从绯色篇开始，柯南的主线步入深水区。与主线相关的情节从以前偶然出现到现在没几话就抛出一个伏笔。在正文之前，小编先说分析一下红黑双方实力状况：在满月篇以前，柯南（红方）处于单打独斗的不利地位，但随着FBI的加入，红黑双方实力大体均衡。一方是悄悄调查，一方则是全世界的敌人。红与黑的纠缠持续到波本真实身份露出水面。埋下两个卧底的柯南（红方）一方无疑占有优势，而绯色篇后组织二号朗姆开始行动。关于这篇文章，涉及的内容就是分析到目前还存疑的事件、主线人物身份的疑点、顺带整理目前支持率较高的理论。
重要的“历史遗留事件”
人鱼岛伏笔
人鱼岛问题的根源在于青山的访谈中提到过 ，在儒艮之箭那回帐簿上写着“宫野志保”，柯南说“那家伙应该不会是追求长生不老的类型吧”然后场景就到那边结束了，青山老师明确指出是伏笔。
组织不会允许重要成员雪莉独自外出，所以我们可以推测组织也有其他成员随同前往，宫野志保旁边的名字就很可能是组织成员的姓名。至于此行目的，第一种可能性是执行任务。平次的那本中有前外务大臣、内阁官房长官、日银总裁等一大堆以前负责主导日本政务大人物的名字，依组织的实力，不露痕迹地除掉这些人也很正常。
组织制造APTX-4869药根本目的是使人不受制于时间的洪流，所以更可能的是调查这里长生不老的方法来辅助制药。
板仓卓伏笔
这个案件很明显与组织终极目有联系。同样青山访谈中有类似提示：板仓卓死后，柯南把光盘拿走去找琴酒。关于这个故事还会有更多信息，肯定会有后续！
板仓卓开发软件很重要，才让组织不断地骚扰。而且组织目的之明确让板仓卓畏惧“为了全人类着想”。软件的内容无从知道，但肯定与制药相关，文中有明显的暗示：“We can be both of God and the devil. Since we’re trying to raise the dead against the stream of time.”（我们既可以是上帝，也可以是魔鬼。因为我们正试图在时间的洪流中唤醒死者）。所谓神当然是指APTX-4869药制成的壮举和它神奇的功效，恶魔是组织的巨大野心它对全人类的危害性。不管怎么说，组织的目的不仅仅是长生不老这么简单。
羽田浩司案
先说犯罪嫌疑人，根据羽田浩司的线索——缺失的镜子（A、S、A、C、A、R、U、M），有大致三种理解方式。分类标准是浅香和朗姆的关系。其一，asaca就是rum。其二，罪犯是asaca和rum。其三，告诉asaca要警惕rum。灰原、柯南和赤井倾向于接受第一种。但羽田浩司与组织不一定有关联，不一定知道rum代表的含义，也许只是听人交谈得知凶手姓名，所以第一种假设就有点解释不通。被人杀害，记录凶手姓名合情合理，第二种应该是人类的正常反应。第三种假设建立在一个理论的基础上，即浅香和若狭是同一人。根据那张照片可知浅香是女性，而与羽田案可能有关联，而与羽田案可能有关联的女性只有若狭留美。若狭在燃烧的帐篷事件中的表现说明她和浩司的关系十分亲近，所以羽田浩司临死时提醒她要警惕朗姆也符合逻辑。
黑田兵卫在事件中的地位应该是旁观者，他脑中浮现的若狭也说明二人结下梁子是在17年前。一种可能是黑田为杀害羽田浩司的朗姆，还可能是若狭对黑田见死不救的行为表示愤慨。按照若狭是浅香的逻辑来讲后者可能性更大些。
赤井务武也是案件的相关人员，但在事件的报道中显然他不是参与谋杀的人之一，而且他是少有的立场明确的角色。也许他追寻朗姆时目击了羽田被害，但而后失踪也好、送妻子儿女去日本也好都证明他身份暴露。这就诞生了“黑田即赤井说”。
主线重要人物身份疑点
乌丸莲耶
自从青山确定乌丸莲耶是组织boss以后，主要疑点就是乌丸莲耶到底死没死。毕竟组织的boss不一定是柯南的boss。与乌丸相关的情报大致是这样的。四十年前，乌丸莲耶为续命而建立组织，招揽全世界精英，而且为筹集资金挖掘黄昏之馆的秘密。但不久他阳寿将至，就陆续杀害学者还杜撰了拍卖会惨案。
