这次会攻湖北战役的失败，主要责任在于何腾蛟、章旷没有按原定计划从岳州北上进攻武昌，并且扼守城陵矶一带长江航道，致使清朝勒克德浑部如入无人之境直趋荆州；堵胤锡、李锦等人以为岳州一带有何腾蛟指挥的军队，不会有东顾之忧，注意力全集中于荆州，结果遭到清军主力偷袭，一败涂地。
而可怜复可笑的是，何腾蛟败走之时，以为堵胤锡取荆州乃是十拿九稳，为了掩盖自己的无能，先一步向隆武朝廷上疏表功，称自己已经“恢复”了荆州。
被蒙在鼓里的隆武帝因此于隆武元年正月初二日喜形于色地对群臣说：“昨据楚督何腾蛟有荆州恢复之报。”（《思文大纪》卷四）
何腾蛟既然忠心耿耿，又英勇善战，现在又新建大功，隆武帝要脱离郑芝龙的愿望越加强烈，一而再、再而三地向何腾蛟呼救。
可惜，何腾蛟只想利用隆武帝的信任来提高自己的声望，内心却万不愿意隆武帝来到自己的防区。
原因很简单，他何腾蛟并不是曹操那样可以挟天子令诸侯的枭雄，而隆武帝也不是汉献帝那样可以随意拿捏的主。
早先，何腾蛟曾任南阳知县，而隆武帝的封藩地就在河南南阳，何腾蛟对隆武帝的果敢作风是深有了解的。
所以说，隆武帝登上皇帝宝座时，何腾蛟虽然对湖南地方官员吹嘘说：“新皇是我的南阳故人，所谓鱼水之合，真是有缘分啊。”（“新上为南阳故人，鱼水之合，吾辈皆有缘也。”吴晋锡《半生自记》卷下）但他是不会迎隆武帝入江西的，那样的话，自己在湖广就再也做不成“土皇帝”了。
既然不肯迎隆武帝入赣，何腾蛟就必须给自己的部下一个合理的解释。
何腾蛟的解释是：“皇上来了，就会将鞑子的攻击火力全都吸引过来，只怕咱们难以抵挡。”（“上若幸楚，则□（虏）当聚力攻楚，恐未易支也。”王夫之《永历实录》卷七《何腾蛟传》）
不过，这个解释太过牵强，以至很多人一眼看穿。
王夫之就直言不讳地指出：“何腾蛟此人，利用手中有自主封官的权力控制了楚地，楚地的文武将吏全都是他一手提拔起来的，他是不甘心失掉现在的权力。”（“顾腾蛟以便宜制楚，文武将吏皆出其门，不忍失权藉”王夫之《永历实录》卷七《何腾蛟传》）
迫于隆武帝的坚持，腾蛟不得不派郝永忠、张先璧二将领兵“迎驾”，但却私下叮嘱他们绝对不可以把隆武帝迎入江西。
这样，郝永忠一军磨磨蹭蹭，好不容易到达了郴州，就停留该地，观望不前。（吴晋锡《半生自记》卷下）张先璧部则在到达与江西接境的攸县后就“屯师不进”（《永历实录》卷七《何腾蛟传》）。
隆武帝的移跸之举，既没有郑芝龙的军队护送，又得不到何腾蛟迎驾军的护迎，而江西又在这个时候遭受清军的大举进攻，基本是一个不可能完成的任务。
而且，隆武帝虽然到了建宁(今福建建瓯)后，但郑芝龙并不想就此失去手中的傀儡，千方百计地阻扰他离闽。
另外，对清朝而言，因为鲁监国、隆武两大政权的存在，也因为东南沿海的浙闽等省是重要的产粮区，多尔衮一直把浙闽两省锁定为了重点打击对象，纵使湖广方面已经开打，隆武二年（顺治三年、公元1646年）的新年刚过，多尔衮还是集结起在北方休整了大半年的满汉八旗，对浙闽两省展开大型军事行动。
多尔衮以自己的侄子贝勒博洛为征南大将军，固山额真图赖为副手，沿运河南下，直抵南京。
到了南京，为确保毕其功于一役，博洛调集了江南一批明朝降兵降将如李成栋、曹存性、李应宗、于永绶、张应梦、贺胤昌、范绍祖、王之纲、苏见乐、冯用等共二万多人随军南征。另外，为了牵制江西方面的明军，他还命清江西提督金声桓部、清总兵柯永盛部合兵向赣南推进。
明督师万元吉虽在皂口据险扼守，然而兵无固志，纷纷南逃。
为了声援万元吉，隆武帝准备出汀州(今福建长汀)入江西，与湖广为声援。。
郑芝龙看隆武帝去意坚决，急了，暗中指使数万军民遮道号呼，假借百姓拥戴盼名义，请隆武回驾福州。
由于军民的阻拦，隆武的亲征队伍无法前进，同时，隆武也不想和郑芝龙彻底闹掰，不得已，回驻延平(今福建南平市)。
而随着博洛的大举南征，浙闽两地很快变成危地了。
博洛的刀锋首先对准的是鲁监国政权设置在钱塘江岸的防线。