光绪帝是1908年11月14日去世，慈禧是次日下午17点去世，二人去世时间相隔不到24小时。此时光绪时年38岁，正值壮年，且没有大病的征兆，而慈禧已是73岁的老人，死前长时间患病，两人死亡时间如此相近，让人不免怀疑光绪是非正常死亡。
2018年11月，这个谜底终于揭晓。现代考古学家通过对光绪的头发进行的化验发现，光绪的头发当中含有大量的三氧化二砷，这一发现可以推断出光绪真正的死因很有可能是砒霜中毒。
根据著名书法家启功的描述，他的曾祖父溥良曾经看见一位太监端着一碗食物从慈禧太后宫中出来送给光绪皇帝吃。就在这碗食物送过去不久，光绪就开始大喊肚子疼，并随之出现舌头焦黄面色发黑的一系列症状，这种情况没有持续多久光绪就去世了。所以，从这段描述中分析，光绪皇帝很有可能是被慈禧杀害的。
根据慈禧和光绪的关系分析，其实慈禧是有理由谋杀光绪的。同治去世之后，慈禧为了掌握朝中大权，选择了当时年龄尚小的光绪皇帝，这也让她在光绪没有长大之前将皇权牢牢掌握在了自己的手中。但是光绪长大之后，就想要改变这种现状，想要摆脱慈禧的控制。在看到当时清廷的现状之后，更想要通过变法来改变。但是这种做法大大损害了旧贵族的利益，被袁世凯告密之后，慈禧就对变法人员采取了残酷的打击和摧残，光绪皇帝也因此被慈禧太后囚禁起来。
在光绪死后的这24小时之内，慈禧需要为大清安排新的掌舵人。首先他需要交代光绪的身后事，然后他还要召集大臣立下遗诏，最核心的一点那就是确立了溥仪为下一任的帝王。而且慈禧还下令以后不准夫人干政，不许后宫干政。
这个时候他就开始安排后事了，但是她想着如果一旦她死去的话，这样一来光绪就会掌权，光绪掌权过后必定会将大清手底下的那帮官员进行一次清洗，将和自己政见不合的官员全部都处理掉，所以慈禧苦心经营了一生的大清将要覆灭在光绪的手中，所以慈禧只有想办法先把他杀了，然后又交代了一下大清后来应该如何发展。在这些事情都已经交代完之后，慈禧便闭上了眼睛，结束了她饱含争议的一生。
1966年，李莲英的墓被打开，令人奇怪的是里面只有头颅没有身体，他也是被人所杀。当时谁能这么强势的干掉在朝中经营多年的大太监，也只有袁世凯。这也能从侧面证明因为一件事情李莲英被灭口，这件事很可能和光绪的死有关。查看光绪的人生轨迹，其实非常的不幸，从小虽被立为皇帝，却经历了双后听政、慈禧专权。他人生最大的亮点就是百日维新，最后却还被囚禁，被人毒死，着实令人心酸。