乌丸莲耶死没死取决于长生药（一代药是宫野夫妇制造的称之为“银色子弹”，“APTX-4869”是雪梨根据一代药制造的二代药）是否制造出来。贝尔摩德吃了灰原父母制造的“银色子弹”，数年（具体时间未知）没有变老，所以可以推断药效是生理年龄静止。灰原父母进入组织并开发药物是在40年前，20年前贝尔摩德杀害朱蒂一家后至今容颜未改。药开发出来的时间最可能就是二三十年前，因此乌丸莲耶小概率吃药，大概率死亡。
朗姆
绯色篇后基尔一条短信宣告柯南进入朗姆篇。三个嫌疑人案小哀点出朗姆嫌疑人特征，于是接连出现三个“有义眼”特征的嫌疑人，与波本篇的打开方式及其相似。先分析嫌疑人。
- 黑田兵卫（白发独眼大汉，年龄50岁，从长野县警局调到搜查一课任课长）在医院里昏迷了十年之久，“简直就像变了一个人一样”。因为他首次出场在点明朗姆特征的三个嫌疑人案后不久，所以柯南的关注点在于是否真的变了一个人。首先他对于之前的细微小事有所遗忘，有被调包的可能。也许是朗姆潜入警察系统的方式，也许是组织的敌人。其次，他对柯南十分在意。啄木鸟案初见柯南时，他如此说：“每次都能从意外的角度发现解决事件的蛛丝马迹，推动推理进展，是沉睡的小五郎的智囊。警察厅里可是有这样的传闻哦，江户川柯南。”黑衣组织要是盯上柯南绝不会这样出言提醒、让猎物警惕的。更何况组织没有理由派朗姆这种关键人物去长野，所以黑田的立场应该不是黑方。但他可能知道警视厅潜入组织卧底或是组织已经开始留意杀手的消息。另一重要的证据是小哀无孔不入的“黑衣组织雷达”并没有反应。至于最新话与安室交谈并称其波本，有可能只是安室潜入组织的同伙或公安负责组织行动的上级。不能确定其身份。
- 若狭留美（帝丹小学转来的副班主任，年龄37岁）首先在燃烧的帐篷案中，她对黑田表现出了敌意，说明二人以前有过纠葛。主线已经进入朗姆篇，因此两人见面的时间多半是在十七前的羽田浩司案。另外若狭老师尤其在意柯南，弄脏画回家取颜料似乎是故意试探柯南能力。小哀曾经对其有过雷达反应，所以她至少曾经是组织成员。但鉴于小哀强词夺理地拒绝怀疑若狭，而且羽田案发生的时候她才20岁，是犯人的可能性很低。相反作为浅香参与，但因为羽田名人的死而叛变更有可能。那么后来试探柯南能力、向小哀询问工藤新一身份都解释得通，即寻找向组织复仇的合作者。不管是不是朗姆，若狭老师的身份都很微妙，能看到组织死亡名单意味着她与组织还保持藕断丝连的接触。
- 胁田兼则（寿司店店员，毛利小五郎徒弟之一）是朗姆三个嫌疑人中可能性最大的一位。首次出场时恰逢假面超人敌方boss的心腹人物登场，不禁让人想到安室出场时客人点的波本酒，当然不排除是青山老师的障眼法。另一方面在修学旅行篇过后，胁田兼则立刻前往拜访，符合组织听到风声后的正常反应。但疑点在于组织二号人物在寿司店打工可能性极小；而且组织高层人员相貌贼眉鼠眼说不过去；再退一步他的眼疾将愈，不符合朗姆情报有义眼的说法。所以也不一定是朗姆。但也可能只是组织的基层调查员，去毛利事务所、工藤新一宅邸和波洛附近监视调查。
如此一来，三个官方嫌疑人是朗姆的话都有说不通的地方，正符合一个独特的观点“红茶理论”。大体如下：三杯有骷髅标记的茶对应着朗姆的三个形象（海盗的独眼——朗姆的义眼），一杯普通的红茶对应真正的朗姆。最后三个骷髅标记消失预示着三人都不是本尊，朗姆在组织里三个形象都是假的。最重要的证据是红茶游戏正好在“绯色的尾声”章节出现，严格来讲还属于主线情节，是线索的话也很正常。而且解决后基尔关于朗姆的短信立即发来，似乎有意将红茶游戏和朗姆扯上关系。站在全局的角度想一想，在紧凑的主线剧情中插入日常，太正常以至于十分反常，这就是红茶理论的脉络。
波本与基尔
在剧场版纯黑的噩梦中，两人几乎暴露了，让人开始怀疑在主线剧情中他们的暴露情况。首先是波本，作为组织很能干的“侦探一样的角色”，卧底身份甚至瞒过了基尔。但他有一个很大的疏忽，就是误报赤井死亡。组织若是知道了赤井假死计划，要么就是对波本的侦查能力产生怀疑，要么就是开始将波本列为卧底名单。根据几乎证据确凿的詹姆斯黑方论（简称詹黑论），这确实很有可能。因此在绯色篇过后，朗姆立即行动可能就是要监视波本。而调查工藤新一的死亡也许只是一个试探。如此想下来，波本已经暴露一半了。另一方面，基尔的卧底工作也并不成功。从基尔发信息的频率和字数来看组织一直没有放弃对她的监视。
