公元前338年，秦孝公死，太子驷继位，是为惠文王，公子虔等人乘机诬告商鞅“欲反”，惠文王遂下令搜捕商鞅，“车裂以询”，并灭其家。
关于商鞅被杀的原因，古人往往归咎为商鞅刻薄寡恩，用法太过，“较之初为秦施法，法不行，太子犯禁”，“太子，君嗣也，不可刑；刑其傅公子虔，黥其师公孙贾”。等到支持变法的秦孝公病逝，太子与其师傅便“挟怨而杀之”。后来有说法认为商鞅变法触动了奴隶主旧贵族的利益，于是公子虔等人故意唆使太子出来捣乱，商鞅把他们绳之以法，等到太子继位，旧贵族把积怨集中在商鞅身上，诬告他谋反，惠文王便下令捕杀了商鞅。
但这其中也有疑点，如果说公子虔等人代表旧贵族的利益而仇恨变法，那么“车裂”商鞅只不过是他们政治上反攻的开始，接下来的必然是废弃商君之法，但事实则不然，“惠王即位，秦法未败也”。“鞅去卫适秦，能明其术，强霸孝公，后世遵其法。”惠文王虽然杀了商鞅，但却继承了商鞅制定的政策法令，这说明他们之间并不存在什么政见之争。
既然惠文王车裂商鞅不是因为仇恨变法，那么商鞅被杀的原因究竟是什么呢？
惠文王上台伊始即诛杀商鞅，完全是权力斗争的结果，《战国策·秦策一》上有这样一段记载：“商君治秦，法令至行，……孝公行之（十）八年，疾且不起，欲传商君，辞不受，孝公已死，惠王代后，往政有顷，商君告归，人说惠王曰：‘大臣太重者国危，左右太亲者身危，今秦妇人婴儿皆言商君之法，莫言大王之法。是商君反为主、大王更为臣也，且夫商君，固大王仇雕也，愿大王图之。’商君归还，惠王车裂之。”
这段材料说明商鞅在主持变法期间权倾一时，早已引起太子及其周围的警惕与不满，孝公临终前又打算传位于商鞅，这就更加激化了太子与商鞅的矛盾，所以惠文王刚即位便要诛杀商鞅。
秦孝公欲传位于商鞅是极有可能的，禅让之说最早墨家，墨子主张“尚贤”，便假托尧舜禅让的故事来推行其任人唯贤的政治主张，甚至提出“选择天下之贤可者，立以为天子”，战国时期墨家已成“显学”，禅让说也随之成为一股思潮，在孝公和惠文王时期，秦国的墨家之学也很兴盛，秦孝公刚即位就颁布求贤令，表示“宾客群臣有能出奇计强秦者，吾且尊官，与之分土”，此举固然是受当时“诸侯卑秦”的形势所迫，但与墨家“尚贤”说的影响也不无关系。
商鞅原在魏相公叔痤门下做中庶子，公叔痤称他有奇才，曾把他举荐给魏惠王，但魏王不以为然，后来，“秦用商君，富国强兵”，而魏国却丧师失地，被迫徙都大梁，这时候魏惠王才感到人才的重要，“恨不用公叔之言”，于是“卑礼厚币以招贤者”。这样一来，秦魏之间便展开了一场人才竞争，秦孝公深知商鞅是治国的难得人才，“古秦之俗，君臣废法而服私，是以国乱兵弱而主卑”，经过商鞅变法，秦不仅“乡邑大治”，而且连战皆捷，收复了河西之地，“东弱韩、魏，兵强天下”，为了把变法而强的局面长期保持下去，为了更好地对付魏国这个劲敌、孝公在病危之际“欲传商君”是极有可能的。
商鞅在秦主持变法二十余年，孝公对他非常信任，言听计从，不仅把秦国军政大权统统交给了他，而且还“封鞅为列侯，号商君”，享有商於十五邑的封地。商鞅集军政大权于一身，令行禁止，权倾一时，甚至于“人畏鞅甚于秦君”，这必然引起太子和部分宗室大臣的忌恨，当时有个叫赵良的人已经看出商鞅的处境“危若朝露”，批评他“君又南面而称寡人，曰绳秦之贵公子”，并警告他说：“秦王一旦捐宾客而不立朝，秦国之所以收君者，岂其微哉？亡可翘足而待。”
对商鞅炙手可热的权势，太子驷早已心存芥蒂，公子虔也长期杜门不出，孝公临终前欲传位于商鞅，这就等于点燃了这场权力之争的导火线，商鞅虽然“辞不受”，但他已有的权势已经对年轻的太子构成了严重威胁，所以惠文王即位不久，他就被车裂而死。