令曾国藩晚年背负上“卖国贼”骂名的原因是什么？这就要从天津教案开始。
同治九年（1870年）5月间，天津市发生几起儿童下落不明绑票的恶性事件。在教堂坟地附近有小孩的尸体被野狗扒了出咬坏，身体不全，缺失某些部分器官，于是民间开始诬指外国修女以育婴堂为高子，实则绑票杀死儿童作为药材之用。
天津市本地民间黑社会组织水火会抓到了一个叫武兰珍的人贩，武兰珍挺刑不过，为了逃避惩罚，就说是教堂所为，同时还有人报告说教堂有人向外面搬运口袋，怀疑里面是死小孩。水火会老大带着十几名失去小孩的家长求救官府。
崇厚大骂刁民胡闹，认为传教士不太可能拐卖小孩，而且西医内脏器官做药引子实属无稽之谈，民众都不服，诬指下落不明小孩还在教堂关着。崇厚见面了法国领事馆丰大业，要求彼此当场对证。
水火会煽动动人口在教堂外不走，又有好事者，无业流民，地痞无赖等，闻讯纷纷赶来。教堂外就集聚了过万人。教会保护的中国民众在门里骂门外民众，彼此激烈对骂，引起抛砖互殴。
教堂向驻天津市总理士丰大业求救。丰大业跑到崇厚那儿要求出兵前去镇压。丰大业和崇厚讲话很失礼，指示他立刻派出洋枪队前去教堂弹压。崇认为对方在自己的属下面这么傲慢很丢脸，不肯出兵。
丰大业只有带责秘书西蒙亲自前去教堂，在教堂边的大桥上遇上前去疏散民众天津市县官刘杰。丰大业斥责刘杰办事失职，刘杰说自己已经尽力了，彼此发生嘴角，丰大业取出手枪取出向刘杰射击，打S了刘杰的家丁高升。围观的中国人大怒，砍死丰大业和西蒙。
民众们杀向教堂，以凶残手法杀死了教士和修女，焚毁了望海楼天主堂，仁慈堂，坐落教堂一旁的法国领事馆，包括部分地方事无关的英美传教士筹建的座基督新教杀死教士，把附近前去中国旅游的外国游客也一起杀死，抢劫了身上的财物，破坏行动持续了3小时,共摧毁13座教堂.
法国第三舰队军舰开到天津市，英国第五舰队，美，德，意等六国军舰亦结集天津市一带，要求惩办肇事者，赔偿损失。
曾国藩处理的方法是什么呢？
一面是强大的七国势力，一面是积聚聚已久的反洋情绪的津民，是维持和局还是顺从民心，一丝不苟地堆积酿造着一场不可收拾的巨变。考虑再三，慈禧决定让曾国藩暂缓告假养病，把这烫手山芋接回来。而曾国藩接任后，就遭遇到了最大的困难：朝廷中的慈禧，强大的西方势力，包括“好斗”的天津市市民。连日思绪不安，他在日记里下落：天津市洋务，十分棘手，不胜焦灼。”
这时，崇厚又向慈禧发过来汇报，要求将天津市地方官吏撤职。这些官吏都是曾国藩的下级，曾国藩自然心中不快。6月27日，曾国藩给慈禧太后复信，说正在思考分析案件的重要之处，一定务求公平公正，以不造成祸端为宗旨。
7月8日，曾国藩抵达天津市后，认真揣摩了慈禧太后的意思，感觉必须先压住中国人这一头，也做个姿态给帝国主义看。因此，他一入城，就将写好的《晓谕天津市士民告示》贴满大街。因为该通告对津民事发那日的行为进行了公开批评，怒训津民勿再激起祸端，造成津民的强烈不满。与此同时帝国主义对于此事也不待见。七月十九日，法国人即发过来照会，要挟曾国藩，要他杀了知府、知县、直隶巡抚三名官员为法国领事抵命。
曾国藩知道知府张光藻、知县刘杰等一应官吏并无严重过失，而且案发时他们一直在做工作，可一贯曲从洋人的崇厚却极力坚持按洋人的要求去办。最终，曾国藩竟做了两个幼稚的决定：第一是首先保护张、刘，他私自让他们以看病的名义逃离天津市，躲躲风头；二是他依照崇厚的建议，拟出了对张、刘二人治罪的奏状，上报慈禧太后。但奏状刚刚发出，曾国藩就后悔了。自此，他陷入极大的自责之中，病势加剧。
