地处塔吉克斯坦、吉尔吉斯斯坦和三国交界地带的费尔干纳盆地人口稠密，其面积只占中亚面积的5%以下但当地却居住着约1300万的人口，该地区人口总量约占中亚总人口的五分之一。盆地核心地带包括隶属于乌兹别克斯坦的纳曼干州、安集延州和费尔干纳州；隶属于塔吉克斯坦的粟特州以及隶属于吉尔吉斯斯坦的贾拉拉巴德州、奥什州和巴特肯州。
15世纪初帖木儿以费尔干纳盆地的撒马尔罕为首都建立了领土从德里到大马士革、从咸海到波斯湾的大帝国。在昔班尼王朝统治初期，撒马尔罕是汗国统治的中心，后来在阿卜都剌汗时期，首都迁到了布哈拉，从那个时期开始汗国通常被称作“布哈拉汗国”。1710年，乌兹别克人沙鲁赫建立以费尔干纳盆地的浩罕为首都的国家，称为浩罕汗国。浩罕汗国位于费尔干纳盆地中心和西部，地理位置重要，物产丰富。1876年沙俄吞并了浩罕汗国，改名为费尔干纳省，直属于突厥斯坦总督府。18世纪中期费尔干纳盆地在浩罕汗国统治期间，给中亚带来连年战乱的准噶尔部被清政府平定，新疆重归统一的同时清政府也消除除了准噶尔部对中亚地区造成的长期威胁，1758年浩罕可汗额尔德尼比也承认了中国的宗主权。之后浩罕汗国得到了很大发展和扩张，额尔德尼比将分散的安集延、纳曼干等地联合起来，成为费尔干纳地区统一的统治者。浩罕汗国也因此成为布哈拉汗国和希瓦汗国之后的中亚第三大汗国。
因为费尔干纳地区地处边远地区为盆地地形，四面环山较少受到布哈拉汗国内乱的影响，当时很多人迁居此地。得益于当时发达的农业、作为东西方交通枢纽区位优势所带来的经济效益以及相对稳定的环境，来自四面八方的人汇聚在面积不大的费尔干纳盆地，多民族的汇聚带来多种文明的交汇和碰撞，因此摩擦也是不可避免的，除乌兹别克族、吉尔吉斯族、塔吉克族之外，俄罗斯族、哈萨克族、乌克兰族、鞑靼族、阿塞拜疆族、土耳其族、朝鲜族、亚美尼亚族、德意志族、东干族、维吾尔族等百余个民族散见于费尔干纳盆地。
19世纪下半叶面对沙俄的入侵，当时中亚的布哈拉、希瓦均投降沙俄成为其附属国,由于浩罕民众抵抗最为顽强，沙俄则采取军事手段将该国从历史版图中抹去，在原属浩罕的土地上成立了费尔干纳省。十月革命后,在苏联对中亚民族进行划界的过程中，原本统一的费尔干纳盆地为塔吉乌所分割。苏联解体后，费尔干纳盆地被获得主权国家地位的塔吉克斯坦、吉尔吉斯斯坦和乌兹别克斯坦三国的国界线分隔开来，形成复杂的隶属关系，费尔干纳盆地有多块飞地，如吉尔吉斯斯坦的奥什州就有属于乌兹别克斯坦和塔吉克斯坦的飞地，塔吉乌三国在费尔干纳盆地的很多边界都相互交叉犬牙。盆地内许多村庄成为跨界村，民族跨界而居，族际矛盾时有发生。
同时受到新航路的开辟、海上国际交通的发展、国际贸易路线和世界经济中心的转移等其他因素影响，陆上丝绸之路的交通地位日趋衰落，费尔干纳盆地作为欧亚大陆东西方交通枢纽的作用渐渐减弱，从1850年开始处于欧亚大陆中部四周环山且交通不便的费尔干纳盆地逐渐沦为国际贸易的边缘区。
相对封闭的地理位置为伊斯兰极端主义提供了适宜的发展空间。费尔干纳盆地地理环境四面环山本身较为封闭，也正是因为如此，致使其长久以来选择一种自给自足的经济形式，重视农业以及畜牧业的发展。与外界联系的减少和着重发展农业经济结构单一使得当地经济发展较为落后，劳动力需求也较少，但这无疑与当地人口稠密且年轻劳动力较多的现实相矛盾。失业率高、生活水平低下以及对政府缺失信心很容易让当地人被极端分子所利用。生活在费尔干纳盆地的人们因为缺少与外界交流缺少客观全面的认知很容易受伊斯兰极端主义者鼓动对伊斯兰教的信仰出现偏执和政治化倾向，从而为伊斯兰极端主义在这一地区的生存和发展提供了沃土。苏联解体前一些伊斯兰激进主义者利用费尔干纳盆地相对孤立的地理位置，将费尔干纳盆地作为其进入中亚的大本营。极端主义分子依托费尔干纳盆地复杂的地理条件，游刃有余地穿梭在飞地之间，活跃在疏于防卫的山高沟深山谷地区，不断地在塔吉克斯坦、吉尔吉斯斯坦和乌兹别克斯坦三国政府疏于管理的地区制造动荡。费尔干纳盆地成为恐怖组织得天独厚的庇护所和根据地，恐怖组织在该地大量招募、发展组织成员，从事恐怖主义活动。
费尔干纳盆地民族众多且宗教成分复杂，苏联解体后，费尔干纳盆地一些地区成为塔吉乌三国权力真空地带，加之当地经济发展缓慢失业率居高不下，民族矛盾尖锐，恐怖主义组织流窜于此地，民族、边界冲突和恐怖主义活动加剧了地区的紧张形势，费尔干纳盆地逐渐成为中亚地区的小“巴尔干”，安全形势不容乐观。1989年苏联解体前期，乌兹别克族和梅斯赫特土耳其青年人之间的群殴事件引发了一场大规模的民族冲突，根据官方数据，这次冲突导致了103人死亡，1000多人受伤，超过700座房屋被毁，经过苏军的介入事件才得以中止；1990年的“奥什事件”也造成了超过300人死亡，1000多人受伤的局面；在1992年开始的塔吉克斯坦内战中有7万多人死亡，100多万人成为难民；1999年塔吉克斯坦的武装游击队进入吉尔吉斯坦的巴特肯州，并控制多名在吉的外国人作为人质，以此要求吉政府放行，允许其取道吉尔吉斯斯坦到乌兹别克斯坦，在获取赎金后释放了人质。2000年，恐怖分子进入巴特肯地区引发骚乱，吉乌两国政府军队介入，与恐怖分子进行持续数月之久的对抗之后局势得以稳定，从1999年8月22日至10月25日，共有27名吉尔吉斯斯坦公民死亡，2000年大约33名吉尔吉斯斯坦士兵遇难。2005对于费尔干纳盆地而言是剧烈动荡的一年，2005年3月吉尔吉斯斯坦爆发了革命，由于吉国内一直以来的南北矛盾，阿卡耶夫政权被推翻；同年5月乌属费尔干纳盆地爆发“安集延事件”，在此次事件中数百人死亡。
中亚重大事件大多发生于费尔干纳盆地，费尔干纳盆地集中反映了中亚的安全形势的变化。目前费尔干纳盆地问题集中表现为经济发展滞后、恐怖主义活跃、民族关系紧张，该地区的动荡严重影响了中亚及包括中国在内的周边地区的稳定和发展，同时也影响了“丝绸之路经济带”在中亚地区的顺利推进。