南京优质高校资源丰富，仅“双一流”大学就有12所，是我国除了北京、上海以外，“双一流”建设高校最多的城市。之前有消息称，2020年国家“双一流”高校名单将进行动态调整，南京这2所大学的全国第四轮学科评估结果十分抢眼，有望入选新一轮“双一流”大学。
南京医科大学是教育部、国家卫生和计划生育委员会、江苏省共建高校，是教育部“卓越医生教育培养计划”试点高校、国家“特色重点学科项目”建设高校、江苏省高层次人才培养计划“333工程”培训基地，长三角医学教育联盟创始成员。
该校现有28所附属医院和1所附属疾控中心；拥有3个国家重点学科、1个国家重点培育学科、29个国家临床重点专科；临床医学、分子生物学与遗传学、生物学与生物化学、神经科学与行为学、药理学和毒理学、免疫学、社会科学总论、化学等8个学科进入ESI全球排名前1%，其中，临床医学学科进入ESI全球排名前1‰。 在全国第四轮学科评估中，6个学科榜上有名，其中公共卫生与预防医学被评为A+，基础医学、临床医学、口腔医学、护理学被评为B+，药学被评为B。
南京工业大学2001年由南京化工大学与南京建筑工程学院合并组建而成，是国家国防科技工业局、住房和城乡建设部与江苏省共建高校，入选高等学校创新能力提升计划、高等学校学科创新引智计划、国家“特色重点学科项目”、国家级新工科研究与实践项目、国家知识产权培训（江苏）基地，是“卓越工程师教育培养计划”试点高校。
该校有国家一级重点学科1个，江苏省一级学科国家重点学科培育建设点1个，江苏高校国家重点学科培育建设点2个，江苏高校优势学科一期项目4项、二期项目6项、三期项目6项，“十三五”江苏省重点学科2个；化学、材料科学、工程学、生物学与生物化学4个学科进入ESI全球前1%。在全国第四轮学科评估中，16个学科榜上有名，其中化学工程与技术被评为A，材料科学与工程、安全科学与工程被评为B+，动力工程与工程热物理、土木工程、轻工技术与工程被评为B，以及4个C+、4个C、2个C-学科。