元至正二十一年（公元1361年）正月，小明王韩林儿封朱元璋为吴国公。
根据《明太祖实录》的记载，在攻下集庆路的当年七月，朱元璋便已被诸将奉为吴国公。不过，当时朱元璋在金陵尚未站稳脚跟，机构的设置主要根据小明王的任命进行。
元至正十六年（公元1356年）三月，小明王收到攻占金陵的消息后，提升朱元璋为江南的枢密院同佥，不久又封朱元璋为江南行中书省平章政事。
朱元璋接到小明王的任命后，于同年六月，在太平府设立江南行枢密院，以花云为院判；七月，设立江南行中书省，“以李善长、宋思颜为参议”（《明太祖实录》）；同时把江南行枢密院迁到应天府，各地设枢密分院，“以元帅汤和摄同佥枢密院事”（《明太祖实录》）。行枢密院掌管各地军队，指挥战事；行中书省负责处理行政、司法事务。此外，朱元璋进行了一些创新，设置了左、右、前、后、中五翼元帅府。
江南行枢密院和江南行中书省在形式上都是龙凤政权下属的地方机构。
龙湾之战后，应天府转危为安。朱元璋践行“高筑墙”的策略，每攻下一座城池，便修筑十分坚固的城墙。而在太平府一战中，水势深阔的护城河给了陈友谅军队可乘之机，以“巨舰乘城"的方式攻入城内。接下来的龙湾之战中，朱元璋大败陈友谅，缴获百余艘巨舰，数百条战船，陈友谅的部将也纷纷归降。接着朱元璋派徐达、冯国胜等人带兵乘胜追击，陈友谅惨遭追击，昼夜不停地逃回池州，短时间内无法再对应天府构成威胁。收回太平府后，常遇春增筑城墙以防止“巨舰乘城"再次发生。
当朱元璋和陈友谅在龙湾打得不可开交之时，怕冒风险的张士诚始终没有出兵，错失良机。这也证实了此前刘伯温、朱元璋对张士诚只图自保的推测。陈友谅大败后，缺乏进取心的张士诚更不可能对应天府大举进攻了。
龙湾之战前后，北方红巾军的形势急转直下。元至正二十一年（公元1361年），龙凤政权的中路、西路北伐军逐渐被元军消灭；同年八月，山东的大部分郡县被元军攻占，东路军只剩下山东的益城尚在坚守，小明王所在的安丰逐渐成为一座孤城。北方红巾军无法再继续充当朱元璋的”悍蔽“。
龙湾之战后，朱元璋军队士气日盛，与陈友谅军队的强弱对比逐渐发生逆转，朱元璋自建王业的时机日益成熟。
在这种形势下，被封为吴国公后，为适应日后称王的需要，朱元璋模仿元朝的中央机构体制对所辖机构进行了一系列改造，朱元璋所部逐渐成为相对独立的政权。
首先，改枢密院为大都督府。
元至正二十一年（公元1361年）三月，朱元璋下令把带有地方机构含义的江南行枢密院为改大都督府，任命枢密院同佥朱文正为大都督，“节制中外诸军事”（《明太祖实录》）。大都督府直接受命于朱元璋，是当时最高军事机构，指挥管辖全部军队，同时拥有统兵权和调兵权，这项制度一直延续到明初洪武十三年(公元1380年)。
朱元璋把自己的亲侄子朱元璋任命为大都督，地位在徐达、汤和等人之上，可见其内心深处对血缘关系的信赖。
早在朱元璋率军攻打集庆路时，朱文正便已开始崭露头角，作战勇敢而且有谋略，“饶勇略”（《明史·列传·诸王三》）。因为徐达、汤和带兵进攻常州，久攻不下，元至正十六年（公元1356年）十月，二十岁的朱文正被提升为枢密院同佥，率军支援常州，发起更猛烈的进攻；次年三月，常州被攻下，徐达被擢升为枢密院同佥，"进围常州。明年克之。进佥枢密院事"（《明史·列传·徐达》）。
其次，调一批高级武将到行中书省任职。
元至正二十一年（公元1361年）正月，封佥院邓愈为中书省参政，仍兼行枢密院同佥，统率各翼军马。三月，任命枢密院同知邵荣为中书省平章政事，同佥常遇春为参知政事。四月，任命中书省参议李善长为参知政事。五月，任命枢密佥院胡大海为中书分省参知政事，镇守金华府。十二月，任命枢密院同知徐达为中书省右丞。
再者，进一步完善行中书省的机构设置。
确定盐法、茶法。设立专门机构，任命官员，专司相应事务。商人付钱购买盐引、茶引，然后进行贩卖，规定“（盐）每二十分而取其一，以资军饷”，“每引茶百斤，输钱二百”（《明太祖实录》）。
设置宝源局，负责货币铸造等事宜，继续铸造大中通宝钱，用来代替元朝纸币，与历代铜钱同时流通。刚攻下集庆路时，朱元璋便曾下令铸造铜钱，称之为”大中通宝“或”应天通宝“。
虽然为了避免树大招风，朱元璋一向坚持“缓称王”的策略，但他并不满足于仅是龙凤政权的一方诸侯，一旦时机成熟，便开始准备自建王业了。