promotes glycolysis and malignancy of hepatocellular carcinoma through the miR‐338‐3p/PKM2 axis under hypoxic stress),然后他是这么写的:We constructed a HCC organoid model based on previously published protocols。 到这里,我猜作者可能不是很想公布自己的方法。于是乎我又找到了这篇文章:Broutier L, Andersson-Rolf A, Hindley CJ, Boj SF, Clevers H, Koo BK, Huch M. Culture and establishment of self-renewing human and mouse adult liver and pancreas 3D organoids and their genetic manipulation. Nat Protoc 2016;11:1724-1743. 看到杂志名,我觉得靠谱了。于是乎,我就偷懒了,把链接直接贴这里了,有需要的自己去看:。

PDO相关结果

图S5 缺氧的SMMC7721和Hep3B细胞系中,YTHDF1 促进自噬相关肿瘤恶性。(a-d)略 。(e) 白光下HCC组织类器官(2、4和6天)比例尺, 100 µm. (f) 慢病毒或对照慢病毒感染介导的YTHDF1敲低或过表达后HCC组织类器官的白光下图像。比例尺,100 μm。(g) HCC组织类器官的直径。 (h) Western Blot检测HCC组织类器官中YTHDF1的蛋白水平 。(i-j)略。

现在都说非编码RNA的研究过时了,什么miRNA、lncRNA、circRNA都不行了。但是申请下来的课题就是这样的了,咋办呢?下面这篇文章(跟上面文章是同一个课题组)或许会给我们一个提示:把研究方法丰富一下咯!比如加个类器官模型!

文献二低氧应激下circRNA MAT2B通过miR-338-3p/PKM2信号轴促进肝细胞癌糖酵解和肿瘤恶性

Circular RNA MAT2B Promotes Glycolysis and Malignancy of Hepatocellular Carcinoma Through the miR‐338‐3p/PKM2 Axis Under Hypoxic Stress

这熟悉的赶脚扑面而来...

但你看看杂志名

你再看看影响因子

不是套路不行了,而是我们懂的套路还太少太低级了

摘要

葡萄糖代谢重编程是多种癌症的公认特征,它要求更高的糖酵解速率,以满足对大分子合成不断增长的需求,并在低氧环境中保持快速增殖。但是,此开关背后的机制仍有待阐明。在这项研究中,我们调查了环状RNA MAT2B(circMAT2B)在肝细胞癌(HCC)葡萄糖代谢重编程和恶性肿瘤中的功能。通过基因表达综合数据集的生物信息学分析鉴定了CircMAT2B。在HCC组织和细胞系中CircMAT2B表达上调。circMAT2B高表达的HCC患者缩短了总生存期。我们使用术前正电子发射断层扫描/计算机断层扫描扫描结合高效液相色谱法评估糖酵解代谢产物和柠檬酸循环所确定的最大标准化摄取值,分析了肝癌中糖酵解与circMAT2B表达之间的正相关性。在缺氧(1%O2)条件下在体外和体内验证了circMAT2B对糖酵解的作用。在HCC细胞,HCC类器官和裸鼠中进行功能测定,以探索circMAT2B在HCC中的肿瘤促进作用。生物素偶联的探针下拉测定,生物素偶联的微RNA捕获,荧光素酶报告基因测定,荧光原位杂交和RNA免疫沉淀测定,用以确认不同RNA之间的相互作用。从机制上讲,我们证明了circMAT2B通过“刺激” miR-338-3p来上调microRNA(miR)-338-3p靶基因PKM2的表达水平,该基因编码糖酵解过程中的关键酶。因此,通过这种机制促进了糖酵解和肝癌的发展。结论:缺氧条件下激活circMAT2B/miR-338-3p/PKM2信号轴,CircMAT2B通过增强糖酵解作用来促进HCC的进展,这可能为HCC的治疗提供了靶点。

PDO相关方法

同文献一

PDO相关结果

图4在缺氧条件下,CircMAT2B的过表达促进细胞增殖并诱导细胞凋亡。(a-d)CCK8和EdU分析,以评估缺氧(1%O2)下circMAT2B表达的改变对细胞增殖能力的影响。双向方差分析显示ex-circMAT2B或si-circMAT2B与相应的对照组之间的OD值存在显著差异,P <0.001。(e, f) 菌落形成测定以评估在缺氧(1%O2)下circMAT2B表达改变对细胞增殖能力的长期影响。 (g) HCC组织类器官的白光下图像(第2、4和6天)。(h) 由慢病毒或对照慢病毒 感染 介导的circMAT2B过表达或敲除后6天,HCC组织类器官的白光下图像。 (i) HCC组织类器官直径的定量数据。 (j)HRT组织类器官中circMAT2B表达水平的qRT-PCR分析。(k) 在缺氧(1%O2)下,Huh7和SMMC7721细胞凋亡的流式细胞仪分析。(l)低氧(1%O2)条件下Focus和HepG2细胞凋亡的流式细胞仪分析。数据代表平均值±SEM,至少三个独立实验。* P <0.05,** P <0.01,*** P <0.001。

肿瘤PDO赶紧搞起来!为自己的科研长长脸!

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唯问生物

Justscience

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