元祐三年十二月，刘安世上奏弹劾周穜。郓州教授周穜是翰林院学士苏轼所举荐的。刘安世多次上奏指出近臣举荐士子的弊端，所以，北宋朝廷下诏书禁止百官签署职衔上奏举荐士子当官。苏轼作为翰林学士这职位很重要、很清贵。如苏轼的亲弟弟苏辙就以户部待郎改任吏部侍郎，过了三天又改任为翰林学士。这说明翰林学士的官位职务不低，跟六部侍郎级别一样，相当于现在的副部级。而且翰林学士出身的任宰相的机率非常高。刘安世上奏说：“郓州学教授周穜上书，请求把原宰相王安石配享神宗祖庙进行祭祀。周穜疏远地位低微的官员，他怀有奸诈邪恶的心，以置身事外静观事态发展来图谋职务晋升，并且凌侮蔑视百官的意见，对典礼胡言乱语，希望朝廷处分周穜，以明好恶。”苏轼听闻刘安世弹劾他举荐的周穜，于是上奏书承认错误，作检讨，他说：“我羞愧自己位列皇帝的侍从官，没有识人之明，致使引荐周穜玷污学校的声誉，我弹劾自己等待朝廷对我的处分。”于是朝廷罢免了周穜郓州教授这一职务，让吏部重新安排工作。
了解一下北宋翰林学士院这个相当于现在中科院兼办公厅的政府机构。北宋设置翰林学士院，主管翰林院正职是翰林学士承旨，副职是翰林院学士，属官有知制诰、直学士院、翰林权直、学士院权直。翰林学士院的主要职责是主管撰写制诰、诏、令工作。翰林院有侍读学士与侍讲学士之分。侍读学士有充宫观兼侍读的，还有台谏兼侍读的。侍讲学士有台谏兼侍讲的，还有宫观兼侍讲的。另外还有崇政殿说书这一官职。
元祐四年三月，翰林学士兼侍读苏轼，罢免为龙图阁学士、杭州知州。原因是苏轼经常阅读《祖宗宝训》，论及时事，批评朝廷现状说：“现在功劳与罪过不清楚，赏罚不明，好坏善恶没有人劝阻。如今黄河水势北流强行改道向东流。西夏入侵我镇戎军，杀害与掠夺我边民几万人，军事将领掩盖事实真相不向朝廷汇报，朝廷对这些不闻不问。我怕这样下去国家会渐渐衰败动乱。”身居高位，掌握大权的人怨恨苏轼讲真话、直话，特别是赵挺之、王觌在朝堂上攻击苏轼严重。苏轼知道朝中一些官员容不得他，于是请求外任避祸，所以，朝廷安排苏轼去杭州当知州。
蔡确曾任过宰相，是支持王安石变法的，保守派人物司马光、吕公著要全面废除新法，蔡确不肯并把变法的责任揽在自己身上，最后受到朝廷处分。梁焘密奏蔡确亲党与王安石亲党并附有名单。蔡确亲党有：安焘、章惇、蒲宗孟、曾布、曾肇、蔡京、蔡卞、黄履、吴居厚、舒亶、王觌、邢恕等47人。王安石亲党：蔡确、章惇、吕惠卿、张璪、安焘、蒲宗孟、王安礼、曾布、曾肇、彭汝砺、陆佃、谢景温、黄履、吕嘉问、沈括、舒亶、叶祖洽、赵挺之、张商英等37人。杭州知州苏轼未动身去杭州到任之时，他秘密上奏给太皇太后说：“朝廷如果处分蔡确之罪太轻，则会显示皇帝的孝治不足。如果处分蔡确之罪太重，则会对太皇太后的施行的仁政有小损害。应该让皇帝降敕治蔡确的罪行，而太皇太后您就对蔡确宽容从轻处置，这样就成全了皇帝的孝与您的仁，一举两得。”太皇太后高氏觉得苏轼说得很有道理，但是并未采用苏轼的意见。虽说太皇太后没有采纳苏轼的主张，但为了安抚苏轼，在苏轼离京至郊外时，她安排内侍用宰相的标准，赏赐苏轼龙团茶、银合，对苏轼慰劳很优厚。
十二月，杭州知州苏轼上奏说：“杭州粮食非常匮乏。今年两浙种粮的收成非常少，我怕明年有饥饿导致的盗贼叛乱之忧。转运司上供的粮食额度与以前欠缴的粮食共有一百六十多万石，请求朝廷暂且允许上交一半或者三分之二粮食。”朝廷下诏书批准了苏轼的意见，允许杭州地方政府留下上供的粮食三分之一用之应付灾荒。杭州有了上供的三分之一的粮食，因此，当地的粮食价格并不高，又得到赐给剃度和尚的度牒，换成大米来救济饥饿的百姓。第二年春天，又减价出卖常平米，做了很多粥和中药汤剂，派人带着医生分街坊给百姓治病，救活了很多人。苏轼说：“杭州在水陆交会的地方，因为瘟疫导致的死亡的人数比其他地方的多。”他集中公款二千缗，又拿出个人的积蓄五十两黄金，办诊所治疗得病的百姓，他又稍稍积蓄钱粮来收治得病的患者。
杭州临近大海，这个地区地下水资源又咸又苦。唐朝刺史李泌，他引导西湖的淡水建立六口大井作为当地百姓的取用饮用水，百姓的饮用水充足了。白居易在杭州当官时，疏浚西湖水引入运河，湖水自运河流入农田，所灌溉的农田达千顷，于是当地百姓粮食问题解决了。西湖水中水草很多，自唐朝到五代的钱氏政权，年年都需要疏浚治理。然而，到了宋朝，就没有继续疏浚治理，水草淤积形成封田，湖水几乎没有了。运河失去了西湖水的补给，只好从钱塘江涨潮引水来解决用水问题。船航行在杭州城中，湖水又夹带着大量的泥沙淤积于运河，每隔三年，都要消淤一次，这清淤工作成为杭州百姓的一大祸患，李泌曾经建的六口水井也荒废了。苏轼任杭州知州到任后，就全心全意为百姓服务，他组织人员疏浚茆山、盐桥两条河流，因为茆山有一条河专门容纳钱塘江潮水，盐桥有一条河专门容纳西湖水，疏通了两条河流便于通航。同时，苏轼又组织人修造堤堰闸门，控制西湖水的蓄积与排泄，钱塘江潮水不再进入杭州城内，泥沙淤积的问题得以解决。他又安排人修复六口大井，老百姓获得饮用水的便利。苏轼说：“通过清理水草，清除出来的淤泥，堆积在西湖之中，修筑为长堤以通南北，可以除去水草与淤泥而使人们有一条便于行走的道路。”他让百姓种植菱角，又安排百姓除水草。他把种菱角的收入作为以后修浚西湖的费用，又取救济荒灾剩余的一万缗钱、万石粮食，他又向朝廷请求得到的一百张僧人度牒用来雇募民工，用这些来修堤。长堤建成后，南北长一十三里。接着，他安排人种植芙蓉花、杨柳树在长堤上，长堤变得美如画。杭州百姓称这个长堤为“苏公堤”。
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