董卓进京的前一年刘焉目睹朝政衰败，预感到天将大乱，于是上表朝廷建议委派重臣到地方任州牧，以稳定各地局势，刘焉提议的出发点并非是心忧天下而纯粹是为了个人利益，但是他的表章却彻底改变了之后的时代，从此刺史，郡守等官职被架空，州牧成为手握地方军政大权的新型独裁者，一个军阀割据的混乱时代被迅速开启。
刘焉本人则自告奋勇去最偏远的交州任州牧，临行前，精通谶纬学的侍中董扶，私下里对刘焉说益州有天子气，暗藏不轨之心的刘焉对董扶的话深信不疑，随即向朝廷申请去改益州，益州刺史史郤俭是花钱买来的官，为人昏庸无能，除了祸害百姓什么事也干不了，当时的益州盗贼横行，乱成了一锅粥。臭味早已传遍天下，朝廷正好需要一位精干之士前去治理。
于是汉灵帝便高兴的批准了刘焉的请求，改任他为益州牧，封阳城侯，预言家董扶和被罢免了官职的太仓令赵韪也自愿跟随刘焉一起前去赴任，可还没等刘焉三人到任，益州就又乱了套，黄巾贼，南阳任马相在绵竹起兵，聚集起数万的部众，攻破雒县，杀了刺史郤俭，马相自称天子，公然割据自立，虽然看起来挺吓人，但是这群流寇战斗力实在欠奉，益州从事贾龙和犍为太守任歧仅用了数千兵勇便将马相击败，原刺史已死，州内群龙无首，刘焉就是在这种局面下被贾龙和任歧等人迎进了益州的。
东汉的益州是当时天下十三州中地盘最大的一个州，下辖包括蜀郡，蜀郡属国，犍为郡，犍为蜀国，广汉郡，广汉蜀国，益州郡，越绥郡，牂牁郡，永昌郡，巴郡，巴西郡，巴东郡，和汉中郡在内的共十四个郡国，益州的治所原在雒县，刘焉到任后，便将治所迁到了绵竹，此时的刘焉与那位比他晚两年上任的荆州刺史刘表其实面临着相同的情况，两人都是西汉宗室的出身，且同为汉景帝之子鲁恭王刘余的后代，也都是靠着本地士族豪强的支持，才成功坐稳了位子，刘焉身边的几位重量级人物陪他上任的董扶和赵韪迎他入川的贾龙和任歧，就都是益州本地人刘焉作为外来户是即无兵也无权，刘焉不像刘表那样清心寡欲，他是有野心的，因此非常急于培植自己的势力。
对非益州出身的外地人也格外优待，当时中原大乱，南阳和关中地区有数万户流民进入益州避难，刘焉便将他们悉数收编，称作东州兵，这支部队也就成为只属于刘焉的武装力量，沛国人开始传道蛊惑人心，学道者还要交出大米。
所以又被称为米贼，张陵死后儿子张衡继续传道，张衡死后，他的儿子张鲁又继承了父祖的衣钵，随着五斗米的传播范围越来越广，巴郡人张修也开始在益州北部一带传道，汉末的中国战乱屏藩，民生困苦，这些富有宗教色彩的贼寇也大为兴起，除了五斗米教的代表人物张鲁和张修，还有在关中宣传隐身法的骆曜，和在中原一带宣扬太平道的张角等人，于是手下拥有大批部众和信徒的张鲁和张修，便也被刘焉给收编了。
张鲁被拜为督义司马，张修被拜为别部司马，这两位穿着道袍的天师，一转眼就变成了刘焉手下的得力干将，而且张鲁的母亲卢氏长得非常漂亮，因为擅长养生，所以一把年纪了也不显老，卢氏经常在刘焉得家中出入，两个人明显有点少儿不宜得关系，而且据说卢氏还会点神神鬼鬼得销魂妖术，把个刘焉弄得五迷三道，有了这层关系，张鲁也就迅速成了刘焉身边的红人，益州地盘虽大，但是南是蛮族聚居区，北边的汉中各郡也不服从管辖，真正掌握在刘焉手里的其实只有四川盆地而已。
于是刘焉便派遣张鲁和张修率兵北上，进攻汉中，两人合力击杀了汉中太守苏固，随后张鲁张修二人又爆发了教派内的火并，张修被杀，张鲁乘机兼并了他的教徒和部众，又截断栈道，杀害朝廷派来的使者，独自占据了汉中，一方面刘焉对张鲁的割据行为持有默许的态度，另一方面张鲁的家人都在刘焉的手里，张鲁不是马超，家人们的性命肯定是要保全的，于是张鲁明为割据，暗地里实则依旧接受刘焉的指挥。
公元190年，轰轰烈烈的董卓讨伐战爆发，刘焉却以道路被阻断为由拒绝出兵，刘焉两手空空，全赖本地士族豪强的支持才能上任。所以最开始在面对益州派系时，刘焉只能选择妥协，施政也很宽松，但是随着自身实力的不断壮大刘焉的态度变得越来越强硬，为了树立威信，他经常以小事为借口残杀益州豪强，，这也引起了本地士族集团的不满，随着矛盾的进一步激化，当初满怀希望迎刘焉入川的贾龙任其再次作了出头鸟，他们率先起兵，攻打绵竹，以刘焉为首的外来东洲派和益州本地武装之间的第一次大规模冲突正式爆发。