新型冠状病毒肺炎在各国肆虐，除了中国及香港外，日本疫情亦受不少关注。截至2020年2月16日，日本共确诊逾400宗新型冠状病毒肺炎个案，主要是邮轮「钻石公主号」乘客。
日本最新确诊人数、分佈、死亡人数
截至2月16日，根据媒体报道，「钻石公主号」累积确诊人数增至355人，船上有近3,700人，其中约330人是香港人，其中11名港人确诊感染。保安局表示，港府正安排包机免费接载在「钻石公主号」上的香港居民。
根据日本官方数字，除了「钻石公主号」的确诊个案，截至2月15日，共有43人确诊武汉肺炎，当中包括3名无症状人士，当中部分人居于湖北省或中国其他省份，有些居住地分布神奈川、奈良、三重、京都、千叶、大坂等县。厚生劳动相加藤胜信表示，各地相继出现感染途径不明的患者，恐怕疫情在国内蔓延。
入境管制
2020年2月1日起，日本实施入境管制，限制湖北省的中国公民及过去14日曾到湖北省的外国人士入境。及后亦提高对香港的旅游警示至第2级，但未有出入境限制。
日本首相安倍晋三宣佈会扩大入境限制，禁止曾到中国浙江省人士入境日本，2月13日起生效。日本政府亦表明，会考虑将其他「疫情扩大」地区，纳入入境禁令范围。
防疫措施
2020年1月28日的日本内阁会议将新型冠状病毒肺炎分为「指定感染症」和「检疫感染症」：
「指定感染症」：如有人怀疑感染武汉肺炎，不论是什么国籍或签证种类，都需强制住院治疗，一切相关费用会由政府支出
「检疫感染症」：于机场、港口等地的检疫所为怀疑人士进行检查与诊察，若不配合者将会处以罚则
2月1日起，东京成田机场实施边境检疫措施，所有由中国、香港或澳门出发抵达成田机场的旅客，都需要从特别通道入境，并经过热像仪仔细检查体温和填写健康申报表。
除此以外，航空公司亦採取相应措施：
航空公司 航班日期 受影响航线
全日空 (ANA) 2月10日至3月28日
停飞东京（成田）往返北京、武汉、上海、沈阳的航班
减少飞往中国地区的航班
2月17日至3月28日
停飞大坂（关西）往返香港的航班
停飞东京（成田）往返杭州、成都、广州的航班
减少飞往中国地区的航班
2月20日至2月28日
停飞东京（羽田）往返上海的航班
减少来往关西至北京之间的航班
日本航空 (Japan Airlines) 2月17日至3月28日
停飞成田往返北京的航班
减少飞往中国地区的航班