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沈阳医学院设有基础医学、公共卫生与预防医学、临床医学三个一级硕士学位授权学科，共涵盖19个二级学科。病原生物学为“辽宁省提升高等学校核心竞争力特色学科”“辽宁省优势特色重点学科”和“特色突出计划立项学科”，是吉林大学、辽宁中医药大学博士培养点。学校与大连医科大学联合培养临床医学专业学位博士。学校设有临床医学、预防医学、护理学、口腔医学等20个本科专业，预防医学专业为国家特色专业、辽宁省一流本科教育示范专业和辽宁省本科综合改革试点专业；临床医学专业为辽宁省向应用型转变示范专业，临床医学、预防医学和护理学专业为辽宁省特色专业；临床医学、预防医学、护理学、康复治疗学、医学检验技术、麻醉学专业为沈阳市重点建设专业。基础医学实验教学中心、公共卫生实验教学中心和临床教学实验中心为辽宁省实验教学示范中心，临床教学实验中心为辽宁省虚拟仿真实验教学示范中心。预防医学、病原生物学、生理学和病理学教学团队为辽宁省优秀教学团队，病原生物学、营养与食品卫生学等9门课程为辽宁省精品课程。