詹姆斯
目前圈内比较认可的一个理论是詹黑论，即FBI的詹姆斯是黑衣组织卧底。这个理论的背景是随着基尔和波本作为卧底的出场，局势从黑方占上风迅速变成红方明显优势。而根据红黑篇到绯色篇青山埋下了八年伏笔，我们可以大胆推测，说不定詹姆斯刚出场时就是设定好的卧底人选。能作为证据的信息如下：
首先熊猫案中詹姆斯刚出场时灰原有了轻微反应，可以解释为她的黑衣组织雷达起了作用。接着柯南联想到了“莫里亚蒂教授”，象征着没有暴露身份、一直掌握情报的卧底，也是“福尔摩斯”最大的敌人。接着詹姆斯提到自己来自卡彭，那个传奇黑帮的老巢，而且这个卡彭梗还在血染情人节案中再次提到，可能是他身份的暗示。
詹姆斯身份的疑点在于他缺少对抗组织的理由。水无怜奈、茱蒂·斯泰林和赤井秀一都有亲人因组织而死，卡迈尔是因为破坏了赤井秀一计划的自责，就连安室透也在连载中透露了部分回忆。唯有詹姆斯没有这种出于情感的动机，最后反水也不会使剧情变生硬。
另一方面，红黑篇中本堂瑛佑在医院听到“七只乌鸦”，因此柯南把注意力放在楠田陆道身上。但楠田陆道连酒名都没有，级别与宫野明美相当是组织的外围成员，不可能有资格与boss直接联系。而且他是琴酒派出的人，理应通知水无计划的负责人琴酒，更能证明“七只乌鸦”并不是他发出的。那么，向boss报信的人就很可能是看守水无的FBI了。
最后一个疑点是组织为何还没有对基尔采取行动。基尔被干掉就说明消息败露，那么詹姆斯作为知道水无计划的人之一就会首先被怀疑。我们可以推测，詹姆斯在组织的地位比贝尔摩德和琴酒要高，他掌握了二人不知道的赤井假死计划。青山访谈中说过琴酒在组织里的地位能排进前十。如果詹姆斯黑论成立的话，组织就会立即知道红方的行动。更何况基尔已经暴露，波本很快也会暴露。这将是柯南主线一次关键的反转。
赤井一家
先说赤井务武，十年前的涟漪篇引出了十七前的羽田浩司案。赤井务武正是在羽田案中“遇上了一个不得了的敌人”。因为事态严重，他将妻子儿女送到了“比较安全”的日本然后失踪。首先赤井务武是失踪并不是领妹所认为的死亡，有可能还活着并卷入朗姆篇中。然后组织在各国都有势力，赤井务武为什么会认为日本安全呢？如果赤井务武自己准备到日本与他们会和就能解释得通了。在目前出现的主要人物中容貌大变，十年昏迷的黑田就有可能是赤井务武的化身。情况可能是这样的：十七年前赤井家族与羽田家族关系很好，一直调查朗姆的赤井务武自然地卷入了羽田案，之后变装成黑田进入日本警察系统。
因为是调包，故“对以前的事有所遗忘”。他一方面持续调查羽田案、寻找统一战线的合作者，一方面保护着家庭。另一方面，柯南总共提过两次“福尔摩斯的弟子”，第一次在涟漪篇、第二次在领妹的家乡英国。也许玛丽因此关注了柯南，并掌握了他的真实身份和同为服药者的事实，于是世良真纯转学并开始谋求合作。
再说其妻世良玛丽。已经知道的是她在十年之间恢复到了初中生的模样。说明她吃的是很有可能不是小哀做出来的APTX-4869药。那个药第一个服用者是工藤新一，可以推测变小的时间是一年内。从她要揪出制药者来看，她并非作死主动去试验药的效果。于是可以推测她和组织近期有过交锋。“领域外的妹妹”在英文中是territory sister，领域可以简写为“ter”，而把“sister”中的“ter”去掉就得到了“SIS”，即英国的军情六处。因此有猜测说她是军情六处的特工。但不管怎么说，她推理能力高超、武艺高强而且十分警惕，必将是一个关键人物。
青山在访谈中曾经指出“作品中某两位母亲级角色，其实是姐妹呢…总之，有很多人物以及事件的关系都是彼此相联系的。”这条由于青山老师多嘴而透露的明显线索直接指向世良玛丽和宫野艾莲娜。有一次在商场，带妆的小哀与变小的领妹几乎完全一样是最好的证据。
主线部分的分析目前就这些。主线剧情接下来的发展就是朗姆三选一，詹黑论，红茶理论的猜测正确与否了。
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