织田信长
与通说中不一样的是，早在织田信长还未占领美浓国之际，足利义昭就派遣和田惟政、细川藤孝（并非是明智光秀搭线）与织田信长联络，希望织田家能够协助自己上洛。待织田家做好上洛准备以后，织田信长便向借住在越前国的足利义昭发出邀请，足利义昭也立即动身前往美浓国。
织田信长认为这次上洛应该比较简单，北近江的浅井长政是织田家盟友、信长的妹夫，南近江的六角家与三好家历来不对付，至少近江国这边不需要担心——当然，这只是足利义昭和织田信长一厢情愿的想法。足利义昭、织田信长给六角家派去使者，承诺就任将军之后将封六角家为“天下所司代”，但是令二人意外的是，六角家对此并未作出答复，反而与三好家缔结了同盟。
既然如此，那么就只能以武力上洛了。永禄十一年（1568年）九月七日，得到了德川家（松平家）、浅井家的援军后，织田信长奉足利义昭为主率军上洛。在日本战国时代，军队的前锋通常都是由领地距离交战地最近的国众出任，所以织田军的前锋理应是美浓国的国众。不过，织田信长素来不按常理出牌，他派遣美浓众佯装从正面攻击六角家，暗地里派遣尾张众包抄了六角家的后路，仅仅用了一天的时间就攻取了观音寺城。
彼时京畿的三好家也已经四分五裂，在袭杀将军足利义辉以后，家督三好义继想要自立，而家臣“三好三人众”则想要拥立足利义荣为主。君臣不和导致三好义继出逃，三好三人众随后与阿波三好家结盟，这实际上意味着三好家家督被放逐，宗家也被分家阿波三好家统一。内讧的三好家显然不是织田信长的对手，织田军如风卷残云一般席卷了整个京畿，随后拥戴足利义昭进入京都出任幕府将军。织田信长进入京都以后，竭力恢复幕府对京都的统治，同时为了抗衡幕府，信长还不断地向天皇靠拢，在朝野取得了良好的口碑。
永禄十三年（1570年，是年改元“元龟”）正月，织田信长给各地的大名送去书信，请求大名们停止内斗，上洛协助幕府实现“天下静谧”。各地大名大多数都派出使者前来，只有越前国的朝仓家对信长的号召置之不理，使得织田信长决心要讨伐朝仓家。朝仓家自然不是织田信长的对手，在织田军的攻击下节节败退。不过，在出阵越前国途中，织田信长的妹夫浅井长政突然掀起了反旗，背叛了信长。
浅井长政
旧说中都是根据江户时代的军记物记载，说朝仓家与浅井家是世交，所以浅井长政才会背叛信长。实际上并非如此，朝仓家并非是浅井家的盟友，浅井长政背叛信长的真正原因，是信长在恢复幕府对京畿的统治以后，没有将浅井家置于新幕府之中。证据就是这年正月信长送给各地大名的书信，德川家、三好家等都位列大名行列，信长邀请的近江国大名并非是浅井长政，而是浅井家的主君京极家，浅井家与近江国其余国众一样，在书信中位列国众之列，这让浅井长政无法接受。并且，从织田信长给浅井长政下赐名字中的“长”字来看，织田信长从未将浅井长政当作一个对等盟友看待（信长给德川家、长宗我部家下赐的都是通字“信”字）。
朝仓家、浅井家与信长敌对后，与阿波三好家缔结了同盟，组织起了“义昭·信长包围网”。虽然影视剧中喜欢将这次包围网的组织者赖到足利义昭的头上，但是实际上足利义昭在这时候也是三好家、浅井家、朝仓家的攻击对象。雪上加霜的是，大坂本愿寺、比叡山延历寺、甲斐武田家都在这期间加入了包围网中，与织田信长敌对，南近江的六角家、大和国的松永久秀也纷纷举起反旗，天下草创的织田家陷入了被四面围攻的境地。
“义昭·信长包围网”让织田信长非常头疼，他根本就没有预料到这样的情况。像浅井家与朝仓家、六角家，大坂本愿寺与延历寺，这些势力在不久之前还是死敌，打个比方，他们的结盟就好像明天有人告诉你美国和俄罗斯突然缔结了军事同盟一样，令人吃惊。
足利义昭
织田信长采取的战略依旧是统一尾张国时的做法，他先是将作战重心摆在与浅井、朝仓家的战场。在“姊川合战”以后，浅井家、朝仓家元气大伤，信长确保了联系岐阜城与京都的道路安全。而后织田信长又火烧坂本，以武力镇压了站在浅井、朝仓家一方的延历寺。根据《多闻院日记》的记载，此时比叡山上的延历寺佛堂、僧舍大多荒废，僧人们早已将据点迁到了山下的坂本町之中，因而织田军烧讨的主要战场并非是比叡山，而是山下的坂本町。值得一提的是，因为明智光秀在火烧坂本时非常卖力，此战之后也受封了近江国滋贺郡作为封地。
此时对信长来说最大的威胁并不是浅井家、朝仓家，或者是阿波三好家，而是昔日的盟友武田信玄。织田信长畏惧的并不是武田家，而是背后捅刀子的武田家，武田家的背盟让信长猝不及防，来不及布置防御。
自背盟以后，武田信玄举兵西进（与今川家一样，并未发现武田家想要上洛的文书），大肆侵攻织田家盟友德川家的领地，德川家是织田领东线的保障，若德川家被武田家消灭的话，将会直接威胁到信长在京畿的作战。好在德川家康能力出众，虽然不敌武田信玄，但是两家在战场上也算是有来有回，互有胜负。元龟四年（1573年，是年改元“天正”）二月，武田信玄旧疾复发，在返回甲斐国的途中于信浓国的驹场病逝。
武田信玄
少了玩刺客信条的武田家的威胁，织田信长东线压力再度得到缓解，解放了双手的织田信长再次将作战重心摆在了京畿，同时“义昭·信长包围网”也因为武田信玄之死而崩坏。不过，由于当时武田家对外宣称信玄只是因病隐居，因而在大多数时人眼中，信长的处境依旧非常不乐观。在这样的情况下，足利义昭决定放弃织田信长，跳反加入了包围网之中，他也从被包围的对象，摇身一变成为了组成包围网的诸势力之主。
但是我在上文说过，这年日本将改元“天正”，这意味着什么呢？意味着困扰织田信长的“元龟争乱”很快就要结束了，接下去的日本将会摆脱足利义昭、织田信长组建的共治政权，迎接由织田信长开创的统一织田政权。