朱丹溪对杂病的辨证施治，突出表现在气、血、痰、郁四个方面。如王纶所说：“丹溪先生治病，不外乎气，血，痰，故用药之要有三，气用四君子汤；血用四物汤；痰用二陈汤；久病属郁，立治郁之方，曰越鞠丸。盖气、血、痰三病，多有兼郁者，或郁久而生病，或病久而生郁，或误药杂乱而成郁，故余每用此方治病，时以郁法参之。气病兼郁，则用四君子加开郁药，血病、痰病皆然。故四法者，治病用药之大要也。”
丹溪诊治杂病中，以对痰、郁二证的辨治最有特色，对后世的影响甚大，简述如下：
1.痰证——震亨谓：“凡治痰，用利药过多，致脾气下虚，则痰反易生多。”说明治痰过用渗利之药，影响脾的运化，反易生痰。只有在维护脾气功能的基础上治痰才是正治。进而提出二陈汤实脾燥湿，可治一身之痰，但由于痰的性质和所在部位的不同，因此还当变通以治之。如“热者清之，食积者攻之，兼气虚者补之。”“痰在肠间者可下而愈，膈上之痰必吐之”等等。除此之外，他还根据临证体会，总结了具体的用药方法，据《金匮钩玄》所载，将二陈汤加减列表如下：
上述用药中，可以看出朱丹溪对竹沥的使用更有体会，其谓曰：“痰在膈间使人癫狂、健忘，宜用竹沥；风痰宜用竹沥，又能养血；痰在四肢非竹沥不开。”“竹沥化滑痰，非姜汁不能行经络也。”对郁痰以白僵蚕、杏仁、瓜蒌、诃子、贝母治之。痰核结在咽喉，则用杏仁、海石、桂枝、连翘、瓜萎仁、少佐朴硝以姜汁蜜调丸噙化治疗。另外，他认为许多疾病是由痰所致，即所谓“痰生百病”，因此在治疗上往往参以治痰之法。说明痰的含义是十分广泛的，从而为杂病的治疗开拓了新的途径。
2.郁证——朱氏说：“气血冲和，万病不生，一有怫郁，诸病生焉。故人身诸病，多生于郁。”指出情志波动，失其常度，也会引起气机郁滞，郁久则由气及血，衍生多种疾病。他进一步将郁证分为气郁、血郁、湿郁、痰郁、热郁、食郁等六种证型。他把“凡郁皆在中焦”作为辨证治疗的依据，因中焦为脾胃所属，脾胃又是气机升降出入的枢纽。凡六淫、七情、劳役过度均能影响气机的升降，造成中气郁滞。亦有因饮食失节，停痰积饮亦致脾胃失职而成郁者。
既然郁多在中焦，用药大法，在于升降兼施。认为苍术为阳明经药，气味辛烈，强胃健脾，发谷之气，能径入诸药，疏泄阳明之湿，通行敛涩；香附乃阴中快气之药，下之最速。一升一降，故郁散而平。震亨立越鞠丸通治六郁，义即如是，方用苍术、香附、川芎、神曲、栀子诸药。又根据六郁性质的不同，而酌加相应的药物，以为变通。现将越鞠丸加成法列表如下：
丹溪对六郁的论述虽然过于简略，但对六郁的治疗，考虑得还是较为周全的，若无丰富的实际经验是很难做到这点的。
综上所述，朱震亨对痰证、郁证的辨治确有独到之处，大大丰富了杂病的治法。故后世有“杂病宗丹溪”之说。然而朱氏对杂病的治疔也不是十分完善的，正因如此，明代医家戴思恭、王纶完全继承并发展了他的学说，使气、血、痰、郁的辨治日臻完善并自成体系。正如任应秋教授所说：“传震亨杂病之学，王、戴二氏，可叹观止。”
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