7月21日，曾国藩在病中又写了一份整个案件的初步调查报告——《查明天津市大概情形折》。他首先说，教民迷拐人口、教堂对中国儿童挖眼剜心等全系谣传，等于替洋人说了开脱话。但他也说，这个谣言是有原因的，教堂里确实有很多“疑点”——门常年关着，教堂里地下有地窖，太神秘了；一些中国人去教堂看病，但他们不会等很久。这是对天津市群众的一句话的帮助了。
慈禧太后收到《查明天津市大概情形折》后，立即让内阁颁布各级官吏。首先，不要惹外国人生气，慈禧太后故意切断曾国藩为天津市群众辩护的一些疑问，只公布了曾国藩为外国人洗白的话和对初犯和官员的处理态度。
7月23日，慈禧太后发过来500里加急，说曾国藩奏请对张、刘二人撤职治罪的奏章已准。她还说这是首先平息祸端而委曲求全，今后不能再这样，洋人若再有要挟恫吓之语，曾国藩务要据理驳斥。慈禧太后此举一出，等因此在社会舆论面前择清了自己，而曾国藩偏护洋人、治罪官吏的帽子就戴定了。果然，《查明天津市大概情形折》一公布，朝野社会舆论大哗，对曾国藩口加声讨。
而就在这时，崇厚几乎天天来找曾国藩，要他答应按法国人的要求杀张、刘二人以抵命。首先防止崇厚对慈禧太后施加影响，曾国藩赶紧给慈禧太后去信，说面对洋人，决不能有求必应。与此同时因不堪承受社会舆论批评，身体状况迅速恶变，呕吐不止，提出请另派大臣来天津市接手他。
7月27日，慈禧太后回了两封信。第一是指示曾国藩，先用心处理教案。第二是按曾国藩要求，派江苏巡抚丁日昌去津。但当直隶按察使将曾国藩放走张、刘二人的事报给慈禧太后后，慈禧太后立即翻了脸。
8月21日，丁日昌抵达天津市。隔日，慈禧太后发过来谕旨，要求丁日昌扩大审理案件力度，迅速通缉张、刘二人，严加讯问，尽早结案。慈禧太后催得紧，既给了政策，也定了调子，交了方法，曾国藩实际上也就靠边站了。
后来，南方传来两江总督遇刺身亡的消息。慈禧太后得到汇报，立即有了主意，果断下旨，将曾国藩调回江南。
曾国藩以为这只是一次普通的调动，就在接到慈禧太后谕旨的当天，回奏折表明：第一是不想去江南，怕因病耽误了那里的事务，二是强烈建议办好天津市的案件再走，不愿意就此半途而废；三是办好案件后就彻底病休。此外，他还从天津教案实际出发，不识时务地向慈禧给天津市推荐官吏。
信发过后，曾国藩便扩大了在普通百姓中的“拿犯”力度。可9月7日，慈禧太后就给曾国藩来信，语气不可融通，內容也是三条：第一是必须去江南，二是天津市官吏选用一事不需他操心，三是可以结了天津市的案件再走。最后慈禧太后补了一句话的：“毋再固辞。”
曾国藩接到信，心情复杂。9月9日，曾国藩又去信，信中反复谈了天津市一案，说最先错在洋人，至于张、刘二人，只是“临时失于弹压”，“不无可原”。至于对他们怎样处理，请慈禧太后“圣裁”。然而，曾国藩的建议已起不到什么作用了。
10月5日，慈禧太后宣判将张、刘二人发配黑龙江。曾国藩的所有努力彻底成空，也再不敢讲情，只有自吞苦果。
事虽至此，曾国藩还惦记着他没办好的案件，对所抓的八十多人扩大了审讯力度。他在日记中写道：“敲榜之声竟日不绝。”可见下手之狠。终于，曾国藩凑够了拟杀的20人，并于10月7日正式上报了他胡乱确定的这些人犯名单，也与此同时正式上报了要求慈禧太后对他“交部严加议处”的处分申请。无辜凑数被杀得中国人的消息传来，全国各地社会舆论再度大哗，天津市群众义愤填膺，抗议信像雪片似的涌向朝中和曾国藩住所。
最大的赢家是慈禧，慈禧既平定了案件自己又毫发无损。“天津教案”使曾国藩成了过街的老鼠人人喊打。陷入舆论骚动 ，诽谤语言遍布天下 ，统帅湘军 、平定东南的中兴名臣变汉奸 。他心力憔悴 ，两年后去世 。曾国藩处理天津教案的结果是时代的必然 ，也是时代的悲哀 。