12月7日，亚冠八分之一淘汰赛继续开战，H组第2上海上港迎战淘汰了广州恒大的G组第一申花胜利船。90分钟激战，上港上下半场各丢1球，最终0-2败北无缘八强，至此，出战亚冠的中超GIG4已经有3支遭到淘汰，只有北京中赫国安晋级八强，成为中超独苗。
此役，小组赛阶段公开挑战主教练权威的胡尔克依然被束之高阁，但令人意外的是，澳大利亚中场穆伊也坐在了替补席上，双后腰位置上买提江和杨世元首发，佩雷拉的意图是用杨世元和买提江的机动灵活来限制对手阵中曾让恒大吃尽苦头的伊涅斯塔。开场之后，上港率先发难，李圣龙接到奥斯卡的传球后禁区内头球破门，可惜被主裁判判罚冲撞门将进球无效。在上港极具针对性的战术面前，神户胜利船的进攻一度被遏制。不过在第31分钟，伊涅斯塔的个人能力得到了展现，山川哲史右路横传，山口萤顺势送出直塞，伊涅斯塔领球转身横向摆脱射门一气呵成，上港3名防守球员在他面前形同虚设。上半场，上港0-1落后。
下半场，穆伊和陈彬彬披挂上阵，但仅仅5分钟之后，神户胜利船再下一城，这粒进球也让上港遭遇沉重打击。虽然此后伊涅斯塔大腿拉伤被换下，但上港却并没有拿出背水一战的气势，只有王燊超在第73分钟时的一次禁区内攻门比较有威胁，但被神户中卫维尔马伦用肩膀挡出。第82分钟，比利时中卫的头球解围顶在菊池流帆手臂上，但主裁判不为所动。上港最终只能接受出局的结果。
此役，上港控球率53%，略高于对手，但全场比赛只有7次射门，射正次数更是只有可怜的一次，输球也是在情理之中。在输掉这次比赛之后，上港已经在本赛季亚冠联赛中遭遇了三连败，净丢8球的同时颗粒无收。此前他们在小组赛分别0-4惨败悉尼FC，0-2不敌全北现代，虽然当时他们已经小组出线，胜负关系不大，但连续的失利对于上港球员的心态无疑是一个非常大的打击。
搞笑的是，在上港小组赛连吃败仗的时候，某家上海媒体撰文称，赛程最难，旁人没资格说上港耻辱。在他们看来，上港连续5年从亚冠小组赛出线已经打破了恒大此前保持的纪录，他们的表现依然稳定，淘汰赛上港肯定会有出色的表现。只可惜，国安1-0力克FC东京杀进八强创造了历史，但上港的连续吃败仗却将这家上海媒体的脸生生打肿。不客气地说，这支球队心散了。
本赛季，上港引进了于睿、买提江、里卡多-洛佩斯和穆伊等内外援，但这其中只有买提江和穆伊表现达到预期，于睿只能作为替补，里卡多-洛佩斯在最初的惊艳之后陷入沉寂。加上阿瑙托维奇和胡尔克的状态不佳，上港在拿到第一阶段苏州赛区头名之后，第二阶段竟然未尝胜绩，最终只名列中超第4.如今随着亚冠出局，他们如果想晋级下赛季亚冠，就只能寄希望于江苏苏宁捧起足协杯冠军，但考虑到苏宁是全华班出战，这又谈何容易。下赛季，胡尔克将离队，阿瑙托维奇很难扛起锋线，而王燊超、吕文君等东亚嫡系也年过三十。加上足协出台的内外援最严限薪令，这支2018赛季的中超冠军球队，或许真的要昙花一现了。