后人曾说，中国最好的教育是在中华民国时期，民国最好的教育是在抗战时期。
民国时期中国传统农耕文明和西方文明激烈碰撞。国家和民众多灾多难，但是思想界却是异常兴盛。在“天才成群地来”的民国，大师星河璀璨，学人百家争鸣，盛况堪比春秋和魏晋，共同缔造了民国学术的辉煌和巅峰。
民国学界始终坚持学术独立和自由。即使在抗战和台湾时期。这主要源于民国学人的坚持。比如胡适回到台湾，在就职中研院院长典礼上，蒋介石谈到中研院要服务政府的统一大业，这时蒋介石讲话快要结束，这也是蒋介石在公开场合讲话中一贯的客套话。但胡适却说：总统先生错了，中研院为学术机构，统一大业是政府的事情。学术要保持其独立和自由，不为政治服务。胡适对蒋介石的回话，令蒋介石极其恼怒，但蒋介石控制得很好，没有表现出来。
国民政府也是功不可没，即使在艰难的抗战中，教育经费的支出也始终仅次于军费。而蒋介石个人修为是很好的，对知识分子很尊重，即使对这些学人有诸多不满，在表面上依然给予相当的礼遇，给他们留足面子和里子。比如对待胡适、刘文典、章太炎等。
到了1948年，刚刚经历南渡北归的的知识分子，开始伤别离。以国立中央研究院为例，看下当时中国最为顶级的知识分子特别是自由派知识分子的选择。
中研院院士，国民党四大元老吴稚晖
但是在1949的大动荡中，中研院院士也一分为三，连同所有的情谊一并斩断，在中原绵延千年的中华文化开始大迁徙。
李济、董作宾、袁贻瑾、王世杰、傅斯年、朱家骅、李先闻、王宠惠、凌鸿勋、吴敬恒10人去往台湾；
陈省身、李书华、吴宪、林可胜、汪敬熙、陈克恢、李方桂、赵元任、吴大猷、萧公权、胡适、萨本栋12人远走海外;
华罗庚、茅以升、金岳霖、冯友兰、梁思永、梁思成、陶孟和、周鲸生等60人留在大陆。
中研院这个当时集中了民国最聪明的大脑，国立中央研究院一共14个院所，只有傅斯年的史语所完整的搬到台湾，当时令负责“抢救学人运动”的傅斯年和胡适感伤不已，“在台湾后，傅斯年的头发全白了，这都是纷乱的时局造成的。”当时被认为是最得余英时真传的弟子王汎森曾感伤的回忆傅斯年时，这样说的。
授命组建中研研究院的首任院长、国民党四大元老的蔡元培
据国民党统计，当时在海外仍然还有5000多名知识分子在求学和深造，从这点可以窥见国民政府，对知识的尊重 和人才的重视。
中华民国违心地留下了一大批知识分子，国民政府原计划是要把他们带到台湾去的。但这是后继者的财富，也是后继者的幸运。后来大陆大力宣传的许多科学家，都来自中研院，像竺可桢、华罗庚、陶孟和、陈寅恪等。
自古以来，知识分子和统治者之间都是彼此依附，也彼此猜忌。左右摇摆是知识分子的常态，左是改造出来的，右是原生的。在随后的岁月中，知识分子或死或残，无一幸免。即使活下来的，也是寿多则辱，精神世界严重创伤。
远走台湾的新儒家代表徐复观先生说：“自古而今，在深切了解在真正的自由未实现以前，中国传统读书人都是悲剧命运。