航母本身就是一个庞大的作战系统，需要保证航母自身的运作，因而在有限的舰岛上需要集成尽可能多的功能，这就大大降低了航母自身的编队指挥能力。反之，大吨位驱逐舰或者巡洋舰在构造上更加便捷一些，至少是实现指挥模块集成更容易一些。说白了就这么简单，并没有太多层次的考量，对于一款武器装备来说，如何发挥其最大作战效能才是最根本的问题。
的确，航母打击群的编队指挥部门一般都在护航大型舰艇上，并非设在航母上，这是目前各国海军通用做法。为什么会这样？下面我们来详细的分析一下。
首先，来谈一下指挥舰的概念。指挥舰言外之意就是在一艘作战舰艇上安装完备的作战指挥信息系统，能够分析、处理汇总各种情报信息，并将各类信息及时准确的分发至各个单元，从而保障海上编队的正常运作，就如同是空中预警机发挥类似的作用。
指挥舰是现代舰艇的重要一个分类，除了美国专门研发过一款蓝岭级大型指挥舰之外，其余的国际上普遍采用现役的大型作战舰艇进行指挥模块优化，从而兼具发挥指挥舰的作用，或者说着重突出指挥的功能。比如我国在发展051系列驱逐舰时有051Z型“Z”就是指挥型的意思，另外深圳舰就是一艘不错的指挥舰，服役后长期担负南海舰队旗舰。
相对于其他作战舰艇，但就指挥这一功能模块，指挥舰显得更加专业，安装的舰载海上联合编队作战指挥系统的功能更加完备，指挥效率也更高。指挥舰的出现，将大幅降低航母自身资源的紧张性，更有助于发挥航母的最大作战效能。
其次，我们从构造上看。航母舰岛有别于其他水面作战舰艇，主要有航海和航空指挥两部分组成。我们知道航母主要以舰载机为核心战力，因而在有限的空间内，航空指挥部门的作用更加突出，因而在设计之初就极为注重航空部门的建设。
受到飞行甲板与舰岛尺寸之间的天生矛盾，未来搭载更多的舰载机和保障舰载机的出动能力，航母的舰岛尺寸是越小越好，因而世界各国在发展航母时都在尽可能的简化航母舰岛设计，从而最大程度的缩小航母舰岛的尺寸，这与提升航母舰载机的作战能力并不冲突。
集成了指挥功能后，相对于其他的同类舰艇，只不过是在部分功能上进行一定程度的缩减，问题并不大，整体作战能力影响并不严重。这也是为什么很多国家将指挥系统集成到大吨位驱逐舰上的重要原因之一，简单点讲就是空间更加充裕。
回到主题，航母编队体系中，由编队护航舰艇担任指挥舰角色更加适合一些。能够大幅缩减航母舰岛的工作量，将更多的空间应用到与航母作战息息相关的舰载机上，实现航母战力发挥的最大化。尤其是在舰载信息设备处理能力上，航母本身就需要处理大量的信息，将指挥的功能移架出去，能够优化航母编队的作战体系。